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为研究人、猪、大鼠、小鼠中klf家族的进化特征,笔者用Clustal X 和MEGA ,在线软件GSGD,K estimator和PAML,在线软件MEME\\MAST和InterProScan,PSORT II分别构建进化亲缘关系树、分析基因结构、鉴定选择压力、注释蛋白质模体和确定核定位信号。结果显示：进化亲缘树及基因结构分析都将KLF家族分为α,β,γ,δ和ε 5个亚类,亚类内各基因结构相似,家族各成员基因随机分布于不同染色体,klf1 和 klf2紧密簇集,猪 klf17 定位于6号染色体而非15号染色体,猪的两对旁系同源基因：klf9和klf9a,klf10和klf10a,及相似家族成员klf1和klf2,分别起源于近期和远期的基因串联复制事件;适应性进化选择压力分析表明,klf13和klf17经历了正选择,其他基因都受到严格的负选择作用;KLF蛋白羧基端都有3个高度保守的串联锌指结构,核定位信号（NLS）位于3串联锌指内或其紧邻上游,氨基端模体则相对多样化,KLF3,KLF4,KLF8和KLF12以其共有的PVDLS/T模体（单字母氨基酸缩写）结合转录辅因子CtBP (C terminus binding protein)进而调控靶基因转录,KLF9,KLF10,KLF11,KLF13,KLF14和KLF16共享转录辅因子Sin3结合结构域SID（Sin3 interacting domain）,KLF7中发现的亮氨酸拉链模体表明其以二聚体的形式参与转录调控。klf家族基因结构和氨基端模体的多样化、羧基端保守锌指结构及进化中经历的负选择压力表明家族进化中经历了转录调控方式和调控功能的多样化,同时保留了结合富含GC启动子的基本模式。 相似文献
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多种薯蓣属植物全基因组测序工作的完成,为利用生物信息学手段对薯蓣属植物的基因进行电子克隆、结构与功能分析以及分子进化分析提供了便利。淀粉是薯蓣属植物地下块茎的重要组成成分,颗粒结合淀粉合成酶(GBSS)是淀粉合成过程中控制直链淀粉合成的关键酶。本研究以文成糯米山药GBSS基因序列为探针,电子克隆方法获得参薯、几内亚白山药、灌丛薯蓣和盾叶薯蓣4种薯蓣属植物的GBSS基因序列。通过生物信息学分析方法,比较分析4种薯蓣属植物GBSS基因结构、蛋白质结构及系统发育特点。结果可为进一步研究薯蓣属植物GBSS基因及其编码蛋白调控淀粉合成的分子机制提供科学依据。 相似文献
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阿维链霉菌aveC基因缺失对产素调控的影响 总被引：1，自引：0，他引：1
通过构建仅含有aveC基因两端交换臂的缺失载体,与阿维链霉菌(Streptomyces avermitilis)染色体中aveC基因发生同源重组,以阻断该基因,从而获得aveC缺失突变株。并经摇瓶发酵和高效液相色谱检测不同阿维菌素组分产量。结果显示,aveC缺失突变株的阿维菌素的总产量与出发菌株的总产量差异不显著;而阿维菌素组分1的产量下降约58%,组分2的产量提高约52%。 相似文献
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