川中黑山羊基因组近交系数和选择信号分析     

郭家中  孙学良  向秋楠  肖凤敏  张红平 《四川农业大学学报》2022,(5):656-663

【目的】旨在利用高密度SNPs评估川中黑山羊的近交水平并鉴定选择信号。【方法】基于41个川中黑山羊全基因组重测序数据筛选全基因组SNPs,分析连锁不平衡、估计有效群体大小并检测长纯合片段(runs of homozygosity,ROH)。使用5种方法(F_ROH、F_UNI、F_HOM、F_VR1和F_VR2)估计个体基因组近交系数并进行比较。采用ROH岛、iHH12和XP-EHH 3种方法,鉴定川中黑山羊中正选择基因。【结果】连锁不平衡分析表明,SNPs之间的物理距离为10 bp时r²为0.51,当此距离增加到1 000 bp时r²为0.2。在999世代前川中黑山羊有效群体大小为5 696只,而13世代前则降低到190只。基于ROH,川中黑山羊群体的近交主要发生在250～500世代(F_{ROH 0.1-0.2 Mb})和100～250世代(F_{ROH 0.2–0.5 Mb})。另外,F_ROH  相似文献