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捻转血矛线虫丙硫咪唑敏感虫株和耐药虫株miRNA-mRNA关联比较分析 总被引：1，自引：1，他引：0
旨在比较分析捻转血矛线虫敏感虫株和耐药虫株miRNA表达谱,探讨miRNA与捻转血矛线虫丙硫咪唑耐药性相关基因之间的调控机制。运用Illumina Hiseq2000平台进行测序并进行cDNA文库的构建,利用RNAhybrid、Miranda和TargetScan对测序得到的数据进行靶基因预测,并取交集作为miRNA的靶基因预测结果,使用Bowtie、RepeatMasker、MIREAP、Rfam、miRBase和DAVID等生物信息学分析软件和权威数据库系统,筛选出差异的miRNA以及与捻转血矛线虫耐药相关的miRNA并进行靶基因预测,同时对KEGG pathway和GO功能富集到的靶基因和可能参与调控的通路进行预测分析。结果表明,敏感虫株和耐药虫株共筛选显著差异表达的miRNA共294个,其中113个上调,181个下调。对miRNA和其靶向调节的mRNA进行关联分析,共关联到1 770个miRNA-mRNA对为负调控关系,其中涉及到274个差异的miRNA和603个差异的mRNA。显著差异表达的miRNA靶基因被注释到了1 430条GO terms和327条KEGG pathway,富集到FoxO信号通路(FoxO signaling pathway),mTOR信号通路(mTOR signaling pathway),PI3K-Akt信号通路(PI3K-Akt signaling pathway)等与耐药相关的一些抗性通路。综上,通过对miRNA表达谱分析以及miRNA-mRNA靶向分析,发现捻转血矛线虫敏感虫株和耐药虫株显著差异表达的miRNA和其对应的靶基因,并对部分耐药相关通路中存在的靶基因及显著差异的靶基因所在的通路进行筛选和分析,为后续进一步通过转录组学深层次挖掘捻转血矛线虫产生耐药性的关键基因及相关调控分子提供科学依据。 相似文献
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为了解内蒙古地区捻转血矛线虫阿苯达唑耐药虫株Ⅰ型β微管蛋白基因单核苷酸多态性的情况,对来自内蒙古乌审旗、察右后旗和科右前旗3个地区各19条捻转血矛线虫雄虫进行ITS-2基因特异性PCR鉴定为捻转血矛线虫后,扩增出Ⅰ型β微管蛋白基因,测序后对耐药相关167、198和200位点突变情况进行调查分析。结果表明,在这3个地区均未发现167位点突变,主要是198和200位点发生突变,总体上看198位点突变频率高于200位点。分析这57条雄虫基因序列发现4种基因型,分别是198纯合耐药型及200纯合敏感型、198纯合敏感型及200纯合耐药型、198纯合敏感型及200杂合耐药型和198及200均杂合耐药型。而耐药基因型频率乌审旗为100%,察右后旗68.42%,科右前旗94.74%,这与粪便虫卵减少试验结果一致。研究结果为捻转血矛线虫病的预防和治疗提供一个新思路,可有效避免耐药性或者减缓耐药性的产生,减少畜牧养殖行业的经济损失。 相似文献
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为揭示杭州市自然保护地的空间分布特征，探讨本区域自然保护地体系整合方向，以杭州市的自然保护地为研究对象，运用Arc GIS技术，分析自然保护地空间分布特征与交叉重叠情况。结果表明，杭州市共有87处自然保护地，累计面积3 447.86 km2(含重叠面积)，占全市国土面积的20.46%，其中富阳区、桐庐县、建德市和淳安县的50处自然保护地占杭州市自然保护地总面积的80.52%；各类自然保护地交叉重叠面积为858.99 km2，且主要集中于风景名胜区与森林公园之间，其重叠面积达831.87 km2；自然保护地内矛盾用地总面积为612.65 km2，其中人工商品林和永久基本农田最为突出，分别占矛盾用地总面积的40.90%和18.61%。 相似文献
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