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为分析绒山羊JAG1蛋白结构特征,及其在不同毛囊生长期中的表达模式,从阿拉善种羊场选择2周岁、体重相近的3只内蒙古绒山羊母羊,利用生物信息学方法比对绒山羊JAG1氨基酸序列与其他物种的相似性,分析JAG1蛋白质理化性质和结构特征;利用免疫组化和实时荧光定量PCR检测其在内蒙古绒山羊皮肤中的表达部位和表达量。结果表明,绒山羊JAG1氨基酸序列与绵羊相似性可达99.5%,JAG1蛋白信号肽位于第1~29个氨基酸序列,含有一个剪切位点和一个跨膜结构,具有61个丝氨酸、26个苏氨酸、19个酪氨酸磷酸化位点,63个O-糖基化位点,6个N-糖基化位点,属于不稳定亲水蛋白。在毛囊退行期(1月份)和休止期(4月份)未检测到JAG1蛋白的表达;生长前期(7月份)和生长期(9月份)在毛乳头细胞中表达。JAG1 mRNA在内蒙古绒山羊皮肤毛囊的4个时期均有表达,随着毛囊进入生长期JAG1 mRNA表达量逐渐增加,生长期皮肤中的表达量显著高于其他阶段(P<0.05)。综上,绒山羊JAG1氨基酸序列在物种进化过程中比较保守,JAG1 mRNA在内蒙古绒山羊毛囊生长前期和生长期表达升高,为深入研究绒山羊JAG1基因对毛囊发育的调控提供理论依据。 相似文献
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为研究光控增绒和埋置褪黑激素促进绒山羊在非产绒季节(5—8月份)长绒的皮肤毛囊差异表达基因之间的互作关系,并筛选出皮肤毛囊发育相关的重要功能基因,以Agilent绵羊的全基因组表达谱芯片杂交获得的光控增绒羊皮肤差异表达的99个基因及埋置褪黑激素绒山羊皮肤差异表达的83个基因作为研究对象,结合NCBI数据库,利用RStudio程序包和Cytoscape 3.3.0构建差异基因网络并分析。光控增绒试验组差异基因构建了1个主网络和4个小网络;对照组差异基因构建了1个主网络和5个小网络。与表达量结合分析基因网络发现,K25、KAP16-2基因上调促进ISG17、RSRP1、GIMAP1和CYTIP基因的下调,间接促进TNFAIP6基因的下调;CYP17A1、V15和K2-12(K85)基因的上调促进ddit3基因的下调;KAP16-3基因促进CYP17A1基因的同时抑制CYP1A1基因。埋置褪黑激素试验组差异基因构建了2个主网络和7个小网络,对照组差异基因构建了3个主网络和1个小网络。与表达量结合分析基因网络发现,CTNNB1基因的上调促进COL3A1基因的下调;FLT-1基因的上调促进CGA基因的上调和COL1A2基因的下调;PAX6基因的上调促进DOK4基因的上调和LOC101110099基因的下调;P450基因的上调促进BLG基因的下调。光控增绒羊皮肤中筛选出来的基因中角蛋白、角蛋白关联蛋白、CYP17A1、SP-D等23个显著上调基因和CYP1A1、COL6A5、LOC100101238、ddit3等13个显著下调基因对光控增绒羊皮肤毛囊提前进入兴盛期有重要作用;埋置褪黑激素的绒山羊皮肤中筛选出来的基因中CTNNB1、PAX6、DOK4、LOC105602529等13个显著上调基因和酪蛋白家族、胶原蛋白类、LOC101110099等12个显著下调基因之间的信号传导增强,从而促进绒山羊绒毛进入兴盛期。 相似文献
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为挖掘脊椎动物胚胎发育过程中皮肤调控模式的改变,以鸡胚作为模型,利用来源于NCBI数据库的SRA数据子库中胚胎发育第6~21天的皮肤组织RNA-Seq数据进行聚类分析,在基因共表达网络、信号通路、蛋白互作网路3个层面基于网络拓扑属性逐步挖掘核心基因集,并分析核心基因集在不同发育阶段的互作网络变化。结果表明:1)鸡胚皮肤发育过程在基因谱水平上可分成5个阶段,分别为6~9 d、10~12 d、13~14 d、15~17 d和18~21 d;2)功能富集分析表明发育早期的皮肤分化程度低、可塑性强,中期是皮肤毛囊发育关键期,最后4 d为皮肤细胞外基质建立期,分子发育过程存在严格的顺序模式;3)在基因调控网络层面深度挖掘并筛选鸡胚皮肤发育的分子调控过程。综上,本研究根据网路拓扑属性结合蛋白互作数据库提出参与不同发育模块的关键枢纽基因,为转录组测序数据的分析及脊椎动物皮肤发育过程的分子机制研究提供一些新的视角和分析方法。 相似文献
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