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为探讨黄河鲤新品系群体选育过程中相邻世代F3和F4群体的生长和肌肉营养组成差异,分别从2龄黄河鲤新品系F3和F4群体中挑选10尾进行肌肉营养组成分析。结果显示：2龄黄河鲤新品系F4群体的体长和体质量均显著高于F3群体(P<0.05);黄河鲤新品系F3和F4群体的肌肉水分和粗脂肪差异不显著(P>0.05),F3群体的肌肉粗灰分和粗蛋白含量均显著高于F4群体(P<0.05);黄河鲤新品系F3和F4群体的肌肉总氨基酸含量和必需氨基酸含量差异不显著(P>0.05),F3群体的肌肉非必需氨基酸含量、鲜味氨基酸含量和鲜味氨基酸/总氨基酸均显著高于F4群体(P<0.05),但F4群体的必需氨基酸/总氨基酸却显著高于F3群体(... 相似文献
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黄河鲤是我国重要的水产养殖鱼类,该类群经过长期的遗传改良后,其基因组上可能存在特定的选择信号,研究这些选择信号是筛选功能基因的重要策略之一。笔者对2个黄河鲤遗传改良群体(豫选黄河鲤新品系和福瑞鲤2号养殖群体)和1个未选育群体进行了全基因组重测序,共获得8 665 728个高质量的单核苷酸多态性(SNP)位点的分型数据,并采用群体间遗传分化指数、核苷酸多态性比值和跨群体复合似然比检验检测受到选择的基因组区域。取前5%的位点作为受选择位点,选择在多种方法中检测到重叠的区域作为候选区域,并对其进行基因注释。结果显示,在黄河鲤基因组上广泛存在选择信号,与未选育群体相比,两个遗传改良群体分别有1434和1333个基因受到选择,豫选黄河鲤新品系群体中受选择的基因富集到了细胞发育、心肌收缩、细胞分化、蛋白质糖基化等相关通路上,福瑞鲤2号养殖群体的受选择基因则与胚胎骨关节发育、细胞膜融合、神经递质分泌有关。将两个遗传改良群体混合,与未选育群体相比,检测到2037个基因受到选择,包括Fabp2、Acaca、Acsl、Cpt1基因等,这些基因显著富集在脂肪合成代谢相关的通路上,如甘油磷脂代谢、脂肪酸合成、... 相似文献
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利用基因组微卫星检测2个团头鲂(Megalobrama amblycephala)养殖群体的遗传多样性，18个位点共检测到126个等位基因，大小在135～362 bp。各位点观测等位基因数(Na)在3～15个，平均为7个；有效等位基因数(Ne)在1.250～6.979,平均为3.603。各位点检测到的香农信息指数(I)在0.417～2.213,平均为1.384。观测杂合度(Ho)在0.219～0.856,平均值为0.647;期望杂合度(He)在0.200～0.857,平均值为0.665。多态信息含量指数(PIC)在0.190～0.843,平均值为0.624。群体间的遗传分化指数(Fst)为0.070,群体间的基因交流(Nm)为1.59,说明HH和YH 2个群体之间有一定程度基因流。2个位点检测到的近交系数(Fis)>0,其他16个位点近交系数均<0。研究表明，HH和YH两个人工养殖群体中均有较高的遗传多样性，群体间有一定程... 相似文献
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畜禽基因组选择中贝叶斯方法及其参数优化策略 总被引：1，自引：1，他引：0
品种选育在畜禽育种中占十分重要的地位,基因组选择作为畜禽育种的新兴技术手段而备受关注。其优点为可以缩短世代间隔,加快遗传进展,可以不依赖于表型进行选择。2001年,Meuwisen提出基因组选择的概念后,基因组选择首先应用于奶牛育种,至2014年8月,国际公牛组织已有34个成员国在其国家奶牛育种群中应用基因组选择。随着基因组选择的不断推广应用,提高基因组育种值估计准确性的问题有待于解决,当前对基因组选择方法的研究和探讨正在不断深入,有效的模型及算法对提高基因组育种值估计的准确性具有重大现实意义。至今已有17种贝叶斯方法相继被提出,本文简要介绍了基因组选择中的经典BayesA和BayesB方法,其中BayesA假设所有位点都有效应,BayesB假设部分位点有效应,且这部分有效应的位点所占的比例很小,它们的假设模型和算法都不相同。Meuviwisen提出经典贝叶斯方法后,其它贝叶斯方法犹如雨后春笋般涌出,这些新方法的提出,都是基于经典贝叶斯方法原理,对假设模型和算法进行适当改进,以期对模型中的参数进行优化。如BayesC方法在BayesB的基础上对模型中的π值进行优化,BayesCπ和 BayesDπ是在BayesC的基础上进行改进,这两种方法假设各位点的效应方差是相同的,而BayesC假设各位点的效应方差是不同的,BayesDπ又是在BayesCπ基础上对效应方差服从尺度逆卡方分布中的尺度参数进行优化。Bayes Lasso的思想和BayesA一样,不同之处在于它假设标记效应服从另一种分布-拉普拉斯分布,所以标记效应的后验分布也随之改变。BayesRS方法假设各位点的效应方差是按占一定比例的总遗传方差分配的。其它的贝叶斯方法也都是在前人研究的基础之上对模型中的先验假设进行变换和模型中的参数进行优化,以期寻找最适合群体的假设模型和参数。目前广泛应用的贝叶斯算法仍是经典贝叶斯算法以及BayesCπ,这是由于它们计算结果的稳定性和较高的基因组育种值估计准确性。在这3种贝叶斯算法中,基因组育种值估计准确性基本上是BayesB＞BayesCπ＞BayesA,但某些性状计算的基因组育种值准确性结果并非如此。相对于经典贝叶斯方法,参数优化过程在一定程度上提高了基组育种值估计的准确性。总之,在经典贝叶斯方法的基础上,贝叶斯方法的改进算法及其参数优化策略围绕着以提高基因组育种值估计的准确性为目的,通过生物遗传算法与实际的群体情况相结合,寻找最适的假设模型和参数优化策略,丰富和拓展了基因组选择算法,并能使得基因组育种值更具参考价值。由于中国的动物育种历程与国外育种差距甚远,利用基因组选择可以加快畜禽育种进程,进而还可以培养新品系,丰富遗传资源。同时对基因组选择在中国的方法研究及应用进行了介绍,面对基因组选择的种种优点,全基因组选择育种技术势在必行。此外,文章还探讨了畜禽基因组选择中贝叶斯方法及其参数优化策略存在的主要问题和今后研究的热点,以期为获得更加可靠和快捷的基因组选择算法提供参考。 相似文献
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对畜禽存栏量的调查是农业统计调查的重要内容之一,其统计调查方法主要是抽样调查。本研究旨在通过实例抽样调查,拟出合适的抽样方法对全国的基础母牛存栏量进行调查估计。采用二阶PPS(sampling with probability proportional to size)抽样、分层等比例抽样、分层二阶典型抽样对内蒙古敖汉旗肉牛存栏量进行调查,比较3种方法的准确度。结果表明, 在此3种方法10%的样本量下进行比较时,3种抽样方法按相对误差大小顺序排列为:分层二阶典型抽样＜分层等比例抽样＜二阶PPS抽样,其相对误差分层二阶典型抽样比分层等比例抽样、二阶PPS抽样分别小60.38%、92.83%;置信区间按大小顺序排列为:分层二阶典型抽样＜分层等比例抽样＜二阶PPS抽样。总体而言,分层二阶典型抽样的准确度相对较高,相对误差最小,仅为0.0412。故在实际应用当中,分层二阶典型抽样目前较为适用。 相似文献
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为精准评估黄河鲤生长性状的遗传参数，利用7对微卫星标记对1个黄河鲤家系混养群体的亲本和子代进行基因分型，利用分型信息进行亲子鉴定后，采用平均信息约束极大似然法算法开展黄河鲤20月龄体质量、体长的遗传参数估计。考虑到可能存在的非加性遗传效应，建立和比较分析3种动物模型：模型A只考虑加性效应，模型AM包含加性效应和母本效应，模型AF包含加性效应和全同胞效应。用似然比统计量检验不同模型间的差异显著性。结果显示：7个微卫星位点上共检测到64个等位基因，平均等位基因数为9.1个，变化为5～11个；平均观测杂合度为0.795,平均期望杂合度为0.801,平均多态性信息含量为0.771,所有位点表现高度多态性；实际亲子鉴定成功率为96.1%。模型分析结果显示：模型AM为最优模型，获得黄河鲤选育群体20月龄体质量和体长的遗传力分别为0.46和0.41,属于高遗传力；两个性状的母本效应值分别为0.14和0.11;采用两性状动物模型分析相关性发现，体质量和体长间的表型和遗传相关系数均达到高度正相关(0.75～0.85)水平。试验结果表明，在黄河鲤20月龄生长性状遗传参数评估模型中，应考虑母本效应，同时结合... 相似文献
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