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为了解山东省猪流行性腹泻病毒（porcine epidemic diarrhea virus,PEDV）基因组遗传演化特征,将山东省滨州市某猪场的PEDV阳性样品接种Vero E6细胞,结果成功分离到1株PEDV,将其命名为SD20BZ01株。通过RT-PCR分段扩增病毒基因组,经测序、拼接获得SD20BZ01株全基因组序列,并将其与GenBank收录的参考毒株序列进行同源性比对和遗传进化分析。全基因组序列分析结果显示,SD20BZ01株与我国2010年以来流行的GII-b亚群变异株序列同源性为97.8%~98.7%,明显高于CV777、DR13、SM98、SD-M等早期经典毒株,因此SD20BZ01属于GII-b亚群变异株。基于S基因的遗传进化关系与基于全基因组序列的遗传进化关系基本一致。与CV777株相比,SD20BZ01株S蛋白在中和抗原表位COE处有10个氨基酸突变,与近年来变异株S蛋白的氨基酸序列基本一致,说明GII-b亚群PEDV的变异规律逐渐趋于稳定。本研究为山东省PEDV流行病学研究及其流行控制策略的制定提供了理论依据。 相似文献
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鹦鹉喙羽病(PBFD)是鹦鹉目前最常见的疾病,对鹦鹉养殖业危害极其严重。根据鹦鹉喙羽病毒(PBFDV)基因片段的克隆和序列分析,设计合成1对特异性引物,以CP基因为模板,经PCR扩增获得830 bp的核苷酸DNA,并用DIG标记DNA,制备用于检测PBFDV的特异性核酸探针。用该核酸探针对疑似感染PBFDV的鹦鹉病料进行斑点杂交检测,并对鉴定为阳性的PBFDV进行全基因组扩增和测序分析。结果显示,利用PCR结合斑点杂交技术检测PBFDV,特异性强、敏感度高,具有可重复性。鉴定为阳性的2株PBFDV全基因组序列之间同源性为100%,与已报道序列的同源性为81.5%～98.9%。本研究为我国开展PBFDV感染的分子流行病学调查和临床诊断提供了一种敏感、特异的检测方法。 相似文献
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