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为了探寻能够满足芒果各组织转录组测序要求的高质量RNA提取方法,以‘桂热芒82号’的叶片、花和果实为材料,从RNA提取质量和产率、琼脂糖电泳和RT-PCR结果分析、RNA测序质量评价这3个方面,对常用的3种试剂盒的提取效果进行了实验研究和评价分析。结果表明:以来自于天根生化科技有限公司的DP 419试剂盒提取的芒果各组织的RNA质量均较好,提取的RNA产率远高于其余两种试剂盒的提取产率;除以美伯生物医药技术有限公司的RM 103试剂盒提取芒果各组织所得RNA,经琼脂糖电泳未见有5S条带出现外,以其余两种试剂盒提取的芒果各组织的RNA都存在28S、18S、5S条带且RT-PCR分析结果理想;对以3种试剂盒提取所得的RNA进行完全测序,结果表明,3种试剂盒提取的RNA完全测序都大于98.99%,能满足RNA-Seq分析的要求。文中综合上述评判因素分析认为,天根生化科技有限公司的DP 419试剂盒是适用于芒果叶片、花和果实RNA提取的最优试剂盒。 相似文献
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【目的】为研究杧果树体发育过程中GA合成调控以及GA信号转导的作用提供参考,并为矮生型杧果品种及矮化砧木的选育提供参考。【方法】以广西地方具有矮化特性杧果品种‘桂热杧82号’无病虫侵害的嫩叶为材料,对其GA2ox基因克隆,并进行亚细胞定位及表达分析。通过改良Trizol法提取叶片总RNA,利用简并引物克隆GA2ox基因片段,采用RACE法得到基因的全长cDNA序列,命名为MiGA2ox。通过生物信息学方法分析其结构特征,利用GFP进行亚细胞定位,采用实时荧光定量RT-PCR技术研究MiGA2ox基因在‘桂热杧82号’与乔化品种‘金煌杧’中的表达特性。【结果】MiGA2ox全长cDNA序列为2 051 bp,含有3′非翻译区约900 bp,5′非翻译区约400 bp。GA2ox序列均含有完整的开放阅读框,终止密码子为TGA,编码341个氨基酸,与橙子(XM_006467404.3)、柑橘(XM_006449629.2)、木薯(XM_021738345.1)、巴西橡胶树(XM_021820571.1)、陆地棉(XM_016896568.1)、中棉(XM_012597405.1)的一致性分别为79%、79%、78%、78%、76%、75%。MiGA2ox编码蛋白的相对分子质量为38 729.4 Da,等电点为6.56,为稳定蛋白,无信号肽,无明显疏水区,无跨膜结构域。根据共聚焦激光扫描显微镜观察结果可知,MiGA2ox编码蛋白定位于细胞核中。在随机选择2个时间节点,矮化品种‘桂热杧82号’MiGA2ox的表达量均高于乔化品种‘金煌杧’。【结论】‘桂热杧82号’MiGA2ox基因的表达与其矮化性状有关。 相似文献
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以植物PHT1家族蛋白为研究对象,基于中国莲(Nelumbo nucifera)全基因组数据库,利用生物信息学方法发掘中国莲可能存在的PHT1家族成员,并对中国莲PHT1家族成员进行序列比对、系统进化、保守序列、跨膜结构、二级结构和亚细胞定位等分析。结果表明,从中国莲全基因组数据库中筛选获得4个PHT1蛋白,分别命名为:Nn PHT1:1、NnPHT1:2、NnPHT1:3、NnPHT1:4。它们在植物PHT1家族中属于GroupⅠ,均含有保守序列:GGDYPLSATIxSE。该序列具有11~12个跨膜区域,且保守序列位于第4个跨膜区域内,均定位于细胞质膜,且在细胞内侧第6和第7个跨膜区域之间均含有一个较大的细胞胞质内环结构;磷酸化位点和糖基化位点的数量范围分别在33~50个和4~9个;二级结构中α-螺旋和无规卷曲结构的数量总和均高于70%。研究结果展示了中国莲的PHT1家族成员的序列基本信息和结构特点,为深入研究中国莲的该家族成员基因及其编码蛋白的结构功能提供理论依据。 相似文献
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为研究适宜睡莲花粉离体萌发的培养基和低温保存的方法,以睡莲品种‘默笙’和3份原种睡莲的花粉为试验材料,采用单因素、正交试验设计,筛选出最适宜的培养基,观测睡莲花粉在不同温度下保存的萌发率。结果表明,4种澳系睡莲花粉的最适培养基的各组分浓度不同,花粉的生活力存在差异,澳洲原生浅色睡莲与澳洲原生深色睡莲的花粉生活力较高,分别为43.90%和45.63%;‘默笙’睡莲的花粉生活力次之,为31.84%;‘白巨睡莲’的花粉生活力较低,为9.73%;4种澳系睡莲花粉均不耐贮藏,不同温度下保存72 h后萌发率均为0。本研究结果可为睡莲杂交育种的亲本选择、花粉的低温保存研究提供参考。 相似文献
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【目的】分离、鉴定一种在广西剑麻叶片上产生圆形、近圆形或长椭圆形黑色凹陷斑块病害的病原菌,并针对该病原菌筛选具有较好防治效果的生防菌,为病害防治提供科学依据。【方法】从广西5个剑麻种植农场采集具有圆形、近圆形或长椭圆形黑色凹陷斑块的病叶,采用组织分离法分离病原菌;采用叶片针刺法接种,进行病原菌致病性测定;通过病原菌形态特征观察和分子生物学方法鉴定病原菌。采用平板对峙培养法和载玻片孢子萌发法研究哈茨木霉(Trichoderma harzianum)菌株GZ-5、深绿木霉(T.atroviride)菌株ST-1、枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)菌株B11和解淀粉芽孢杆菌(B.amyloliquefaciens)菌株YZ14-3对剑麻黑斑病病原菌菌丝生长和孢子萌发的抑制效果。【结果】从病叶组织中分离出6种真菌,其中编号为JMHB1的菌株分离率最高,达96%;致病性测定结果表明菌株JMHB1为致病菌;依据形态特征和分子生物学方法,将菌株JMHB1鉴定为新暗色柱节孢(Neoscytalidium dimidiatum)。对峙培养结果显示,生防菌菌株B11和YZ14-3可显著抑制菌株JMHB1的菌丝生长(P<0.05),抑菌圈半径分别为12.14和13.22mm,且2株生防菌株的培养滤液均可导致菌株JMHB1的菌丝隘缩、断裂;生防菌菌株ST-1和GZ-5对菌株JMHB1的拮抗系数为Ⅲ级和Ⅳ级,但其培养滤液对菌株JMHB1的菌丝无抑制作用。菌株JMHB1的孢子可在菌株YZ14-3、B11、ST-1和GZ-5的培养滤液中的萌发,萌发率分别为31.67%,32.37%,68.63%和76.63%。【结论】引起广西剑麻叶片产生圆形、近圆形或长椭圆形黑色凹陷斑块病害的病原菌为新暗色柱节孢[N.dimidiatum(Penz.) Crous&;Slipper],这是我国首次报道新暗色柱节孢侵染剑麻引起黑斑病。病害名称暂定为剑麻Neoscytalidium黑斑病。剑麻生产上可选择和搭配使用解淀粉芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌、深绿木霉及其商品制剂防治剑麻Neoscytalidium黑斑病。 相似文献
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以农田为对照,分析了退耕还林还草过程中所形成的植物群落对退耕地土壤水分、有机碳、氮、磷、钾含量的影响及其垂直分布特征和退耕地植物的生物量变化。结果表明:不同群落类型中,0~100cm土层的土壤含水量为6.9%~14.1%,撂荒地和苜蓿地土壤含水量随土壤深度的增加呈增加趋势,而柠条林地随土壤深度的增加呈下降趋势;0~20cm表层土壤中,有机碳、碳密度和全氮含量较20~100cm变化大;在0~100cm土层,与农田、撂荒地和苜蓿地相比,沙棘和柠条土壤全磷含量显著降低;不同退耕地植物生物量(地上和地下)差异显著,呈现柠条>沙棘>苜蓿>撂荒地>农田的变化趋势。表明退耕过程中草本的恢复对保持土壤深层水分含量有促进作用,而灌木的恢复对保持和增加土壤表层养分有较强的促进作用。 相似文献