基于ESTs序列的杨树木质部形成相关EST-SSRs标记的开发与应用     

宋跃朋  江锡兵  张曼  李博  王泽亮  薄文浩  安新民  张志毅 《分子植物育种》2010,8(5)

ESTs数据库的发展为分子标记的开发提供了宝贵的资源。本研究从NCBI下载与杨树木质部形成相关的5359条ESTs序列,在其中257条序列中检测到279个SSRs位点,检出率为5.2%。全部SSRs共分为84种重复单元,平均长度18.2bp,变幅为15～36bp,平均分布频率1/6.94kb。所有类型中三核苷酸重复单元占总SSRs的41.3%,处于主导地位。AAG占三核苷酸重复单元的比例为27.0%,是三核苷酸重复单元中的优势重复类型。利用primer3在线设计引物,通过生物信息学方法筛选出7对引物,其中6对扩增效果较好。利用筛选出的引物对19个杨树无性系进行扩增,每对引物产生多态性条带数目为3～6条,平均4.16条。引物多态信息量变化范围为0.2267～0.9845,平均0.5485。应用NTSYS软件在相似系数为0.68水平可将19个杨树无性系准确聚类。研究结果表明,利用ESTs序列进行SSRs的开发是一种切实有效的方法,为EST-SSRs在杨树遗传图谱构建以及遗传多样性等方面的应用奠定了基础。  相似文献   

枣果胶甲酯酶基因家族鉴定及基于RNA-Seq表达分析     

王雪  宋爽  李美育  薄文浩  李颖岳  庞晓明  曹明 《北京林业大学学报》2021,43(4):8-16

  目的  果胶是植物细胞壁的主要成分和结构多糖。果胶甲酯酶（PME）是一种重要的果胶修饰酶,具有调节细胞壁弹性和通透性的作用,在植物的生长发育过程中发挥作用。本研究探讨枣果胶甲酯酶基因家族的基本信息和特点,为进一步阐明ZjPMEs基因的功能、筛选果实质地密切相关基因奠定基础。  方法  本研究基于‘冬枣’基因组,鉴定枣基因组中的果胶甲酯酶基因;基于RNA-Seq数据,分析枣果胶甲酯酶基因家族的特征以及表达模式。  结果  共鉴定出46个枣果胶甲酯酶基因,不均匀分布在10条染色体上。系统演化分析表明这些基因包含29个Type- Ⅰ型和17个Type- Ⅱ型成员,进一步可以划分为4个亚家族。在每个亚家族中,基因共享保守的基因结构和基序组成。基因表达分析显示该家族基因在花中表达丰度较高,可能在枣的生殖发育过程起重要作用。通过分析该家族基因在不同质地的‘冬枣’（酥脆）和‘P15’（硬质）以及在不同用途的‘冬枣’（鲜食）和‘骏枣’（制干）果实发育过程中的表达模式,筛选出与枣果实质地关系密切的基因ZjPME 18,该基因在‘P15’和‘骏枣’果实中表达量较高。  结论  枣果胶甲酯酶基因家族具有特定的结构特征及表达模式,ZjPME 18的表达与调控可能与枣果实质地密切相关。   相似文献   

杨树Genomic-SSR与EST-SSR分子标记遗传差异性分析   总被引：5，自引：1，他引：4  

宋跃朋  江锡兵  张曼  王泽亮  薄文浩  安新民  张志毅 《北京林业大学学报》2010,32(5):1-7

利用16个杨树无性系对Genomic-SSR和EST-SSR两种SSR标记的遗传差异性进行分析。统计分析结果表明,Genomic-SSR平均检测到的等位基因数为4.1、Shannon指数为1.0646、观测杂合度为0.4427、期望杂合度为0.5523;EST-SSR平均检测到的等位基因数为2.8、Shannon指数为0.6985、观测杂合度为0.2330、期望杂合度为0.4684。聚类分析结果显示,EST-SSR相对Genomic-SSR能更精准地鉴别基因型。研究结果表明,在标记多态性及基因型鉴别等方面EST-SSR与Genomic-SSR均具有显著的遗传差异性。通过对两种分子标记遗传差异的比较分析,可为合理利用SSR标记进行物种遗传多样性等相关研究提供依据。  相似文献   

PTLF-PTAG-IR对转基因烟草开花的抑制效应     

曹冠琳  安新民  薄文浩  于来  龙萃  马开峰  张志毅 《广西农业生物科学》2010,(3):411-418

PTLF（LEAFY同源基因）和PTAG（AGAMOUS同源基因）是杨树中控制花发育的重要基因,为了解RNA干涉同时抑制PTLF和PTAG对花发育的影响,本研究采用根癌农杆菌（Agrobacterium tumefaciens）介导法将35S：：PTLF-PTAG-IR导入烟草（Nicotiana tabacum）。经PCR检测获得了15株阳性转化株系,进一步的Southern分析证实PTLF-PTAG-IR基因已整合到烟草基因组中。荧光定量分析结果显示,转基因烟草内源NFL（LEAFY同源基因）和NAG1（AGAMOUS同源基因）的表达量均低于野生型。对开花时间调查的结果表明：与野生型烟草相比,53.3%的转基因株系开花受到完全的抑制,26.7%的转基因株系开花时间平均推迟34.3d,仅20%的转基因株系与野生型在同一时期开花。另外,对转基因烟草花器官的观察发现花瓣形态,雄蕊着生方式、数目等方面发生变异,这些研究结果表明过量表达35S：：PTLF-PTAG-IR对烟草花发育起到抑制作用,本研究将为利用转基因手段获得不育材料提供参考。  相似文献   

毛白杨PtLFY在花芽发育中的表达模式与花芽形态分化   总被引：3，自引：0，他引：3  

安新民  王冬梅  王泽亮  王静澄  曹冠琳  薄文浩  张志毅 《林业科学》2010,46(2)

以毛白杨花芽为材料,采用RT-PCR技术分离克隆毛白杨PtLFYcDNA序列,测序结果表明该序列全长1314bp,包含1个开放阅读框,编码377个氨基酸。Alignment分析显示该基因与拟南芥等物种LFY/FLO同源基因所编码的氨基酸相似性达到68%～75%。蛋白结构预测分析表明,在PtLFY蛋白N-端和C-端具有2个高度保守的区域,其中PtLFY-C端由7个α-helix组成Helix-turn-helix结构。采用Real-time qRT-PCR技术检测PtLFY在雌雄花芽发育过程中的表达模式,结果显示从9月13日到翌年1月25日,PtLFY在毛白杨雌雄花芽中持续稳定表达,到2月25日表达量少许下调,但该基因在雄花芽中的相对表达量明显高于雌花芽。解剖分析结果表明,雄花芽形态分化进程明显早于雌花芽,这种差异可能与PtLFY在雌雄花芽发育过程的差异表达存在密切联系。研究结果对于阐明PtLFY在毛白杨雌雄花芽发育和开花中的分子作用机制具有重要的理论意义,为进一步开展毛白杨开花调控研究奠定基础。  相似文献   

柿树的EST-SSR标记开发     

王静  颜芹  王洁  黄月娇  闫晓雨  李佳慧  张丽  张萌  薄文浩 《分子植物育种》2018,(3)

柿树是中国重要经济树种。为了开发柿树SSR标记,从NCBI的EST数据库中共下载14198条柿树EST序列,经过去冗余处理和SSR位点搜索,共筛选到1 320条EST-SSR序列可以用于引物设计。实验中随机选取了314对引物进行合成和筛选,共有127对引物成功扩增出多态性扩增条带,加上从已发表的柿子SSR引物中筛选出的14对多态性较高的引物,共利用141对引物,通过SSR分型检测数据分析,获得了可用于模型分析的异源六倍体柿树全同胞家系共141套分子标记的数据。柿树是一种六倍体树种,多态性标记的开发在柿树的遗传学研究和分子育种上将会有众多的应用,能够促进正对六倍体物种的遗传分析模型的开发,也将对一系列重要的六倍体农作物(小麦,甘蔗,棉花等)的研究有推动作用。  相似文献   

面向非生物专业的“现代生物学技术”课程教学改革探索——以北京林业大学野生动物与自然保护区管理专业为例     

陈金焕  庞晓明  薄文浩  李云  张柏林 《中国林业教育》2019,(6):50-53

“现代生物学技术”是自然生态保护相关专业的重要基础课程,也是农林院校相关专业的核心课程。“现代生物学技术”课程教学内容涉及了多学科领域,覆盖面广,学科前沿性强,有着较强的实践性。目前,针对面向非生物类专业学生开设的“现代生物学技术”课程教学存在着一些问题:一是课程定位与人才培养方案有脱节;二是课程理论教学内容的系统化程度不高;三是实验教学体系和设计不够精准健全。针对这些问题,以野生动物与自然保护区管理专业为例对课程教学进行了改革探索:首先要优化课程教学内容;其次,要强化学生的实验动手能力;最后,应探索启发式、互动式教学方法。课程教学改革后,学生普遍认为自己上课的兴趣、积极性和主动性提高了,统计显示2018年学生的期末考试成绩与上一年相比平均提高3.6分、实验报告撰写成绩均在85分以上。  相似文献   

基于选择清除分析鉴定影响枣果实大小的基因     

杨柳  周鹤莹  薄文浩  李颖岳  庞晓明 《北京林业大学学报》2019,41(10):30-36

目的通过全基因组水平上比较大果型和小果型两种类型枣品种间遗传多样性水平,检测基因组的选择清除区域,以期鉴定影响枣果实大小的潜在相关基因,为解析枣果实大小差异形成的分子机制奠定基础。方法本研究通过利用12个大果类型枣品种和25个小果类型枣品种群体的简化基因组测序,获得SNP标记后进行主成分和遗传多样性分析,解析枣品种的群体遗传关系;同时,基于遗传分化系数（Fst）和核苷酸多态性（π）进行选择信号检测,进一步对受选择区域所包含的基因进行基因功能及通路的生物信息学分析,并对其中与细胞周期调节以及激素相关的基因在‘桐柏大枣’和酸枣果实中的相对表达量进行了比较分析。结果共获得130 077个高质量的SNPs,大果群体的遗传多样性（π:0.32）低于小果群体（π:0.33）,大果和小果群体分别检测到83和149个受选择基因。通过基因的功能注释和富集分析,我们确定了6个参与细胞周期或激素合成调控途径的候选基因（LOC107404981、LOC107406728、LOC107424132、LOC107426306、LOC107418232、LOC107432595）。qRT-PCR检测发现,LOC107424132、LOC107426306、LOC107418232、LOC107432595表达量在花后75天增加,候选基因LOC107404981、LOC107406728的表达量在花后45天和75天显著增加。进一步分析发现这些候选基因在枣品种和酸枣之间存在差异表达。结论结果表明LOC107404981、LOC107406728基因可能与枣果实大小的分子调控有关,为进一步揭示该基因的调控机制奠定了基础。   相似文献   

‘京枣39’离体叶片高效再生体系的建立     

高艺  薄文浩  李颖岳  曹明  庞晓明 《北京林业大学学报》2023,(2):68-77

【目的】‘京枣39’是一种优质的枣鲜食新品种，目前尚无有效的离体再生体系，影响了自根苗的培育和苗木纯度。为了解决枣遗传转化效率低等问题，本研究探究了枣叶片再生的不同影响因素，以期建立高效的叶片再生体系。【方法】以‘京枣39’组培苗叶片为试材，研究了不同接种方式、基本培养基种类、植物生长调节剂种类和浓度配比对离体叶片直接诱导不定芽再生的影响。【结果】正交试验结果表明：叶片正放的接种方式再生率远高于叶片反放，是‘京枣39’叶片再生不定芽的最佳放置方式；基本培养基对‘京枣39’叶片再生的影响要大于植物生长调节剂，且最优培养基为1/2 MS，最佳植物生长调节剂为细胞分裂素6-BA，本研究确立的‘京枣39’组培苗叶片再生的最优体系为1/2 MS+1 mg/L噻苯隆+0.5 mg/L 6-BA+0.2 mg/L NAA+30 g/L麦芽糖+6 g/L琼脂，再生率可达79.17%，平均每叶片再生不定芽能达到4.67个。进而初探并建立了‘京枣39’组培苗的最佳扩繁体系为：MS+20 g/L麦芽糖+6 g/L琼脂+3 mg/L 6-BA+0.1 mg/L NAA，分枝率高达88%，平均分枝数达2.76枝...  相似文献