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运用生物信息学的方法,对已在GenBank数据库中注册的甜菜、菠菜、山菠菜、玉米、辽宁碱蓬等植物甜菜碱醛脱氢酶(BADH)的氨基酸序列进行分析。结果表明:植物BADH属于稳定蛋白质,含有较丰富的丙氨酸和谷氨酸;不同植物BADH的氨基酸序列具有较高的同源性,含有与酶功能相关的十肽保守序列及半胱氨酸残基;不同植物的BADH具有不同的亚细胞定位;分子进化研究表明,BADH可作为植物遗传分化和分子进化研究的重要依据;氨基酸序列中不存在信号肽;分子中不存在跨膜结构域,可能受蛋白激酶的磷酸化;α?螺旋是多肽链中的主要结构元件;蛋白质保守区域包含典型的醛脱氢酶功能结构域。该研究结果为开展BADH的酶学特性及植物抗逆的分子机理研究提供理论参考。 相似文献
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GenBank中花生栽培种基因组DNA及EST序列的SNP分析 总被引：2，自引：0，他引：2
下载GenBank数据库中已公布的花生栽培种基因组DNA序列1718条及EST序列85797条,利用DNAStar软件进行叠连群构建,基因组DNA序列构建叠连群161个,长度共计152940bp,直接鉴定出候选SNP位点5496个,SNP平均出现频率为3.59%;EST序列构建10990个叠连群,长度共计10477241bp,由三条及三条序列以上构成的叠连群的总长度为6524329bp,发现候选SNP位点307179个,SNP平均出现频率为4.71%。 相似文献
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陆地棉基因组精细定位需要更加丰富的分子标记,为了阐明单核苷酸多态性(SNP)标记资源开发利用的前景,对GenBank数据库中陆地棉表达序列标签(EST)和基因组序列(GSS)进行分析.下载GenBank数据库中公布的陆地棉EST序列及GSS序列,利用DNAStar软件进行叠连群构建及其候选SNP位点分析.结果表明:陆地棉EST序列307414条及GSS序列242015条,EST序列构建3737个叠连群,序列累计10477241 bp.由4条及以上序列组成的叠连群累计序列长度为3761800 bp,发现候选SNP位点1007258个,叠连群平均出现1个SNP位点最低频率为2.32％.GSS序列共构建1517个叠连群,序列累计1625700 bp,发现SNP位点574296个,叠连群平均出现1个SNP位点最低频率为9.18％.陆地棉的EST和GSS均有频率较高SNP位点,GSS出现SNP频率高于EST序列,开发SNP引物3254对. 相似文献
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李轶 《农业环境科学学报》2008,(5)
GenBank数据库是世界上著名的生物信息数据库,包含了目前所有已知的核苷酸序列和蛋白质序列以及与它们相关的文献著作和生物学注释。详细介绍了它的Entrez检索功能。
相似文献5.
Allison RW Yeagley TJ Levis K Reichard MV 《Veterinary clinical pathology / American Society for Veterinary Clinical Pathology》2011,40(3):345-350
A 5-month-old intact male Boerboel dog, imported from South Africa 1 week previously, was presented to a Texas veterinarian for lethargy, anorexia, and labored breathing. The dog was febrile, anemic, leukopenic, thrombocytopenic, and slightly azotemic. Results of the IDEXX SNAP-4Dx enzyme immunoassay were negative for Dirofilaria immitis antigen and antibodies against Ehrlichia canis, Borrelia burgdorferi, and Anaplasma phagocytophilum. An EDTA blood sample analyzed at Oklahoma State University Center for Veterinary Health Sciences revealed nonregenerative anemia, neutropenia, and large protozoal piroplasms in 0.7% of the RBCs. Piroplasms were 2-5μm long and varied in shape from round to oval to piriform; extracellular merozoites were also observed. Nested PCR was performed on DNA extracted from blood using primers that amplify the 18s rRNA gene from all known Babesia species, and the product was sequenced. Basic Local Alignment Search Tool analysis of the 437 base sequence revealed 99-100% similarity to Babesia canis rossi, 92-93% similarity to Babesia canis canis, and 92% similarity to Babesia canis vogeli. The dog responded well to treatment with imidocarb. PCR analysis of a second blood sample 2 weeks later was negative for Babesia spp. DNA. This case represents the first diagnosis of B. canis rossi infection in the United States. 相似文献
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为了研究胆碱单氧化物酶的抗逆机理,运用NCBI、Expasy、Psort、NetPhosK、TMHMM、NPSA网站和MEGA5、DNAman软件,对已在GenBank数据库中注册中的甜菜、菠菜、四翅滨藜草、山菠菜、苋菜等植物胆碱单氧化酶的氨基酸序列进行生物信息学分析。结果表明：植物胆碱单氧化酶中Ala、Ser、Leu等氨基酸含量较丰富,属于稳定蛋白;不同植物胆碱单氧化酶的氨基酸序列具有较高的同源性(81.52%),均含有转运肽区、2Fe-S中心区和非血红素Fe离子结合区;分子进化树揭示胆碱单氧化酶有较强的保守性,可作为植物遗传分化和分子进化研究的重要依据;分子中不存在跨膜结构域,与疏水区域预测结果一致;可能受蛋白激酶C磷酸化,位点为Ser326;无规卷曲是多肽链中大量的结构元件;包含2个功能结构域,分属于Rieske家族与SRPBCC家族。本研究结果为开展胆碱单氧化酶的酶学特性及甘氨酸甜菜碱生物合成的分子机理研究提供理论参考。 相似文献
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