高通量测序鉴定柑橘黄化脉明病毒诱导柠檬差异表达microRNA     

牛炳棵  杨作坤  王国平  洪霓 《植物病理学报》2018,48(6):799-809

 柑橘黄化脉明病毒(Citrus yellow vein clearing virus,CYVCV)是我国新发生的危害柠檬的重要病毒。本研究对接种和未接种CYVCV的柠檬叶片样品进行了高通量小RNA测序,以甜橙基因组作为参考,采用生物信息学软件进行miRNA鉴定和靶基因预测。结果显示CYVCV侵染对13个保守miRNA和12个新鉴定的非保守miRNA的表达具有调控作用,对这些差异表达miRNA的靶基因进行预测和功能分析的结果显示,保守miRNA的靶基因功能在植物逆境反应及光合作用和能量代谢相关通路中具有明显的富集现象,推测与CYVCV侵染柠檬植株及诱导病害症状表现有关,而多数新鉴定的非保守miRNA的靶基因功能未能注释到KEGG通路。采用实时荧光定量PCR对部分miRNA的表达水平进行了分析,结果表明miRNA的表达水平在接种CYVCV后30~90 d呈时间动态变化。研究结果为进一步揭示CYVCV与柠檬互作机制提供了重要信息。  相似文献   

侵染梨的苹果茎痘病毒基因组序列及小RNA分析     

刘华珍  杨作坤  周友斌  王国平  洪霓 《植物病理学报》2017,47(5):584-590

苹果茎痘病毒(Apple stem pitting virus,ASPV)是危害梨(Pyrus spp.)和苹果(Malus spp.)的重要病毒。本研究采用小RNA深度测序技术获得了ASPV基因组的部分序列,在此基础上设计引物对该病毒基因组进行RT-PCR扩增,通过序列拼接得到1个来源于玉露香(Yuluxiang)梨的ASPV分离物(YLX)长度为9 291个核苷酸(nt)(不包括基因组5'末端约30个核苷酸)的基因组序列,该序列与已报道的13个ASPV分离物的基因组核苷酸序列相似性为71.6%~80.7%,与多个来自苹果的ASPV分离物系统进化关系较近。首次分析了来源于ASPV基因组的干扰性小RNA(siRNA),发现来源于ASPV基因组链和互补链的siRNA长度均以21 nt和22 nt为主,siRNA的5'端具有一定的碱基偏好性。本研究结果为深入了解ASPV的分子特性提供了重要信息。  相似文献   

梨泡状溃疡类病毒的RT-PCR检测及序列分析     

朱慧  王国平  杨作坤  文立红  陈婕  徐文兴  洪霓 《植物病理学报》2017,47(4):558-562

正梨泡状溃疡类病毒(Pear blister canker viroid,PBCVd)为马铃薯纺锤块茎类病毒科(Pospiviroidae)苹果锈果类病毒属(Apscaviroid)成员~([1])。该类病毒在自然条件下主要侵染野生和栽培的梨和苹果~([2~4]),梨和榅桲多数品种感染PBCVd后无明显症状,通过嫁接传染该类病毒可诱导梨指示植物  相似文献   

来源于猕猴桃的柑橘叶斑驳病毒的RT-PCR检测及外壳蛋白基因序列分析   总被引：4，自引：1，他引：3  

朱晨熹  王国平  郑亚洲  杨作坤  王利平  徐文兴  洪霓 《植物病理学报》2016,46(1):11-16

柑橘叶斑驳病毒(Citrus leaf blotch virus,CLBV)为柑橘病毒属(Citrivirus)代表种。本研究采用RT-PCR技术从我国栽培猕猴桃上首次检测到CLBV,总检出率为13.3%。测定了5个CLBV分离物的外壳蛋白基因(coat protein gene,cp)序列,全长均为1 092核苷酸(nt),分离物间cp基因核苷酸和编码氨基酸序列相似性分别为83.2%~99.7%和91.9%~98.9%,这些分离物与新西兰报道的CLBV猕猴桃分离物M3-A核苷酸序列相似性仅为83%左右,与来源于柑橘及近缘种的CLBV分离物cp基因核苷酸序列相似性为84%~86%。在基于该病毒cp基因核苷酸序列的系统进化树中,本研究所测定的CLBV猕猴桃分离物与新西兰报道的除M3-A外的猕猴桃分离物聚在同一组群。研究结果为进一步明确CLBV在我国猕猴桃上的侵染和危害特点及建立该病毒的分子检测技术提供了重要信息。  相似文献