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旨在探究DCT基因启动子区甲基化水平和SNP突变对山羊毛色的影响,为探索DCT基因调控山羊毛色变化的机理提供理论依据。本研究以山羊为试验动物,对DCT基因启动子区进行CpG岛预测,设计引物对预测的2个CpG岛富集区域进行亚硫酸氢盐甲基化测序,使用甲基化水平分析软件BISMA统计甲基化位点,比较唐山奶山羊(白色)和南江黄羊(黑色品系)两种不同毛色山羊群体DCT基因启动子区甲基化水平差异。克隆DCT基因核心启动子区,筛选不同毛色山羊群体的SNPs,使用JASPAR和Nsite预测SNPs位点突变前后转录因子的改变,并检测比较突变前后DCT基因启动子活性变化。结果,成功克隆了山羊DCT基因启动子区甲基化序列及核心启动子区(g.-1045～-318)。在g.-348～-150区域和g.+222～+502区域分别发现6个和23个甲基化位点,其中g.+312、g.+352和g.+400位点与g.+389和g.+404位点白色山羊甲基化水平分别显著和极显著高于黑色山羊(P<0.05和P<0.01),并且g.+222～+502区域白色山羊甲基化平均水平极显著高于黑色山羊(P<0.01)。在DCT基因核心启动子区的g.-804T> G、g.-705C> T和g.-679G> A,3个SNPs位点的基因型构成在白色山羊和3个有色山羊群体中存在差异,g.-804T> G突变导致该区域的SOX10转录因子结合位点缺失,DCT基因启动子活性显著下降(P<0.05)。结果显示,白色山羊DCT基因g.+222～+502区域的高甲基化水平,g.-804、g.-714和g.-679 3个位点的突变,尤其是g.-804T> G造成SOX10转录因子结合位点的缺失,突变的G型DCT基因启动子活性显著降低。因此,DCT基因启动子区SNP突变和高甲基化水平可能抑制了基因的表达从而形成山羊白色被毛。 相似文献
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旨在克隆获得水貂DCT基因5′UTR序列并分析其结构特征,预测转录调控元件并检测启动子活性,为探究DCT基因在调控水貂毛皮颜色形成中的作用提供理论依据。本研究利用PCR扩增黑貂、白貂和咖啡貂DCT基因5′UTR,构建咖啡貂DCT基因5′UTR的pGL3-1～pGL3-7和黑貂pGL3-4～pGL3-6缺失片段的荧光素酶报告基因重组质粒,检测各片段的启动子活性;利用亚硫酸氢盐法检测3种毛色水貂DCT基因启动子区CpG岛甲基化水平。结果,克隆获得水貂DCT基因长8 203 bp的5′UTR序列,发现g.7133-7336为长204 bp的转座元件,与其高相似度的100条序列中,一条为蜕皮动物总门线虫纲的索巴利吸虫,其他均来自犬形亚目。P3和P4片段具有显著的启动子活性(P<0.05);咖啡貂的CpG岛甲基化水平显著高于黑貂和白貂(P<0.05);咖啡貂CC单倍型启动子活性显著低于黑貂的TT单倍型片段(P<0.05)。结果表明,水貂DCT基因5′UTR长204 bp的犬形亚目特异短散在元件Can-SINEs由蜕皮动物门的索巴利吸虫侵入动物基因组形成;基因上游32 bp元件和近端域共同作用发挥启动子活性,而GC-box和CpG岛结构沉默水貂DCT基因启动;g.-684和g.-621位点的T> C突变形成的CC单倍型导致咖啡貂DCT基因的高甲基化与低启动子活性,从而抑制真黑素合成,产生咖啡色被毛特征。 相似文献
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