基于流式细胞术和基因组Survey测定药食同源植物赤苍藤的基因组大小     

黄诗宇  张尚文  杨天为  高曼熔  张向军  李婷  庾韦花  石前  蒙平 《分子植物育种》2023,(16):5281-5288

为了解药食同源植物赤苍藤的基因组大小、基本结构特征及确定适合该物种的基因组测序方案,本研究采用流式细胞术,结合基于K-mer分析的全基因组调查和生物信息学,测定和分析赤苍藤基因组。结果表明,流式细胞术估算赤苍藤的基因组大小为2.0～2.2 Gb;Survey分析获得赤苍藤有效数据152 Gb,估计基因组大小约为2 103.11 Mb,杂合率为0.90%,重复序列比例为75.20%,基因组GC含量约为38.50%,推测赤苍藤基因组大小约为2.1 Gb,并初步判断其具有较高的重复序列和杂合率。本研究结果确定了赤苍藤基因组为复杂基因组,可为后续开展全基因测序时的策略选择提供重要参考,为下一步开展全基因组图谱绘制、挖掘重要功能基因提供了有效数据。  相似文献   

药食同源蔬菜赤苍藤SCoT分子标记体系的优化及引物筛选     

杨天为  黄诗宇  张尚文  高曼熔  张向军  李婷  庾韦花  蒙平  石前 《中国瓜菜》2023,(1):48-52

笔者以24份不同来源地的野生赤苍藤种质为试验材料,采用L₉(3³)正交试验对赤苍藤SCoT-PCR反应体系进行优化,并通过优化后的体系进行引物筛选,结果表明,PCR体系中各因素对多态性结果的影响程度排序为DNA模板量>引物用量>2×Taq Master Mix用量。最佳反应体系(20μL)为1 μL DNA模板(50 ng·μL^-1)、1.2 μL引物(10 μmoL·μL^-1)、10 μL 2×Taq Master Mix和7.8 μL ddH₂O。通过该体系从36条SCoT引物中筛选出14条稳定性好、多态性高的引物,并确定了最佳退火温度。该体系的建立和引物的筛选将为后续开展赤苍藤种质资源收集与保护、遗传多样性研究和分子育种提供参考依据。  相似文献