芯片和重测序在猪遗传结构研究中的应用比较     

杨晴  巩静  赵雪艳  朱晓东  耿立英  张传生  王继英 《畜牧兽医学报》2023,(7):2772-2782

旨在比较芯片与测序SNP分型技术、标记密度对遗传多样性、系统发生树和近交系数等分析结果的影响，探讨遗传结构分析中低成本、高效的分型方法和适宜的SNP密度。本研究以35头枣庄黑盖猪的CAUPorcineSNP50芯片数据和重测序数据为基础，以重测序数据为“原材料”构建了随机34K、均匀34K、均匀340K和均匀3 400K 4个SNP面板，利用CAUPorcineSNP50芯片和各SNP面板的SNP标记分析了枣庄黑盖猪的遗传多样性、系统发生树和基因组近交系数。结果表明：1)利用芯片SNP标记分析的观察杂合度(observed heterozygosity,H_O)(0.385 9 vs. 0.320 0～0.324 1)、期望杂合度(expected heterozygosity,H_E)(0.381 3 vs. 0.333 5～0.334 6)、遗传距离(0.305 7 vs. 0.279 8～0.280 6)等遗传多样性指标值均高于各测序SNP面板，利用芯片SNP标记构建的系统发生树与各测序SNP面板存在较大不同，这可能是由于芯片设计中倾向于选...  相似文献