大花君子兰叶绿体基因组及其特征   总被引：3，自引：0，他引：3  

郑祎  张卉  王钦美  高悦  张志宏  孙玉新 《园艺学报》2020,47(12):2439-2450

采用Illumina MiSeq测序平台对大花君子兰（Clivia miniata）叶片总DNA进行测序，通过组装获得了其叶绿体基因组（cpDNA）全长序列（158 114 bp）。对其cpDNA注释得到135个基因，包含87个蛋白编码基因、40个tRNA基因和8个rRNA基因。采用生物信息学方法对获得的cpDNA进行简单序列重复（SSR）分析和密码子偏好性分析。结果显示：①大花君子兰cpDNA中共有61个SSR位点，其中单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重复数分别为38、9、2、8、3和1个，多数SSR分布在基因间隔区；②大花君子兰cpDNA密码子偏爱以A或U（T）结尾，亮氨酸使用频率最高，半胱氨酸使用频率最低。基于24种植物的cpDNA全长和23种植物的叶绿体ycf2基因序列进行系统发育分析，结果显示大花君子兰与石蒜科植物在同一分支，显示最近的亲缘关系，支持大花君子兰属于石蒜科。基于叶绿体ycf2的系统发育分析结果与基于cpDNA全长的系统发育分析研究结果大部分相同，支持ycf2基因可以代替cpDNA全长用于植物系统发育分析。  相似文献   

SSR技术及其在果树上的应用   总被引：27，自引：4，他引：27  

高志红  章镇  韩振海 《果树学报》2002,19(5):281-285

SSR(Simple sequence repeat)技术以其丰富的多态性、共显性遗传、重复性好和操作简便等优点日益受到重视,已成为植物遗传和育种研究中不可缺少的分子标记。对SSR技术的原理和特点作了简要的介绍,较详细地分析了如何获得SSR引物,特别是综述了果树上SSR引物的研究现状,同时将其与其它几种主要的分子标记进行了比较分析,认为SSR标记检测的位点多态性水平明显高于RFLP,而且重复性优于RAPD;着重介绍了SSR技术在果树种质资源和构建果树遗传图谱及基因定位等研究中的应用现状;指出SSR技术将在果树科研上起到重要的作用。  相似文献   

云南甘蔗害虫天敌及其自然控制作用   总被引：9，自引：1，他引：9  

李文凤  黄应昆 《昆虫天敌》2004,26(4):156-162

本文简述了云南蔗区甘蔗主要害虫天敌资源及其对害虫的自然控制作用。在云南蔗田内 ,控制甘蔗害虫发生的生物因子主要的可分为捕食性和寄生性两大类。合理保护利用天敌 ,充分发挥天敌对害虫的自然调控作用 ,这对保护生态环境 ,维护蔗田生态平衡 ,提高害虫综合治理水平 ,促进蔗糖业可持续发展均具有重要意义。  相似文献   

SSR和ISSR标记及其在牧草遗传与育种研究中的应用前景   总被引：14，自引：12，他引：14  

解新明  卢小良 《草业科学》2005,22(2):30-37

SSR和ISSR的高突变率、丰富的多态性以及在基因组中的广泛性,使其成为了居群遗传学研究、种质资源鉴定、亲缘关系分析、遗传图谱构建和分子标记辅助选择的重要手段.概述了SSR和ISSR在植物基因组中的分布、结构和遗传方式,并对其研究方法和应用前景进行扼要阐述,旨在为从事牧草遗传育种研究的工作者提供有益的帮助.  相似文献   

山东栒子全长转录组测序数据组装及功能注释     

步俊彦  倪瑞强  臧德奎 《分子植物育种》2020,(1):92-99

山东栒子是中国山东省的特有种,现已处于极度濒危状态。目前,山东栒子的分子生物学研究较少,基因数据库资源极度缺乏,急需探究其生物学遗传信息,以加快对山东栒子的保护遗传学工作。本研究以山东栒子叶片、花、成熟果实为实验材料,利用PacBio Sequel测序平台对其转录组进行全长转录组测序。共得到高质量去冗余的转录本53932个,作为最终转录本序列。预测到的CDS区共52490个;对其SSR位点进行分析,对测序得到Unigenes进行单核苷酸至六核苷酸重复的SSR位点搜索,共搜索到26796个SSR位点。对非冗余转录本利用BLAST软件与NR、Swissprot、GO、COG、KOG、KEGG 6个数据库进行比对,一共成功注释了53319个Unigenes,其中与NR数据库进行比对中注释为苹果的的相关基因数量最多,其次是白梨和桃;在GO数据库中有33305条山东栒子Unigenes被注释分类,由生物学过程、细胞成分和分子功能三部分组成;在与COG数据库比对中,共有23910条比对到了同源序列,且一共被分为25类;在与KEGG数据库的一系列比对中,可将Unigenes映射到126条代谢通路中。本研究在高通量全长转录组水平对山东栒子进行了系统研究,这为进一步开展山东栒子的分子标记开发和挖掘优良基因提供了科学依据,从而推动山东栒子的保护与利用。  相似文献   

川渝地区地方和育成大豆品种SSR标记多样性分析?   总被引：1，自引：0，他引：1  

何庆元  向仕华  杨华伟  黄守程  舒英杰  李正鹏 《中国油料作物学报》2018,40(3):326

利用基本均匀分布于大豆20条染色体的135对SSR标记，对232份包括6个地方品种地域亚群和1个育成品种亚群进行全基因组扫描。结果表明：所有的标记都有多态性，所有检测到的位点都是纯合基因型，说明所选用品种高度纯合，每个标记存在2～4个等位变异，平均2.66个。亚群多态信息含量变异范围0.2751-0.3165，整个群体为0.3208；亚群内Nei遗传距离变异范围0.325 8～0.359 4，整个群体为0.3711，说明川渝地区大豆遗传变异较小。亚群间的遗传一致度（GI ≥ 0.8862）较高，亚群间遗传距离（GD ≤ 0.1208）较小，地方品种亚群间遗传差异更小，育成品种亚群与自然地域亚群的遗传差异相对较大。亚群间基因分化系数（Fst）平均为 0.0722，基因流（Nm）平均为 3.214，说明不同亚群之间存在一定的基因交流。主坐标分析表明第一、二和三主成分分别解释总变异的4.97%、3.54%和3.33%。来自同一区域的品种资源基本聚集在同一亚群，聚类分析同样表明同一自然地域亚群品种资源虽不能完全聚集到同一个遗传类群中，但具有一定的聚集效应，说明川渝大豆品种资源遗传变异与地理位置有一定的关系。分子方差分析表明亚群内变异占总变异的97%，亚群间变异仅占总变异的3%。Mantel收敛分析表明地方品种自然地域亚群的遗传距离与所处的地理位置距离（纬度和海拔）呈显著的正相关关系（R2=0.723）。川渝地区大豆种质资源群体遗传丰富度不高，当前的育成品种未蕴含本地区所有遗传变异。  相似文献   

Genetic analysis and QTL mapping of growth period traits and plant height traits in soybean recombinant inbred lines from Dongnong 47 × PI 317334-B     

《中国油料作物学报(英文)》2021,6(2):66-73

High and stable yield is the main goal of soybean genetic improvement. In this study, association analysis was used to detect the quantitative trait loci (QTL) for the plant height, and soybean growth period using 182 SSR markers in the RIL population of 136 F_4:8 lines, which developed from a cross between photoperiod-insensitive cultivar ‘Dongnong 47’ and photoperiod-sensitive variety PI317334–B. The results showed that 33 QTLs related to soybean growth period and plant height traits were detected by compound interval mapping, and were located on 12 linkage groups including N, C1, C2, J, D1a, B2, E, G, A2, O, L, I, with the contribution rate of 7.85–33.84%. These QTL loci and linkage markers related to soybean photoperiod sensitivity, would be helpful to identify key genes that control soybean photoperiod sensitivity, and provide an important basis for the breeding of new photoperiod-insensitive soybean varieties based on molecular design breeding.  相似文献   

Identification of Molecular Marker Fragments Associated with Combining Ability for Quality Traits in Parents of Hybrid japonica Rice (Oryza sativa L.)     

Yang LIU  Er-bao LIU  Si-yuan ZENG  Wei PU  Qiang-ming LIU  Li-jun LIANG  Pei-rui LIU  Qi-meng ZHANG  De-lin HONG 《中国水稻科学》2015,29(4):373

  相似文献   

SSR标记技术在马铃薯遗传育种研究中的应用   总被引：1，自引：0，他引：1  

李建武 《中国蔬菜》2011,1(20):1-8

基于PCR基础上发展起来的SSR分子标记技术具有共显性遗传、多态性高、重复性好、稳定性好、操作简单等优点，本文简述了SSR分子标记技术的基本原理与特点，重点对马铃薯SSR引物的开发及其在马铃薯品种鉴定、遗传图谱构建与数量性状基因定位、分子标记辅助选择育种的研究现状进行了分析，并对其应用前景进行了展望。  相似文献   

A global sensitivity analysis of cultivar trait parameters in a sugarcane growth model for contrasting production environments in Queensland,Australia     

《European Journal of Agronomy》2017

New sugarcane cultivars are continuously developed to improve sugar industry productivity. Despite this sugarcane crop models such as the ‘Sugar’ module in the Agricultural Productions System sIMulator (APSIM-Sugar) have not been updated to reflect the most recent cultivars. The implications of misrepresenting cultivar parameters in APSIM-Sugar is difficult to judge as little research has been published on the likely values of these parameters and how uncertainty in parameter values may affect model outputs. A global sensitivity analysis can be used to better understand how cultivar parameters influence simulated yields. A Gaussian emulator was used to perform a global sensitivity analysis on simulated biomass and sucrose yield at harvest for two contrasting sugarcane-growing regions in Queensland, Australia. Biomass and sucrose yields were simulated for 42 years to identify inter-annual variability in output sensitivities to 10 parameters that represent physiological traits and can be used to simulated differences between sugarcane cultivars. Parameter main effect (S_i) and total effect (ST_i) sensitivity indices and emulator accuracy were calculated for all year-region-output combinations. When both regions were considered together parameters representing radiation use efficiency (rue), number of green leaves (green_leaf_no) and a conductance surrogate parameter (k_L) were the most influential parameters for simulated biomass in APSIM-Sugar. Simulated sucrose yield was most sensitive to rue, sucrose_fraction (representing the fraction of biomass partitioned as sucrose in the stem) and green_leaf_no. However, climate and soil differences between regions changed the level of influence cultivar parameters had on simulation outputs. Specifically, model outputs were more sensitive to changes in the transp_eff_cf and k_L parameters in the Burdekin region due to lower rainfall and poor simulated soil conditions. Collecting data on influential traits that are relatively simple to measure (e.g. number of green leaves) during cultivar development would greatly contribute to the simulation of new cultivars in crop models. Influential parameters that are difficult to measure directly such as transp_eff_cf and sucrose_fraction are ideal candidates for statistical calibration. Calibrating crop models either through direct observation or statistical calibration would allow crop modellers to better test how new cultivars will perform in a range of production environments.  相似文献