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本研究旨在克隆猪CPB2基因的不同可变剪接体，预测对应蛋白的功能特性以及研究不同转录本表达特性。以健康状态和体重相同的3头12月龄巴马小型猪为试验动物，通过RT-PCR技术及基因平末端克隆技术扩增猪CPB2基因的CDS区及部分非编码区，利用生物信息学工具预测CPB2编码蛋白的基本生物学特征，利用RT-PCR技术检测CPB2基因在肝、心、肾、皮下脂肪、肠系膜脂肪、股二头肌和背最长肌中的表达特征。以实验室制备的代谢性疾病易感猪为试验动物，利用qRT-PCR技术检测CPB2基因在富营养饮食效应下肝中的表达特征。结果表明，本研究成功克隆出猪CPB2基因的3种可变剪接体（CPB2-1、CPB2-2和CPB2-3），其中CPB2-1与NCBI序列XM_001929146.4相同，CPB2-2和CPB2-3为新发现转录本。与CPB2-1相比，CPB2-2和CPB2-3发生了5'端可变剪接（alternative 5'splice site，A5SS）事件；CPB2-1编码423个氨基酸的酸性不稳定性蛋白，CPB2-2和CPB2-3编码同种281个氨基酸的碱性不稳定性蛋白；与CPB2-1相比，CPB2-2和CPB2-3缺少信号肽和激活肽，但具有相同羧肽酶活性结构域；CPB2基因3种转录本仅在肝和肾中表达，其他组织无表达；在富营养饮食诱导的代谢性疾病易感猪的肝中，CPB2-1（P<0.01）和CPB2-2（P<0.01）显著降低，CPB2-3未显著降低（P=0.14）。综上，本研究成功在肝中克隆了猪CPB2的3种可变剪接体，推测CPB2-1是行使纤溶与凝血等生理功能的正常转录本；新发现转录本CPB2-2和CPB2-3被留在肝和肾中可能具有羧肽酶活性和重要生理学功能；CPB2基因可能与代谢相关的慢性肝病存在一定联系。 相似文献
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旨在探讨富营养饮食对代谢性疾病易感猪关键组织可变剪接（alternative splicing，AS）和剪接因子（splicing factors，SFs）的影响。本研究以健康状态、月龄和体重相同的12头代谢性疾病易感公猪为材料，随机将其分为两组，其中8头猪饲喂高脂高能量饲料2个月作为富营养饮食组（TG-HFHSD），4头猪饲喂正常饲料2个月作为对照饮食组（TG-CD）。对TG-HFHSD和TG-CD的脂肪、肝、肌肉和下丘脑组织进行RNA-seq测序，利用rMATS软件鉴定组间差异AS，对差异剪接基因（differential splicing genes，DSGs）进行GO和KEGG富集分析，并利用DESeq2软件和皮尔逊相关性系数分析肝组织中的SFs。结果显示，脂肪、肝、肌肉和下丘脑中分别鉴定到48 279、39 536、47 888和52 210个AS事件，均以SE类型为主，占比在77.09%～78.29%之间。脂肪、肝、肌肉和下丘脑中的DSGs数分别为528、1 070、570和600个，其中肝增加的DSGs部分主要是RI和MXE两种类型，分别为177和471个，而其它组织仅为12～28个和99～110个。GO和KEGG富集显示，肝DSGs除富集到细胞结构相关的过程外，还显著富集到可变剪接及mRNA代谢、脂质代谢、DNA损伤及修复、补体与凝血级联等过程。肝中筛选到56个差异表达的SFs，其中CLK1、PGC-1ɑ、USP4等与糖脂代谢和代谢性疾病密切相关。本研究表明，富营养饮食显著增加了肝DSGs，通过剪接调控、糖脂代谢以及DNA损伤来影响肝代谢性疾病的发生，将为肝代谢性疾病早期发生机制研究提供参考。 相似文献
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