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综合分析对虾科(Penaeidae)21个物种线粒体基因组的全序列,发现其线粒体基因组的长度为15 893～16 071 bp, A+T含量为64.59%～70.61%。Ka/Ks分析表明,对虾科物种线粒体13个蛋白质编码基因(protein-coding genes, PCGs)中,atp8基因的Ka/Ks最高,表明在对虾科中atp8基因受到了较弱的选择压力;在差异位点的分析中,发现nd5和rrnL基因的差异位点比例较高,是理想的分子标记,可用于分析对虾不同群体之间的遗传多样性;在密码子的使用中,被编码的氨基酸均体现相似的偏好性。同时,采用ML(Maximum likelihood)和BI(Bayesian inference)方法构建系统发育树,结果显示,这两种方法构建的系统发育树拓扑结构完全一致,且同属物种也都归为一类或者单独归为一支。本研究为快速鉴定对虾科生物提供了可靠的分子标记,为分析对虾科物种遗传多样性提供理论依据。 相似文献
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综合分析了长臂虾科(Palaemonidae)14 个物种线粒体基因组的全序列, 发现长臂虾科线粒体基因组的长度为 15396~15967 bp, A+T 含量为 58.97%~69.09%; 长臂虾科内不同属线粒体基因组的基因排列各不相同, 与十足目 (Decapoda)线粒体基因组的原始排列相比, 除沼虾属(Macrobrachium)的基因排列顺序未发生改变外, 长臂虾属 (Palaemon)、叶颚虾属(Hymenocera)和贝隐虾属(Anchistus)的基因排列顺序均发生了不同程度的变化, 此外贝隐虾属(Anchistus)还出现基因缺失现象; 长臂虾属和沼虾属线粒体 13 个蛋白编码基因(protein-coding genes, PCGs)的 Ka/Ks<<1, 显示出很强的纯化选择; 长臂虾科 13 PCGs 在密码子的使用中, 被编码的氨基酸均体现相似的偏好性; 在线粒体基因组的差异位点分析中, 发现 nd5、nd4 和 nd2 基因为理想的分子标记。基于 13 PCGs 系统发育结果表明, 长臂虾属与沼虾属互为姊妹关系, 叶颚虾属和贝隐虾属单独聚为一大支。分子钟的估算结果推测长臂虾科物种可能起源于二叠纪, 随后进一步分化为具有现代表征的长臂虾种类。本研究为快速鉴定长臂虾科生物提供了可靠的分子标记, 并为分析长臂虾科物种遗传多样性提供理论基础。 相似文献
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综合分析了龙虾科(Palinuridae) 13 个物种线粒体基因组的全序列, 发现其线粒体基因组的长度为 15470~ 16105 bp, A+T 含量为 62.63%~67.11%。Ka/Ks 分析表明, 龙虾科中的 10 个龙虾属(Panulirus)物种线粒体 13 个蛋白质编码基因(protein-coding genes, PCGs)的 Ka/Ks＜＜1, 显示出很强的纯化选择; 在差异位点的分析中, 发现 nd5、 nd4、rrnL 基因的差异位点比例较高, 是理想的分子标记, 可用于分析龙虾类不同群体之间的遗传多样性; 密码子偏好性分析表明, 被编码的氨基酸偏好性是相似的。同时, 本研究采用 ML (maximum likelihood)和 BI (Bayesian inference)方法构建系统发育树, 结果显示, 塔斯马尼亚龙虾属(Sagmariasus)物种最先开始分化, 而龙虾属单独聚为一支, 且与脊龙虾属(Linuparus)/游龙虾属(Puerulus)互为姊妹关系。贝叶斯分子钟估算结果显示, 龙虾科物种可能起源于三叠纪, 随后进一步分化为具有现代表征的龙虾种类。本研究旨在为快速鉴定龙虾科生物提供可靠的分子标记, 并为分析龙虾科物种遗传多样性提供理论依据。 相似文献
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