三江黄牛全基因组数据分析   总被引：2，自引：0，他引：2  

宋娜娜  钟金城  柴志欣  汪琦  何世明  吴锦波  蹇尚林  冉强  蒙欣  胡红春 《中国农业科学》2017,50(1):183-194

【目的】研究三江黄牛群体遗传多样性,从基因组层面讨论其群体遗传变异情况。【方法】提取50个体基因组总DNA,等浓度等体积混合,构建混合样本DNA池,利用CovarisS2进行随机打断基因组DNA,电泳回收长度500 bp的DNA片段,构建DNA文库。应用Illumina HiSeq 2000测序,最终得到测序数据。利用BWA软件将短序列比对到牛参考基因组(UMD 3.1),来检测三江黄牛基因组突变情况。SAMtools、Picard-tools、GATK、Reseqtools对重测序数据进行分析,Ensemb1、DAVID、dbSNP数据库对SNPs和indels进行注释。【结果】全基因组重测序分析共计得到77.8 Gb序列数据,测序深度为25.32×,覆盖率为99.31%。测序得到778 403 444个reads和77 840 344 400个碱基,比对到参考基因组(UMD 3.1)的reads为673 670 505,碱基为67 341 451 555,匹配率分别为86.55%和86.51%,成对比对上的reads数为635 242 898(81.61%),成对比对上的碱基数为63 512636 924(81.59%);共确定了20 477 130个SNPs位点和1 355 308个indels,其中2 147 988个SNPs(2.4%)和90 180个indels(6.7%)是新发现的。总SNPs中,鉴定出纯合SNPs989 686(4.83%),杂合SNPs19 487 444(95.17%),纯合/杂合SNP比为1:19.7。转换数为14 800 438个,颠换为6 680 058个,转换/颠换(TS/TV)为2.215。剪切位点突变SNP727个,开始密码子变非开始密码子SNP117个,提前终止密码子的SNP 530个,终止密码子变非终止密码子SNP88个。检测到非同义突变数为57 621,同义突变为83 797,非同义/同义比率为0.69。检测到非同义SNPs分布在9 017个基因上,其中发现567个基因与已报道的重要经济性状相符,肉质、抗病、产奶、生长性状、生殖等相关基因的数量分别为471、77、21、10、8个,其中包括功能相重叠的基因;indels数据中,缺失数量为693 180(51.15%),插入数量为662 148(48.85%),纯合indels数量为161 198(11.89%),杂合indels数量1 194 110(88.11%),大部分的变异都位于基因间隔区和内含子区;三江黄牛全基因组杂合度(H)、核苷酸多样性(Pi)及theta W分别为7.6×10~(-3)、0.0 039、0.0 040,说明其遗传多样性较为丰富。三江黄牛群体Tajima'D为-0.06 832,推测可能由于群体内存在不平衡选择所致。【结论】本研究为进一步分析与经济性状相关的遗传学机制和保护三江黄牛品种遗传多样性提供了基因组数据支持。  相似文献   

三江牛屠宰性状的主成分分析          下载免费PDF全文

吴锦波  何世明  李铸  刘建  冉强  蒙欣  王蓉芳  钟金城 《中国牛业科学》2020,46(6):7-9

为探究三江牛屠宰性状之间的相关性,研究选取了年龄相同的三江牛17头进行屠宰,测定了12个屠宰性能指标,并进行主成分分析。结果表明：三江牛公牛各屠宰性能指标均高于母牛,其中肝重、脾重、胃重、肾重差异不显著(P＞0.05),其余指标差异显著(P＜0.01);主成分分析确定了2个主成分,累积贡献率达82.43%;第一主成分可代表三江牛屠宰重量总体情况,第二主成分可代表内脏重量情况。  相似文献   

基于SWOT模型的三江牛品牌建设现状及对策研究     

张燕  吴锦波  何世明  冉强  蒙欣  李铸 《安徽农业科学》2021,49(22):222-223,261

在三江牛产业现状研究的基础上,利用SWOT模型阐述了三江牛品牌建设的优势、劣势、机会和威胁,并提出相应的对策,为相关企业、地方政府在区域品牌建设上提出建议,以优化三江牛产区的品牌形象建设,提升三江牛品牌竞争力.  相似文献