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旨在对辽宁绒山羊和内蒙古绒山羊的基因组选择信号进行筛选。本研究利用Illumina 50K的山羊芯片，对内蒙古绒山羊、辽宁绒山羊和黄淮山羊进行基因型检测，质控后获得50 010个共同SNPs位点。通过群体分化系数Fst和XP-EHH，以黄淮山羊为参考群体分别对内蒙古绒山羊和辽宁绒山羊进行选择信号检测，Fst和XP-EHH值的top 5%作为阈值。结果，利用Fst在绒山羊基因组中筛选到501个候选基因，利用XP-EHH在绒山羊基因组中筛选到145个候选基因。其中有12个SNPs在绒山羊基因组中受到较强选择。通过基因注释筛选到21个候选基因，包括EXOC4、ASIC2、PCDH9、RHBDD1、IRS1和PDE10A等。这些基因主要富集在PI3K-Akt信号通路、蛋白质消化吸收和松弛素信号通路等。研究结果发现，绒山羊在驯化过程中其基因组很多与毛囊相关的基因受到了强烈的选择。这些发现也有助于更好地了解绒山羊的选择进展，为中国绒山羊品种的种质资源保护和利用提供重要参考。 相似文献
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试验旨在对西藏山羊常染色体的选择信号进行筛选,发掘重要的种质特性基因。基于西藏山羊、新疆山羊和太行山羊群体的Illumina 50K芯片分型数据,通过过滤等位基因频率较低和未定位的变异位点,得到高质量的SNPs标记;通过计算遗传分化系数（Fst）来分析群体遗传结构,同时对群体进行主成分分析（principal component analysis,PCA）和系统进化树构建以确定其群体结构;借助Di和XP-EHH两种不同的方法,以前5%为阈值,通过SNPs注释得到西藏山羊基因组受选择基因,并利用相关的生物信息学数据分析库对候选基因进行功能富集分析。结果显示,在3个群体中共鉴定出48 358个SNPs标记,3个群体有相近的遗传距离（Fst<0.05）,西藏山羊的遗传分化程度（Fst=0.0376）明显高于新疆山羊（Fst=0.0256）、太行山羊（Fst=0.0257）,表明西藏山羊群体已经产生一定程度的遗传分化。通过选择信号分析,在西藏山羊群体中共筛选到36个受到较强选择的位点和211个候选基因,其中EGFR、AKT1、PDHB和PFKP等基因与高海拔适应性相关。这些基因主要富集在嘌呤代谢通路、代谢途径和HIF-1信号通路等。利用基因组SNP标记可以更全面地揭示西藏山羊高海拔适应性的选择进展,为种质资源的保护和利用提供重要参考。 相似文献
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湖羊热应激相关的生理生化指标筛选 总被引：1，自引：0，他引：1
为研究热应激对湖羊生理生化指标的影响,将湖羊分别饲养于热应激(2017年8月)和非热应激(2017年12月,对照组)环境中,测定其生理生化指标三碘甲腺原氨酸(T3)含量和甲状腺素(T4)含量。结果表明,热应激显著或极显著改变了湖羊生理生化指标,例如呼吸频率、平均红细胞体积、红细胞压积、平均血小板体积、天门冬氨酸氨基转移酶含量、碱性磷酸酶含量、r-谷氨酰基转移酶含量和高密度脂蛋白胆固醇含量。此外,热应激湖羊血清中T3和T4含量显著低于对照组。综上,这些指标的变化可以作为评估湖羊遭受热应激的参考,本研究结果为湖羊生产奠定了一定的理论基础。 相似文献
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本课题组前期通过高通量测序发现miR-61在湖羊和藏羊的尾部脂肪组织中差异表达，推测其可能在绵羊尾部脂肪沉积的过程中发挥着重要作用。本研究旨在对miR-61的靶基因进行生物信息学预测和分析，验证了miR-61与PIK3R5之间的靶向关系并对miR-61和PIK3R5在绵羊尾部脂肪中的表达进行了分析。结果表明，miR-61启动子区有CEBPA、RUNX2、CEBPB、CTCF和CCAAT等多个转录因子结合位点；靶基因富集分析结果涉及到PI3K-Akt、EMC-receptor Interaction和Focal Adhesion等8个信号通路。双荧光素酶报告基因的结果表明miR-61和PIK3R5之间存在靶向关系。RT-qPCR结果显示，miR-61在湖羊的尾部脂肪组织中的表达显著高于藏羊，此结果与高通量测序结果一致；靶基因PIK3R5在藏羊的尾部脂肪组织中的表达显著高于湖羊；Western Blot结果显示PIK3R5在湖羊中的表达显著高于藏羊。由此推测，miR-61受到CEBPA、RUNX2、CEBPB、CTCF和CCAA等多种转录因子的调控，并通过靶向调控PI3K-Akt信号中的P... 相似文献
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