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为了解猪轮状病毒（PoRV）VP7蛋白的生物信息学信息,运用Expasy-ProParam、YinOYang-1.2、TMHMM-2.0、ABCpred和IEDB等软件,预测分析PoRV临床分离株GZAS2020和疫苗株NX VP7蛋白的基本理化性质、结构功能和B细胞抗原表位差异。结果显示：两种VP7蛋白均属于稳定蛋白、亲水性蛋白、跨膜蛋白和非分泌性蛋白;分离株与疫苗株的O糖基化位点数分别为55和62,N糖基化位点数均为1,磷酸化位点数分别为29和30;亚细胞定位均位于质膜,均以α-螺旋和无规则卷曲为主要结构,延伸和β-转角贯穿其中;GZAS2020株的B细胞抗原表位位于67~72 aa（PYANSTT）、97~100 aa（KWTE）、176~179 aa（QQTD）、276~283 aa（TTAPQTER）,NX株位于96~99 aa（TKWK）、176~182 aa（QQTDEAN）、274~279 aa（DPTTTP）、310~317 aa（MSKRSRSL）,两者在97~100、176~179、276~279 aa处存在相同的B细胞抗原表位,但GZAS2020株在无规则卷曲位置（67~72 aa）存在独特的B细胞抗原表位。以上结果说明,疫苗株NX与贵州省流行株GZAS2020在主要抗原蛋白上存在差异。 相似文献
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为探究贵州省猪流行性腹泻病毒(PEDV)流行毒株的遗传进化情况,对2017—2022年贵州省不同地区13份PEDV阳性腹泻样本进行ORF3全基因扩增、克隆、测序,使用DNAstar、MEGA 7.0软件,对所得序列核苷酸和氨基酸同源性以及突变和遗传进化情况进行分析。结果显示：13份PEDV阳性样品的ORF3基因序列全长均为675 bp,编码224个氨基酸;13条克隆序列的核苷酸和氨基酸同源性分别为95.1%～100%和96.4%～100%;13条克隆序列与经典毒株CV777株ORF3基因的核苷酸和氨基酸同源性分别为95.9%～97.3%和94.7%～96.4%,同源性较低;与经典毒株CV777株相比,13条克隆序列在G160A、C243T、C274T、G301A、C450T、A497G存在相同的核苷酸突变,存在4个相同的氨基酸位点突变(V21A、V54I、A101T、N166S);13条克隆序列所在毒株在遗传进化上全部属于GⅡ型,其中GZ220514、GZ342、GZ224、GZ219、GZ423隶属于GⅡb亚型,GZ210112、GZ210129、GZ210220、GZ210714、... 相似文献
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