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为了探讨来自苹果的β-微管蛋白基因家族成员之一(转录本号:MDP0000749824.1)对茎生长的影响,以普通型苹果品种烟富3号和柱型苹果品种舞姿的茎尖为材料,克隆到了该基因的编码序列,该序列全长1 332 bp,编码443个氨基酸。DNAMAN比对结果表明,烟富3号和舞姿上该基因的编码序列完全一致。以舞姿及烟富3号的DNA为模板,用启动子特异性引物PCR扩增后,均获得一段1 661 bp的核苷酸序列,二者有6处碱基差异。启动子序列分析发现,其中具有赤霉素、脱落酸、茉莉酸甲酯和水杨酸等激素响应元件。构建Cam35S-MDP0000749824-GFP重组载体,在烟草叶片中完成瞬时表达,激光共聚焦显微镜观察结果表明,MDP0000749824.1编码蛋白位于细胞膜和微管上。以普通型苹果品种烟富3号和柱型苹果品种舞姿的茎尖组织为试材,实时荧光定量PCR(q RT-PCR)分析表明,该基因在柱型苹果舞姿茎尖中的转录水平显著低于普通型的烟富3号。因此,推测该基因的表达水平可能受激素调控的作用,进而对茎的伸长生长造成影响。 相似文献
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以模式植物拟南芥的β–微管蛋白为参考依据,通过电子克隆的方法,从西洋梨基因组中克隆了9个β–微管蛋白基因,并根据苹果和梨基因组间的保守性及共线性原理,实现了这些基因的染色体定位。序列分析显示,这组基因均含有3个外显子和两个内含子。起源于全基因组复制事件而形成的成对染色体上的基因不仅在外显子和内含子长度上具有较高的保守性,而且编码的氨基酸残基也有更高的序列相似性。对9个β–微管蛋白基因在矮生梨与普通梨杂种群体中的荧光定量表达分析表明,有7个基因在茎尖组织中表达,其中定位于chr16上的转录本号为PCP044487.1的基因在矮生型和普通型梨茎尖中的转录水平出现极显著差异,推测该基因可能与梨矮生性状形成的分子调控有重要关系。 相似文献
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柑橘黄龙病是对柑橘产业最具毁灭性的病害, 目前没有可用的有效药剂和抗病品种, 分子检测对黄龙病有效防控至关重要。本研究对国内外常用的常规PCR和巢式PCR检测引物进行评价, 针对多拷贝的nrdB和16S rDNA基因, 构建质粒标准品并筛选适用于绝对定量PCR的最佳质粒。结果表明, 使用Es Taq MasterMix对感染 Candidatus Liberibacter asiaticus (CLas)的柑橘样品进行常规PCR检测时, 在评价的16对引物中, OI1/OI2c、Las606/LSS和HLBF468/R877灵敏度最高, 推荐同时使用检测黄龙病菌含量低的样品;各组巢式PCR检测引物有其适用扩增体系, 部分引物用Es Taq MasterMix扩增时出现非特异性扩增, F1/B1→F3/B3则适用Es Taq MasterMix体系, 且最高可稳定特异检出105倍稀释感染CLas柑橘总DNA样品（2×10-3 ng/μL）, 是灵敏度最高的引物组, OI1/OI2c→S3/S4在Es Taq MasterMix和Ex Taq DNA聚合酶体系中均可稳定特异检出104倍稀释感染CLas柑橘总DNA样品（2×10-2 ng/μL）, 是适用扩增体系最广的引物组;构建的5个绝对定量PCR质粒标准品中, pnrdB83扩增效率最接近100%, 且在2次重复试验中波动最小, 稳定性最强, 并且作为标准品对黄龙病待测样品进行绝对定量时, 各样品在2次重复试验中的拷贝数差值最小, 是本研究筛选的最佳质粒。本研究的结果将为柑橘黄龙病菌的定性和定量分子检测提供参考。 相似文献
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利用2b-RAD测序结合HRM分析技术开发与梨矮生性状相关的DNA分子标记 总被引：1，自引：0，他引：1
【目的】果树的矮生性状是一种重要的农艺性状,对果树的集约化栽培具有重要意义。来自西洋梨实生变异品种‘Le Nain Vert’的矮生性状受控于一个单显性基因Pc Dw,目前关于该基因的序列信息等还不清楚。本研究的目的是开发与其紧密连锁的DNA分子标记,为鉴定该基因提供依据。【方法】根据分离群体分组分析的原理,以‘矮生梨’ב茌梨’和‘2-3’ב绿宝石’2个F1杂交分离群体为试材,应用IIB型限制性内切酶的RAD技术(Restriction association site DNA,2b-RAD)对2对矮生型/普通型对比基因池进行基因组测序分析,在对比基因池间筛选出单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)位点,从中筛查出位于Pc Dw定位染色体上的SNPs,用高分辨率熔解曲线分析技术(High-resolution melting analysis,HRM)在群体上进一步检测验证,以确定其与Pc Dw位点的连锁关系。【结果】对4个样本(即4个对比基因池)的2b-RAD标签测序文库的测序结果共产生67 186 260条reads,平均每个样本测序reads数为16 796 565。将原始reads进行质量过滤后的统计结果表明,每个样本获得平均unique标签数目为86 810,平均测序深度为77×,该测序深度能够达到准确分型的标准。SOAP软件定位结果表明,4个测序文库中含有酶切位点的高质量reads占测序原始reads的70%以上,表明测序质量较好。在来自2个不同群体的矮生型基因池与普通型基因池间进行对比分析,初步筛选出SNP位点1 317个,其中有8个位于PcDw的定位染色体scaffold00074上。用HRM技术对这8个SNP标记在群体上的进一步检测结果表明,在‘矮生梨’ב茌梨’群体上有2个SNP标记、在‘2-3’ב绿宝石’群体上有4个SNP标记表现出与Pc Dw位点共分离的特性,根据其扩增子的熔解曲线形状差异,可有效区分矮生型和普通型表型。在来自‘矮生梨’ב茌梨’群体的215个杂种后代和来自‘2-3’ב绿宝石’群体的168个杂种后代中,未发现有标记与性状的重组类型。【结论】2b-RAD测序技术与HRM分析技术相结合,进行果树重要农艺性状分子标记的开发,是一种行之有效的方法。基于这一策略,本研究鉴定获得了4个与西洋梨矮生性状单显性基因Pc Dw连锁的SNP标记。 相似文献
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