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为探究暗纹东方鲀(Takifugu fasciatus)TGF-β1基因与其生长性状的关联及作用,采用RACE技术克隆了暗纹东方鲀TGF-β1基因,分析了其基因结构与表达特征,并通过直接PCR扩增法对TGF-β1基因进行多片段比对,在此基础上筛选出与生长性状相关的SNP位点。研究发现TGF-β1基因cDNA全长共2 217 bp,包含5′UTR 51 bp, 3′UTR 1 014 bp, ORF 1 152 bp,编码383个氨基酸。氨基酸序列比对分析表明,暗纹东方鲀TGF-β1基因与红鳍东方鲀(Takifugu rubripes)同源性最高(92.82%)。进化树分析表明,暗纹东方鲀TGF-β1基因编码氨基酸序列与红鳍东方鲀聚为一支,与鲈形目鱼类亲缘关系最近(68.46%～73.33%)。qRT-PCR检测显示,TGF-β1基因在暗纹东方鲀8种不同组织(心脏、肝脏、脑、脾脏、肾脏、肌肉、中肠和鳃)都有表达,其中肾脏表达量最高,心脏和脾脏表达量次之。通过SNP位点不同基因型与个体生长性状的相关性分析,发现TGF-β1上的SNP g. 3908 C>A位点与暗纹东方鲀多项生长性状... 相似文献
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【目的】明确暗纹东方鲀（Takifugu fasciatus）5-羟色胺受体4（5-hydroxytryptamine receptor 4，HTR4）的分子结构、表达特征和功能，并探究HTR4基因SNP位点与暗纹东方鲀生长的相关性。【方法】采用分段克隆方法,分别扩增HTR4基因的3′RACE、5′RACE以及中间保守区域，将其拼接后获得暗纹东方鲀HTR4基因cDNA全长序列，对其进行生物信息学分析；利用实时荧光定量PCR技术，分析HTR4基因在暗纹东方鲀脑、肾脏、肝脏、脾脏、心脏、卵巢、中肠、鳃、皮肤和肌肉等10种组织中的分布，以及其在卵巢5个不同发育时期（Ⅰ~Ⅴ期）的脑、肾脏、肝脏、脾脏、心脏、中肠、鳃和肌肉等8种组织中的表达模式；利用Sanger测序法，筛查HTR4编码区生长性状相关的SNP位点。【结果】暗纹东方鲀HTR4 cDNA全长2 302 bp，开放阅读框长度为1 170 bp，共编码389个氨基酸，包含5个外显子；氨基酸序列比对及系统进化树分析结果显示，暗纹东方鲀与红鳍东方鲀HTR4的一致性最高（99.53%），亲缘关系最近；三维结构预测显示，HTR4蛋白在鱼类中较为保守。荧光定量PCR结果表明，HTR4基因在暗纹东方鲀10个不同组织中均有表达，其中在脑组织表达量最高，其次是中肠，肌肉组织表达量最低；HTR4基因在卵巢5个不同发育时期的8个不同组织中均有表达，其中在卵巢发育的Ⅳ时期表达量最高。SNP位点筛查结果表明，暗纹东方鲀HTR4基因第4外显子1 202 bp处存在1个同义突变SNP位点（c.1202 C>G），关联分析表明该位点与暗纹东方鲀肥满度性状显著相关（P<0.05），其中CC基因型个体肥满度较高。【结论】HTR4基因在暗纹东方鲀生长发育中发挥了重要作用，可作为优良候选基因，在一定程度上可为暗纹东方鲀生长性状新品种的选育提供分子标记。 相似文献
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