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为了解当前猪流行性腹泻(porcine epidemic diarrhea,PED)在我国部分省份的发病情况以及猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)的分子特征和遗传变异情况,本研究从山西、湖北、辽宁、江西、广东5个省份的部分猪场采集疑似PED症状的样品60份,利用RT-PCR方法对其进行PEDV检测。筛选其中的PEDV阳性毒株,利用分段克隆测序的方法获得其PEDV S基因全序列,并利用生物信息学方法对其进行分析。结果表明,PEDV检出率为61.7%;筛选的13株毒株S基因核苷酸同源性为96.6%~99.8%,与2010年以前我国分离株的同源性为92.6%~95.5%,与2010年以后我国分离株的同源性为93.8%~99.4%,与美韩毒株的同源性为93.8%~99.0%,与疫苗株的同源性为92.1%~98.1%;13株S蛋白氨基酸序列与疫苗株CV777氨基酸序列相比存在75个相同突变位点和12个差异突变位点,其中在S1区(1~789aa)占比71.26%,中和表位区域有2个相同突变位点,线性表位区域有9个相同突变位点,2个受体结合域有25个相同突变位点。其S蛋白均具有信号肽(1~20aa),剪切位点为20~21aa。S蛋白的二级结构主要是α-螺旋32.97%、β-折叠27.78%、β-转角8.59%和无规卷曲30.66%。遗传进化分析表明,13株PEDV均属于G2b类群,而我国现今常用的疫苗株CV777归属于G1a类群。说明当前PED在我国的流行趋势依然严峻,本次分离的13株PEDV与2010年前的野毒株以及现行疫苗株相比发生了较大的变异,因此需要引起相关猪场及检疫部门的高度重视,并及早采取措施以防止该病的大规模暴发。 相似文献
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聚合酶链反应检测4种猪源细胞系中的内源性反转录病毒 总被引：5，自引：0，他引：5
为了建立检测猪内源性反转录病毒（porcine endogenous retrovirus,PERV)的特异性方法，根据巳发表的PERV的序列，设计并合成了针对PERV核心蛋白（gag）、多聚酶（pol)、囊膜蛋白（env）基因的3对引物，预期扩增片段分别为361、150、265bp。应用PCR技术检测了PERV在4株猪源细胞中的整合情况。结果表明，在所有被检细胞的基因组中均存在有PERV的前病毒序列，应用RT-PCR检测上述4株猪源细胞中PERV特异性MRNA的表达，结果均为阳性。试验还对建立的上述2种方法的特异性进行了探讨，结果表明试验建立的PERV检测法具有较高的特异性。该方法的建立为进一步研究PERV奠定了基础，还可对异种移植动物模型及异种移植受体进行病原安全性监测。 相似文献
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2016年3月,华南某猪场发生水疱性疾病。经实验室PCR诊断,排除FMDV后显示为SVV阳性。使用PK-15细胞进行病毒培养和传代,采用特异性的VP1基因引物扩增该片段,使用DNAMAN7.0和MEGA6.06软件进行同源性分析。结果表明,该病毒可以在细胞上成功繁殖,成功克隆了该病毒的VP1基因,序列长度为694 bp,并进行基因测序和遗传进化分析。序列同源性分析显示:该毒株与国内其他毒株亲缘关系较远,单独形成一个分支。表明该毒株为塞内加谷病毒的新成员,命名为SVV HN16。 相似文献
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