基于RNA-seq数据的密斑刺鲀SSR分子标记开发及鉴定     

马军  刘嘉鑫  江智景  周永森  于振豪  王海山  陈燕  陈攀  黄海 《南方水产科学》2020,16(1):127-136

以密斑刺鲀(Diodon hystrix)为研究对象,利用RNA-seq技术进行转录组测序及序列组装,最终获得221762条Unigene序列,N50为2240 nt,GC含量为46.20%。利用MISA软件从该转录组数据中搜索到106221个符合条件的SSR位点,分布于62451条Unigene中,发生频率为28.16%。优势重复单元为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸,发生频率分别为48.99%、32.57%和14.72%,其中单核苷酸重复单元中以A/T为主,占总SSR位点数的46.21%,二和三核苷酸重复单元分别以AC/GT和AGG/CCT为主,占比分别为21.90%和2.70%。选取SSR长度大于等于20 bp的位点设计了17563个位点的引物,随机挑选160对位点引物进行扩增鉴定,筛选到95对有效扩增引物,占比为59.38%。通过多态性验证,最终获得30对稳定、可重复的多态性引物(占有效扩增引物的31.58%),其中15对引物表现出高多态性(PIC>0.5),这些高多态性引物具有评估密斑刺鲀群体多样性的潜力。结果表明,密斑刺鲀转录组数据可作为开发稳定的SSR标记的有效来源,该实验所开发的多态性SSR位点为进一步研究密斑刺鲀的遗传图谱和遗传多样性奠定了基础。  相似文献   

绿网规划中共享单车大数据的应用探析——以天津红桥区为例     

刘嘉鑫  李鹏波  王军 《中国园艺文摘》2018,(5)

大数据的应用与发展已经渗透到各个行业与领域之中,它的出现不仅为城市规划、地理信息系统等相关学科提供数据建模、资源调度以及其他一些技术上的帮助,也为风景园林的规划设计开拓新的视角。文章以共享单车的位置服务数据进行处理分析,通过研究分析红桥区共享单车的分布规律,探讨城市绿网的规划选线设计的方法,以期为绿网的规划提供科学的依据,为城市绿地的系统优化提供参考。  相似文献   

胡枝子和荆条不同植物配置的根系垂直空间分布特征   总被引：1，自引：0，他引：1  

赵倩  伍红燕  宋桂龙  孙盛年  杨欣宇  刘嘉鑫  张军 《草业科学》2019,36(9)

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