姜曲海猪和苏姜猪IGF2、MUC13、PHKG1、RYR1和VRTN基因主效位点的遗传变异分析     

徐盼  唐子雪  何鑫鑫  杨持  刘方旭  王重  张亚琴  赵旭庭 《江西农业大学学报》2019,41(5)

IGF2、MUC13、PHKG1、RYR1和VRTN基因是应用于实践生产的影响猪抗病、肉质及生长性能的基因。利用PCR扩增、Sanger测序和RFLP技术在姜曲海猪和苏姜猪核心群中检测了这5个基因的基因型。结果表明:姜曲海猪中的IGF2、VRTN基因和苏姜猪中的VRTN基因的有利等位基因频率相对较低。RYR1基因的检测结果显示姜曲海猪混有外来血缘,需要进行提纯复壮。通过分子标记辅助选择和常规育种技术,苏姜猪需要经过多世代选育才能将这5个基因的有利等位基因纯合。  相似文献   

紫花槭秋季叶色表达转录组初步分析     

张佳奇  赵东辉  高玉福  荣立苹  李佳霖  翁卓 《分子植物育种》2021,19(21):7075-7083

为了丰富紫花槭转录组数据,进一步开展紫花槭秋季叶片呈色机制研究.本研究以紫花槭秋季转色期三个阶段(前期,中期,后期)叶片为材料,采用高通量测序技术进行转录组初步分析.转录组数据共获得50501条Unigene,有35316条Unigene在数据库中得到注释,其中NR数据库中注释到的Unigene数量最多,共35024条,占69.4％.在注释到的物种中,紫花槭比对的Unigene与甜橙(Citrus sinensis)相似度最高,共有4290条,占12.25％.紫花槭转录组中的Unigene根据GO功能可分为生物学过程、细胞组分和分子功能3大类,共有25375条,其中生物学过程的基因最多,主要聚集于代谢过程和细胞过程等.基于Unigene库的基因结构分析,其中SSR分析共获得12711个SSR标记,占Unigene总数的36％.SSR位点共包含150种重复基元,单碱基重复所占比例最高(7184个,61.86％),四碱基重复、五碱基重复和六碱基重复所占比例较低.Unigene库中共有328239个SNP位点,发生频率为1/190 bp,SNP位点分为转换和颠换两种类型的碱基替换方式,其中碱基转换位点213787个(65.13％),碱基颠换位点114452个(34.87％),碱基转换类型发生频率高于颠换类型.6种单碱基变异中,2种转换类型A/G、C/T的发生频率分别为33.03％和32.10％;4种颠换类型中A/T发生频率最高,为11.52％;C/G发生频率最低,为5.79％.紫花槭转录组秋季叶色表达的转录组分析,可为紫花槭叶色基因调控、定向分子育种和培育彩叶新品种提供研究提供基础的数据信息.  相似文献   

矮牡丹与芍药属其他5个种叶绿体基因组特征的比较     

周晓君  张凯  彭正锋  孙姗姗  押辉远  张延召  程彦伟 《林业科学》2020,56(4)

【目的】中国特有的野生牡丹一直被国内外视为珍贵的种质资源。野生矮牡丹被认为是现代栽培牡丹品种重要的祖先种之一,开展矮牡丹在内的芍药属植物叶绿体基因组(cp DNA)特征分析对阐明牡丹系统进化、培育和改良栽培品种具有重要的理论与实践价值。【方法】在矮牡丹叶绿体高通量测序的基础上,从NCBI数据库下载凤丹牡丹、大花黄牡丹、滇牡丹、川赤芍和草芍药的cp DNA数据,利用Geneious 8. 0、EMBOSS 6. 4. 0等软件,对芍药属6个种的cp DNA进行对比分析。【结果】矮牡丹cp DNA序列共152 628 bp,共有112个基因,使用25 988个密码子,编码蛋白78个;有19个基因(包括4个rRNA、7个tRNA、8个蛋白编码基因)在IR(反向重复)区重复。共搜索到143个SSR位点,单核苷酸重复基序位点最多,为116个(占81. 12%),没有六核苷酸重复基序。尽管芍药属叶绿体基因组比较保守,但不同种间IR和LSC(大单拷贝区)的边界位置仍有一定变化,凤丹牡丹LSC/IR的rpl2基因有718 bp延伸至LSC区域,而其他种的rpl2基因均完整地位于IR区。【结论】从基因组大小和基因内容来看,芍药属cp DNA高度保守;草芍药与滇牡丹cp DNA最大,为152 698 bp;凤丹牡丹cp DNA最小,为152 153bp。矮牡丹cp DNA蛋白编码基因密码子偏好使用A/T碱基,SSRs位点的碱基组成也偏好使用A/T碱基,143个SSRs位点中,A/T组成的位点有134个;矮牡丹cp DNA SSRs分布具有不均匀性,14个SSR位点位于IR区段,103个位于LSC区段,26个位于SSC区段。IR边界分析显示,芍药属LSC/IRb的边界变化是IR区扩张与收缩的主要原因。研究结果为芍药属植物的系统进化与栽培起源等研究提供支持,对芍药属植物分子标记开发及优良品种选育具有参考价值。  相似文献   

茶氨酸合成酶基因的SNP挖掘和遗传定位   总被引：1，自引：0，他引：1  

李小杰  马建强  姚明哲  陈亮 《茶叶科学》2017,37(3)

茶氨酸合成酶(Theanine synthetase,TS)基因是茶树茶氨酸代谢过程中的关键酶基因。本研究以氨基酸含量差异明显的亲本及其杂交所得F_1子代为研究材料,克隆TS基因的c DNA序列,挖掘其SNPs位点,并成功将杂合SNP位点定位在遗传连锁群上。研究结果显示,通过序列比对在亲本间检测到3个SNPs,验证得到1个杂合的位点SNP735。将此位点成功转化为dCAPS标记,该标记在子代中的基因型分离比为1∶1,利用该群体已构建的茶树遗传图谱进行遗传定位,将dCAPS标记定位在连锁群LG03上,相邻标记为TM299和TM517。联合此标记及其相邻标记与游离氨基酸总含量和茶氨酸含量进行统计分析,表明具有显著的相关性。  相似文献   

鸡源株与人源株H9N2流感病毒血凝素受体结合位点氨基酸比较与分析   总被引：3，自引：0，他引：3  

刘金华  吴清民  陈福勇  郭玉璞  HIROSHI KIDA 《中国预防兽医学报》2003,25(6):416-418

H19N2病毒可以感染多种禽类和哺乳动物，包括人类。流感病毒血凝素受体结合位点的氨基酸可以影响受体结合特性。为了解鸡源株与人源株H19N2病毒受体结合部氨基酸的差异，作者对二者进行了比较与分析，结果表明，鸡源株与人源株血凝素受体结合部位氨基酸的第137、183、190、226位点存在差异，鸡源株在这些位点分别为K、N、AorVorT、LorQ而人源株则分别为R、H、E、L。虽然尚不清楚这些位点的改变对病毒与细胞亲和力及宿主范围的影响，但由于H9N2在我国养鸡业的普遍存在，加强H9N2病毒的分子流行病学监测有重要意义。  相似文献   

DNA指纹技术分析畜禽亲缘关系的原理及应用   总被引：1，自引：0，他引：1  

张丽侯水生  刘小林徐铁山 《家畜生态》2003,24(4):48-50

本文概述了DNA指纹技术的原理、方法、特点及其在应用上的局限性和利用DNA指纹技术分析亲缘关系的研究进展，同时介绍了用DNA指纹图谱进行畜禽亲缘关系分析的一般统计方法。  相似文献   

促卵泡生成素受体基因的SNP对牛双胎性状的标记研究   总被引：5，自引：0，他引：5  

雷雪芹  陈宏  袁志发  雷初朝  徐廷生  孙维斌 《云南畜牧兽医》2002,(4):28-29

以秦川牛和荷斯坦奶牛的双胎母牛和单胎母牛为实验材料，以牛的FSHR基因的第10个外显子作为标记牛双胎性状的候选基因，用SNP法进行了多态检测。结果发现，在秦川牛的双胎母牛中突变率为60％（6／10），而在单胎母牛中突变率为20％（2／10）；在荷斯坦奶牛中，双胎母牛突变率为31.25％（5／16），单胎母牛突变率为6.67％（1／15）；由此可见双胎牛和单胎牛二者之间FSHR基因的第10个外显子的突变率差异明显。这表明选择FSHR基因的10个外显子有可能作为双胎性状的候选基因。经序列分析发现在FSHR基因的第1506个碱基发生了突变（T→C），但氨基酸没有发生变化。  相似文献   

棉花黄萎病菌毒素结合位点初探   总被引：6，自引：1，他引：5  

刘凤权  胡白石 《棉花学报》2005,17(1):29-32

以纯化的棉花黄萎病菌毒素(PLPC)免疫新西兰白兔制备了PLPC特异性抗血清。将PLPC(15μg·ml 1)用不同浓度的抗体(1～20μg·ml 1IgG)吸附后处理泗棉3号的切根苗,毒素所引起的症状都有不同程度的减轻。表明所制备的抗体在与毒素发生特异性免疫学反应的同时,可部分封闭毒素分子上与毒素受体结合的位点。利用竞争ELISA测定了泗棉3号幼苗子叶的质膜制剂与PLPC的结合活性。结果表明,质膜制剂与毒素结合后能部分阻断毒素与其抗体的免疫学反应,即质膜制剂中含有毒素的结合位点。分别用胰蛋白酶和煮沸处理质膜制剂后,质膜制剂对毒素与其抗体的反应的抑制作用消失,初步表明质膜制剂中与毒素结合的是蛋白质。  相似文献   

覆盖野生稻基因组的染色体片段替换系的构建及其米质相关数量性状基因座位的鉴定     

谢国禄 《作物育种信息》2006,(9):8-8

染色体片段替换系（CSSL）是基因组水平快速初步定位数量性状基因位点（QTL）的良好材料，而水稻的品质性状是多基因控制的数量性状，因此可用替换系鉴定控制水稻品质性状的QTL。郝伟等利用分子标记辅助选择技术（MAS）构建了由133个株系组成的以“特青”（籼稻品种）为轮回亲本，以海南的一种普通野生稻（外观品质较好）为供体亲本，覆盖绝大部分野生稻基因组的染色体片段替换系。利用这套替换系，初步定位了控制稻米外观和理化品质性状的15个QTL，为今后水稻品质性状QTL的克隆以及稻米品质相关性状的改良提供了依据。  相似文献   

玉米抗欧洲玉米螟造成的洞道式茎杆特性的数量性状位点的遗传连锁图定位     

邱敦莲  Andrea  J.Cardinal 《国外作物育种》2001,20(4):34-34

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