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北京地区猪圆环病毒3型感染的检测及基因组遗传变异分析 总被引：1，自引：0，他引：1
旨在了解北京地区猪圆环病毒3型(porcine circovirus type 3,PCV3)的流行现状、分子生物学特征和遗传变异规律,为PCV3的防控提供参考依据。采集北京地区规模化养殖场73份临床表现为繁殖障碍和呼吸系统疾病的组织样品,对其中的PCV3进行检测和测序。根据PCV3全基因组序列设计3对特异性引物,从患PDNS的断奶仔猪内脏组织中扩增PCV3全基因序列片段,克隆到pMD19-T载体中,经测序、拼接获得PCV3全长cDNA序列,利用DNAStar和DNAMAN生物软件对全基因组进行遗传变异分析。结果:北京地区PCV3感染率为30.1%(22/73),PCV3全基因组长2 000bp,GenBank序列登录号为MG546667,将该病毒命名为PCV3/CN/BJ-YH2016。其基因组有3个开放阅读框(ORF),其中两个ORF编码的蛋白与圆环病毒的复制相关蛋白(replication-associated protein,Rep)和衣壳蛋白(capsid protein,Cap)同源。PCV3/CN/BJ-YH2016与NCBI上30株PCV3基因组序列相似性为98.6%~99.3%,Rep蛋白氨基酸序列与美国毒株PCV3-US/MO2015(KX778720)的相似性最高(为100%),与中国毒株PCV3/CN/Guangdong-SG1/2016(MF589105)相似性最低(为95%),有16个氨基酸变异,全部集中在5-23位氨基酸。Cap蛋白氨基酸序列与美国毒株2164(KX458235)的相似性为100%,与其他毒株均有1~4个氨基酸发生变异,其中与PCV3-US/MO2015毒株相比变异位点分别位于24、26、56、100aa。以上试验结果表明,成功从患断奶仔猪多系统衰竭综合征仔猪体内克隆了PCV3全基因,并完成了序列分析,这些数据将为研究这种新型病毒——PCV3的遗传变异和流行病学特征提供分子生物学依据。 相似文献
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为获得高活性的牛γ干扰素(BoIFN-γ),依据GenBank中已发表的BoIFN-γ基因序列(M29867)进行人工合成,应用PCR方法扩增该基因,将其插入pIRESneo构建真核表达质粒,转染到CHO细胞中,用SDS-PAGE和Western blot鉴定目的蛋白的表达,并用牛γ干扰素检测试剂盒鉴定其反应原性.结果:成功的构建了pIRES-BoIFN-γ真核表达载体,实现了其在CHO细胞上的表达.表达产物经γ-干扰素检测试剂盒检测具有良好的反应原性,为研究BoIFN-γ结构与生物学功能以及建立牛结核BoIFN-γ检测法奠定了基础. 相似文献
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扑草净对人体健康及水生环境的安全性评价 总被引：1，自引：0，他引：1
在水产养殖中,扑草净作为一种三嗪类除草剂被违规使用。近年来中国水产品扑草净残留频频被检出,甚至超过水产品进口国命令检查的基准值,影响了正常的水产品出口贸易。但目前水产品中扑草净的最大残留限量(MRL)未见报道,而较难降解的扑草净对水生环境存在安全隐患。以美国环境保护署(EPA)公布的扑草净相关报告为主要依据,文章分析了国内外扑草净残留的限量标准现状,详细介绍了扑草净对人体健康的安全性评价,阐述了扑草净对水生环境的生态毒理效应,并综述了水产品中扑草净的检测方法及其风险评估研究现状,以期引起广泛的关注和重视,并为把扑草净作为水产用药纳入国家标准目录及建立正常的水产品出口贸易秩序提供基础资料。 相似文献
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为了解卵形鲳鲹养殖过程主要生长阶段DDTs残留特征及其来源途径,针对卵形鲳鲹实际网箱养殖生产条件,在放苗、养殖生产中期和收获3个主要时期,分别采集网箱中养殖水体、养殖鱼体、所用饲料和网箱处海底表层沉积物底泥样品,采用气相色谱法测定样品中DDTs及其同系物含量。结果显示,苗种、成鱼、所用饲料及养殖水体和养殖环境表层沉积物底泥中,均检测出DDTs,其中苗种、养殖成鱼、所用饲料、养殖海水和表层沉积物底泥中DDTs平均含量分别为(3.15±0.42)、(4.49±0.39)、(3.95±0.33)μg/kg干重、(3.76±0.43)ng/L和(4.34±1.18)μg/kg干重。随着养殖过程的进行,鱼体中DDTs含量逐渐增加,收获上市时期鱼体肌肉中含量显著高于苗种时期的含量,但远低于0.5 mg/kg湿重的国家食品安全限量标准。从DDTs同系物种类上看,养殖海水、饲料和鱼体中ο,ρ′-DDT、ρ,ρ′-DDD、ρ,ρ′-DDT和ρ,ρ′-DDE 4种同系物均能检出,但沉积物中仅检测出前3种同系物。4类样品DDTs主要成分均为ο,ρ′-DDT和ρ,ρ′-DDT,其在鱼体中所占比例平均值分别为42.09%和37.07%;在饲料中所占比例平均值分别为44.85%和34.62%;在养殖海水中所占比例平均值分别为40.91%和37.99%;在养殖环境沉积物底泥中所占比例平均值分别为33.03%和51.34%。从鱼体、饲料、养殖海水和沉积物底泥中DDTs同系物组成比例和含量特征判断,饲料是鱼体后续生长中富集DDTs的主要来源途径之一。为保障卵形鲳鲹质量安全,应着重加强饲料中有毒有害物质的控制和管理。 相似文献
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大熊猫源犬瘟热病毒基因组遗传特征分析 总被引：2，自引：0，他引：2
【目的】对首次暴发的大熊猫源性犬瘟热病毒（panda derived-canine distemper virus,P-CDV）全基因组进行克隆测序,以了解大熊猫源CDV的全基因组遗传变异情况,进一步追踪感染源,为大熊猫犬瘟热防控提供理论依据。【方法】根据GenBank公布的CDV全基因组序列设计17对特异性引物,利用RT-PCR技术,从感染犬瘟热病毒的大熊猫肺渗出液中分片段扩增CDV全基因序列,并克隆到pMD19-T载体中;经测序、拼接,获得第一个P-CDV全长cDNA序列;利用DNAman生物学分析软件分别对全基因组序列、H蛋白基因序列、F蛋白基因序列、P蛋白基因序列、M蛋白基因序列等进行遗传变异分析,构建系统进化树。【结果】经序列测序和拼接,大熊猫源犬瘟热病毒全基因组长15 690 nt,GenBank登录号为KP677502,主要编码6种蛋白,分别是N蛋白、P蛋白、M蛋白、F蛋白、H蛋白和L蛋白,在各个基因及间隔区中未发现碱基插入和缺失。遗传进化分析显示,P-CDV全基因组与20株代表性CDV全基因组序列同源性为91.5%-98.7%,P-CDV与强毒株MKY-KM08（HM852904）、PS、HLJ1-06（JX681125）、Hebei（KC427278）以及AC96I-H358（AB753776）在一个大的分支上,与PS株（JN896331）亲缘关系最近,同源性为98.7%,与标准野毒株Strain A75-17（AF164967）同源性为95.7%,与疫苗株CDV3（EU726268）亲缘关系较远,同源性为91.5%。H蛋白氨基酸序列分析和系统进化树表明,大熊猫源犬瘟热病毒属于强毒株,基因型为Asia-I型。P-CDV各蛋白基因与20株代表性的毒株相比有9处氨基酸发生了变异,与GenBank上现有的CDV序列相比,其中3处是独有的,分别是：F蛋白基因的208位由N（Asn,天冬酰胺,强毒株多为N）或K（Lys,赖氨酸,弱毒株多为K）变成了S（Ser,丝氨酸）,第215位由S变成了A（Ala,丙氨酸）,P蛋白基因的58位由Q（Gln,谷氨酰胺）变成K（Lys,赖氨酸）。【结论】成功克隆了大熊猫源犬瘟热病毒的全基因,并完成了序列分析,发现了在F、P基因上碱基的重要变异。这些数据将为研究大熊猫犬瘟热的遗传变异和流行特征提供分子生物学依据。 相似文献
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