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【目的】明确绵羊维生素D受体(vitamin D receptor,VDR)基因密码子的使用特征,探究不同物种VDR基因进化规律,为骨代谢等相关疾病动物建模提供参考依据。【方法】利用CodonW、EMBOSS、Usage Codon和DNAMAN等软件对VDR基因CDS区的同义密码子相对使用度(RSCU)、密码子碱基含量、有效密码子数(ENc)及密码子偏好指数(CBI)等参数进行统计分析,并在多物种间进行比较,同时利用ENc-Plot关联分析和中性绘图等方法分析VDR基因密码子偏好性使用的主要影响因素,并基于多物种同义密码子相对使用度数据与系统进化聚类分析探究密码子使用模式与生物进化的内在联系。【结果】绵羊VDR基因中有23个偏好使用以G/C结尾的密码子;大猩猩、鸸鹋、褐家鼠等其他14个物种在密码子使用上表现出了与之较为相似的特征,而在半胱氨酸、甘氨酸、组氨酸、丝氨酸、脯氨酸等个别氨基酸编码时,鸸鹋、褐家鼠和麻雀等部分物种显现出独有特点;ENc-Plot绘图和中性绘图分析显示,选择压力对VDR基因密码子偏好性的影响强于突变压力。【结论】以G/C结尾的密码子为VDR基因优势密码子,自然选择是导致其偏好性的主要力量,密码子偏好使用存在物种特异性,并与物种亲缘关系进化存在关联性。 相似文献
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为了快速获取高质量的藜麦基因组DNA,采用改良的CTAB法、SDS法和高盐低pH值法等3种方法分别提取藜麦不同组织(叶、茎、根部)的基因组DNA。通过琼脂糖凝胶电泳和紫外分光光度法测定比较所提DNA的质量和产量,同时进行了PCR-SSR、SSCP等分子检测。用不同方法提取藜麦不同组织部位DNA的结果表明:不同提取方法的凝胶检测条带均比较清晰,且无明显降解;改良的CTAB法所提取的DNA产率最高,SDS法其次,而高盐低pH值法最低;不同方法提取的叶片DNA产率均明显高于根部和茎部;改良的CTAB法和高盐低pH值法所提取的DNA质量较好,多酚类化合物和多糖等杂质去除得比较完全。PCR-SSR和SSCP检测结果表明:不同方法和不同组织所提取的DNA均能跑出良好的条带,适合进行后续的分子生物学研究。 相似文献
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为评价在桑园及周围农田使用10%苯醚甲环唑水分散粒剂 (WG) 和250 g/L嘧菌酯悬浮剂 (SC) 对家蚕的影响,采用浸叶法对2龄起家蚕连续喂食染毒桑叶,测定了2种药剂对家蚕的急性毒性及生长发育毒性。急性试验结果表明,10%苯醚甲环唑WG和250 g/L嘧菌酯SC对2龄起蚕的96 h-LC50值分别为353.58和498.66 mg/L。生长发育毒性试验结果表明:10%苯醚甲环唑WG最高剂量 (200 mg/L) 和最低剂量 (50 mg/L) 组对2～4龄家蚕的发育历期均有显著影响,但随着龄期增长其影响逐渐减弱;250 g/L嘧菌酯SC可使家蚕幼虫发育历期明显延长,发育严重不齐,其最高剂量组 (250 mg/L) 试虫死亡率显著高于平均水平,不同龄期试虫的发育历期及眠蚕体重与对照组相比均差异显著,对个体生长发育水平影响明显,并出现了未结茧即化蛹的现象。虽然10%苯醚甲环唑WG和250 g/L嘧菌酯SC对家蚕均为低毒、低风险性,但其对家蚕的发育历期、眠蚕体重、繁殖力及其他主要经济学性状等指标均可产生不同程度的影响,因此,桑蚕养殖区在使用这2种杀菌剂时也应注意避免污染桑叶,以免给蚕业生产造成损失。 相似文献
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