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基于SSR和ITS标记的杨树多态性及聚类分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为研究杨树多样性和不同分子标记技术间的差异与联系,采用SSR和ITS标记分析12个杨树样品的DNA多态性,并在遗传距离的基础上对这两种标记方法进行相关性分析。SSR标记表明,13对引物共扩增条带54条,多态性条带51条,PIC值为0.36~0.76,能较好的区分不同样品。ITS分析结果显示,供试杨树之间差异不仅表现在碱基的差异,也表现在序列长度的差异。利用这两种标记方法对所有样品进行聚类分析发现,二者在派别间分类基本一致,但在细微分类中SSR标记相对于ITS技术能更准确的鉴别出来源相同或相似的植株个体。两种标记方法相关性分析表明,二者显著相关,相关系数R达到0.593(P=0.01,n=66,rα=0.314 966)。由此可见,它们均可用作杨树品种鉴定,同时结合这两种分子标记的遗传差异,可为快速准确的鉴定杨树资源提供技术依据。 相似文献
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该文以12个杨树无性系和4个柳树无性系为研究对象,利用MEGA5.0软件分析了16个无性系ITS序列平均总长度为663bp,其ITS序列区的各碱基含量为:A所占比例在17.14%~17.81%,T所占比例在16.79%~18.05%,G所占比例在31.93%~32.73%,C所占比例在31.89%~33.43%,G+C所占的比例在64.36%~65.66%,其中G+C含量最高的是小叶杨,最低的是窄冠。同时用邻接法构建了杨柳的系统进化树,其结果可以反映各无性系间的亲缘关系,表明ITS技术鉴定分析杨柳无性系植株是可行的。 相似文献
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采用10对SSR引物对采自山西省7个地区的49份旱柳古树材料进行分析,共扩增条带33条,多态性条带26条,多态性比率为78.79%.等位基因数、有效等位基因数、Nei's遗传多样性指数和Shannon多样性信息指数分别为1.787 9,1.332 3,0.205 9和0.324 2,这些古旱柳材料具有丰富的遗传多样性。利用POPGENE32软件计算各地区间的遗传距离变化范围为0.009 4~0.144 9.其中,太原和忻州两个地区古树间的遗传距离最小,为0.018 4;晋中和临汾两个地区间的最大,为0.144 9.同时对这49个古旱柳品种个体进行聚类分析,结果表明这些古树均来源于不同无性系,聚类结果呈现混杂性,与地区关联度低。 相似文献
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利用杨树28对SSR基本核心引物筛选出符合要求的13对引物,并采用这些引物对来自白杨派、黑杨派和青杨派的32个杨树无性系进行PCR扩增,同时对这些样品进行亲缘关系和遗传多样性分析。结果表明,13对引物共扩增条带58条,其中多态性条带58条,占扩增总带数的100.00%。对32个杨树样品的遗传距离进行分析,得到其遗传距离为0.056~0.741,表明各样品之间具有较丰富的遗传多样性。通过聚类分析可将供试样品分为三大类,即白杨派、黑杨派和青杨派,其聚类结果与传统分类学上的结果一致,说明SSR分子标记技术在杨树品种鉴定中具有一定的可靠性。 相似文献
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从37对苹果SSR引物中筛选出12对有多态性引物,对采自河北省兴隆县的36份山楂品种进行分析,共扩增条带52条,其中多态性条带44条,每对引物可检测到等位位点数为2~6条,多态率在50%~100%之间。利用DPS软件计算各样品间的遗传距离变化范围为0.0000~0.844 0,表明供试样品之间具有丰富的遗传多样性。通过聚类分析发现,在遗传距离为0.59处,36份山楂品种可以分为两大类群,第一类群包括34个山楂系统品种资源和1个伏山楂系统品种,这一类群的山楂系统品种资源有部分样品没有互相区分开,可能与所选样品全为山楂系统资源,其亲缘关系较近有关,也可能与选择引物较少有关;第二类群只有雾灵红1个样品,说明采自兴隆县的雾灵红品种与其他品种之间的亲缘关系相差较远,可能是一个新种。 相似文献
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不同产地中国李资源遗传多样性SSR分析 总被引：8，自引：0，他引：8
利用均匀分布在8个染色体连锁群上的16对SSR引物对来自3类产区的24份中国李品种的遗传多样性进行分析,结果表明：各引物的多态信息含量（PIC）在0.547 ~ 0.783间变化,其中引物CPSCT005最低,引物CPSCT022最高。不同引物间有效等位基因数（Ne）、Nei’s基因多样性（H）和Shannon’s指数（I）分析均存在显著差异,且均为引物CPSCT039最高,引物CPSCT031最低。3类产区所有引物分析表明,Nei’s基因多样性（H）、Shannon’s指数（I）和有效等位基因数（Ne）的关系是：南方品种和北方品种相差不大,均大于国外品种,且南方品种与国外品种先聚到一类。16对SSR引物总共扩出条带86条,其中多态性条带81条,多态性比率为94.19%,平均每对引物扩增位点5.38个。品种聚类分析表明,在遗传距离0.35处,24份中国李材料可分为2大类,大部分北方品种聚为一类,南方品种和国外品种聚为一类,从分子水平支持了以前提出的国外品种起源于中国的说法。 相似文献
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