阿坝州畜禽遗传资源现状分析     

张大维  田景玉  胡红春  蹇尚林  李后畏  塔英 《四川畜牧兽医》2008,35(9)

通过对麦洼牦牛、藏系绵羊、藏山羊、河曲马、麦洼马、阿坝驴、藏猪、藏鸡、三江黄牛、板角山羊、阿坝蜜蜂等11个品种和2个新种群(昂科牦牛和贾洛绵羊)的数量分布、生产性能纵横向的比较研究,掌握了各品种的数量消长及性能变化状况,有针对性地提出了各品种的保种选育、开发利用规划及对策措施.  相似文献   

三江黄牛全基因组数据分析   总被引：2，自引：0，他引：2  

宋娜娜  钟金城  柴志欣  汪琦  何世明  吴锦波  蹇尚林  冉强  蒙欣  胡红春 《中国农业科学》2017,50(1):183-194

【目的】研究三江黄牛群体遗传多样性,从基因组层面讨论其群体遗传变异情况。【方法】提取50个体基因组总DNA,等浓度等体积混合,构建混合样本DNA池,利用CovarisS2进行随机打断基因组DNA,电泳回收长度500 bp的DNA片段,构建DNA文库。应用Illumina HiSeq 2000测序,最终得到测序数据。利用BWA软件将短序列比对到牛参考基因组(UMD 3.1),来检测三江黄牛基因组突变情况。SAMtools、Picard-tools、GATK、Reseqtools对重测序数据进行分析,Ensemb1、DAVID、dbSNP数据库对SNPs和indels进行注释。【结果】全基因组重测序分析共计得到77.8 Gb序列数据,测序深度为25.32×,覆盖率为99.31%。测序得到778 403 444个reads和77 840 344 400个碱基,比对到参考基因组(UMD 3.1)的reads为673 670 505,碱基为67 341 451 555,匹配率分别为86.55%和86.51%,成对比对上的reads数为635 242 898(81.61%),成对比对上的碱基数为63 512636 924(81.59%);共确定了20 477 130个SNPs位点和1 355 308个indels,其中2 147 988个SNPs(2.4%)和90 180个indels(6.7%)是新发现的。总SNPs中,鉴定出纯合SNPs989 686(4.83%),杂合SNPs19 487 444(95.17%),纯合/杂合SNP比为1:19.7。转换数为14 800 438个,颠换为6 680 058个,转换/颠换(TS/TV)为2.215。剪切位点突变SNP727个,开始密码子变非开始密码子SNP117个,提前终止密码子的SNP 530个,终止密码子变非终止密码子SNP88个。检测到非同义突变数为57 621,同义突变为83 797,非同义/同义比率为0.69。检测到非同义SNPs分布在9 017个基因上,其中发现567个基因与已报道的重要经济性状相符,肉质、抗病、产奶、生长性状、生殖等相关基因的数量分别为471、77、21、10、8个,其中包括功能相重叠的基因;indels数据中,缺失数量为693 180(51.15%),插入数量为662 148(48.85%),纯合indels数量为161 198(11.89%),杂合indels数量1 194 110(88.11%),大部分的变异都位于基因间隔区和内含子区;三江黄牛全基因组杂合度(H)、核苷酸多样性(Pi)及theta W分别为7.6×10~(-3)、0.0 039、0.0 040,说明其遗传多样性较为丰富。三江黄牛群体Tajima'D为-0.06 832,推测可能由于群体内存在不平衡选择所致。【结论】本研究为进一步分析与经济性状相关的遗传学机制和保护三江黄牛品种遗传多样性提供了基因组数据支持。  相似文献   

阿坝州蛋鸡养殖调查与分析     

蹇尚林  董晓芳  佟建明  胡红春 《四川畜牧兽医》2013,40(3):23-24,27

阿坝州位于四川省西北部,紧邻成都平原,辖13县,其中纯牧区5个县,半农半牧区8个县。8个半农半牧区80%都是半高山或高山,蛋鸡养殖是该区域的重要产业。本次对阿坝州蛋鸡养殖现状的调查,主要在这个区域进行。1调查方法调查由阿坝州畜牧兽医局组织,制定统一的蛋鸡养殖调查表,以文件形式下发至8个县,各县派专门人员进行入户调查,调查表由调查人员和养殖户共同签字确  相似文献   

益生素对断奶仔猪生产性能和腹泻率的影响     

高军  胡红春 《四川畜牧兽医》2011,38(12):20-22

本试验选用35±2日龄的PIC五元杂交配套系断奶仔猪45头,将其随机分成3个试验组,即试验1组、试验2组和对照组,在试验组仔猪日粮中分别添加0.1%和0.3%的复合益生菌制剂,旨在研究益生素对断奶仔猪生产性能的影响。试验结果表明,益生素对断奶仔猪的生产性能有良好的促进作用,且腹泻率有所降低。  相似文献