亚洲草鱼群体的差异甲基化分析     

魏上  谢玲莉  朱华  张清靖  沈玉帮  徐晓雁  李家乐 《水产学报》2023,47(3):039609-039609

为探究水产养殖过程中DNA甲基化对亚洲草鱼群体人工驯化与环境选择适应的影响,本实验对亚洲范围内8个地区的养殖和野生草鱼群体进行了全基因组甲基化测序,测序序列经质控后比对到草鱼参考基因组上,并进行差异甲基化分析和功能富集分析。结果显示,甲基化测序共获得308.15 Gbp测序数据,平均测序深度31×,平均比对率62.97%。对5个养殖群体分别与野生背景群体间进行差异甲基化分析,共发掘出76 422个差异甲基化位点、3 737个差异甲基化区域、1 950个差异甲基化基因。功能分析发现,差异甲基化基因被注释到血管生成、神经嵴细胞迁移、T细胞分化、颅骨系统发育、肌肉细胞发育等GO功能分类中。KEGG代谢途径富集分析的结果显示,差异甲基化基因主要参与细胞黏附连接、Notch信号通路和Wnt信号通路等代谢途径。在这些功能注释的基因中,有许多与神经、免疫、骨骼和肌肉等组织发育相关的重要基因,如sema3d、sema5bb和nrg2a等。本研究进一步对表观遗传修饰在草鱼人工驯化和环境选择适应作用机制的探究奠定了基础,为保存和科学利用草鱼种质资源提供了有价值的遗传基础数据。  相似文献   

低盐对青蛤抗氧化酶和ATP酶的影响及碳酸酐酶基因的克隆与表达          下载免费PDF全文

葛红星  李雯倩  柳佳玲  任国梁  吴雨晨  谢玲莉  问露洁  董志国 《中国水产科学》2021,28(8):968-977

为探讨青蛤(Cyclina sinensis Gmelin)耐低盐适应机制, 研究了低盐(盐度 8)和正常盐度(盐度 25)条件下青蛤 96 d 内超氧化物歧化酶(SOD)、过氧化氢酶(CAT)、谷胱甘肽过氧化物酶(GPH-Px)、Na⁺ /K⁺ -ATPase、Ca²⁺/Mg²⁺-ATPase 酶活性、丙二醛含量和碳酸酐酶 mRNA 时序性表达变化。实验结果表明: (1) 低盐条件与正常盐度相比, 青蛤超氧化物歧化酶、过氧化氢酶、谷胱甘肽过氧化物酶活性总体呈现先上升后下降的趋势, 变化具有显著性差异(P＜0.05); Na⁺ /K⁺ -ATPase 活力在 96 d 内一直呈下降趋势, 在第 48 天下降至最小值, 显著低于初始酶活性值(P＜0.05); 实验开始后的第 6、12、24 天, Ca²⁺/Mg²⁺-ATPase 酶活性较初始酶活性无显著性变化(P＞0.05), 第 48 天显著升高(P＜0.05); MDA 含量呈现先上升后下降的趋势, 第 12、48 和 96 天时显著高于初始酶活性(P＜0.05)。(2) 利用 RACE 技术克隆了青蛤碳酸酐酶基因(CsCA)的全长 cDNA 序列, 共 1672 bp, 包含 738 bp 开放阅读框, 编码 245 个氨基酸, 系统进化树结果表明青蛤与其他瓣鳃纲碳酸酐酶基因同源性高, 说明其进化保守。qRT-PCR 结果显示, 低盐条件下, 青蛤碳酸酐酶基因 mRNA 在第 24 天显著高于初始表达量(P＜0.05), 其他时间也高于初始值, 但差异不显著(P＞0.05)。 综上所述, 在适应低盐环境时, 青蛤鳃组织中抗氧化酶最先被激活并出现反应, 活力增强, 随着时间的增加, 抗氧化酶活性受抑制, 随后 ATP 酶活性升高; 碳酸酐酶基因在青蛤长期适应低盐环境中发挥重要作用。本研究结果为青蛤养殖产业可持续发展提供理论指导。  相似文献