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为实现除草剂先导化合物的作用靶标快速、精准预测以及活性分析,本试验建立了一种快速高效的基于化合物结构的反向寻找除草剂靶标的计算机模拟方法。通过分析拟南芥(Arabidopsis thaliana)的KEGG(京都基因与基因组百科全书)氨基酸代谢通路图(ath00460),筛选出调节氨基酸生物合成中的关键蛋白;利用YASARA软件对蛋白质三维结构模型进行同源模建以及Autodock vina 4.0软件模拟化合物小分子与靶蛋白的相互作用的方法,对筛选得到调节生成氨基酸中间产物或最终产物的专一性蛋白进行靶标库的建立,随后利用已知作用靶标的化合物分子进行了可行性与可靠性的验证,建立了一种基于化合物结构的反向寻找靶标的计算机模拟方法。通过筛选分析得到了166个调节生成关键中间产物或最终产物的专一性蛋白(涵盖已报道的18种与氨基酸生物合成途径有关的除草剂靶标酶),其中18个蛋白从PDB数据库中下载晶体结构,148个蛋白利用YASARA同源模建;利用烟嘧磺隆、甲磺隆、苯磺隆、灭草喹、多菌灵、毒死蜱六个已知作用靶标的化合物分子进行了可行性与可靠性的验证。本试验得到一种快速高效的基于化合物结构的反向寻找除草剂靶标的计算机模拟方法,该方法能快速、准确地预测小分子化合物的靶点与未知化合物的生物活性,为新农药创制的提供参考依据。 相似文献
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本课题组前期合成得到3-己基-4-碘基-6,7-二甲氧基异香豆素(化合物1)和3-己基-4-氰基-6,7-二甲氧基异香豆素(化合物2)。为得到更高生物活性的化合物,本研究利用活性基团拼接的方法对化合物1进行衍生合成,得到5种结构新颖的异香豆素衍生物3a-3c和4a-4b。目标化合物结构均经高分辨质谱及核磁共振氢谱、碳谱进行确证。利用茎叶处理法、小杯法和水生藻法测定了目标化合物的生物活性,结果表明,化合物3a对马唐和拟南芥均表现出较好的抑制作用;化合物4a和4b对油菜根有较好的抑制作用,此外化合物3c对马唐茎的生长、3b对反枝苋茎的生长都有促进作用;所有化合物对藻的活性均没大的影响。化合物3a对马唐和拟南芥有较高的抑制作用,可进行深入研究与开发应用。 相似文献
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