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2019年7月,在北京市月季叶片上观察到了黄色斑驳症状,高通量测序(High-throughput sequencing,HTS)显示在感病样本中存在一种新的正义ssRNA病毒。该病毒全基因组序列除去3′末端poly(A)后由8 393个核苷酸(nucleotide,nt)组成,含5个开放阅读框(open reading frame,ORF)。其依赖于RNA的RNA聚合酶(RNA-dependent RNA polymerase,RdRp)在氨基酸水平上与已知乙型线状病毒科(Betaflexiviridae)成员具有35.87% ~ 46.74%的序列一致性。系统发育分析表明,该新病毒与香石竹潜隐病毒属(Carlavirus)的杨树花叶病毒(poplar mosaic virus,PopMV)亲缘关系最近。发生率调查显示该新病毒在北京地区分布较为广泛。根据Betaflexiviridae的划分标准,该病毒是Carlavirus的一个新种,暂时命名为月季C病毒(rose virus C)。 相似文献
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北京月季病原病毒的高通量测序鉴定和RT-PCR检测 总被引：1，自引：1，他引：0
本研究利用高通量测序技术对北京地区的月季染病样品进行了病毒鉴定,通过序列比对和拼接获得了李属坏死环斑病毒(prunus necrotic ringspot virus,PNRSV)、苹果茎沟病毒(apple stem grooving virus,ASGV)、柑橘碎叶病毒(citrus tatter leaf virus,CTLV)、月季黄叶病毒(rose yellow leaf virus,RYLV)、月季黄花叶病毒(rose yellow mosaic virus,RoYMV)、月季潜隐病毒1(rose cryptic virus1,RCV1)和玫瑰黄脉病毒(rose yellow vein virus,RYVV)等7种已知病毒和2种未知病毒的序列信息。分别对PNRSV,ASGV和RYLV园博园分离物的外壳蛋白基因进行系统进化分析,结果表明PNRSV-YBY归属于PV32组,ASGV-YBY归属于Ⅰ组,RYLV-YBY为玫瑰叶畸形病毒(Rosa rugosa leaf distortion virus, RrLDV)的一个新的分离物。对中国农业大学校园、北京植物园、北京动物园和北京园博园的37份样品进行了PNRSV、ASGV和RYLV的RT-PCR检测,检出率分别为41.7%、44.4%和10.8%。本研究初步明确了侵染北京月季的病毒种类和侵染情况,为月季病毒病的检测和防控提供参考。 相似文献
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为明确甜菜生尾孢Cercospora beticola中真菌病毒的多样性,2020年自新疆维吾尔族自治区、内蒙古自治区、黑龙江省和北京市采集感染褐斑病甜菜病叶,鉴定获得78株甜菜生尾孢菌株,运用高通量的宏转录组测序技术检测甜菜生尾孢所携带的真菌病毒种类;将分离到的甜菜生尾孢按照菌落生长表型分为4组,进行宏转录组测序,将得到的序列经过拼接、聚类和基因功能注释,筛选出真菌病毒相关同源序列。序列分析结果显示,4组样品共比对到6个真菌病毒科,包括双分体病毒科Partitiviridae、双核糖核酸病毒科Birnaviridae、低毒病毒科Hypoviridae、裸露RNA病毒科Narnaviridae、泛欧尔密病毒科Botourmiaviridae和转座病毒科Metaviridae,以及未分科的负义单链RNA病毒。研究结果丰富了甜菜生尾孢真菌病毒资源库。 相似文献
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