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紫外激光交联和染色质免疫沉淀技术(UV laser crosslinking and chromatin immunoprecipitation,UV-X-ChIP)是研究蛋白质与DNA的相互作用及鉴定转录因子靶DNA的一条新途径。该技术结合DNA芯片、Southern杂交及DNA文库的构建可用于研究蛋白质与DNA的相互作用及高通量筛选已知转录因子在全基因组范围内的结合位点,这为转录因子调控网络的绘制奠定基础。笔者对紫外激光交联和染色质免疫沉淀技术及应用作一综述。 相似文献
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为研究羊种布鲁氏菌转录调控因子MucR蛋白的毒力相关机制,对染色质免疫共沉淀技术进行了优化。构建了表达MucRFlag融合蛋白的羊种布鲁氏菌菌株,并用商品化抗Flag标签抗体对MucRFlag蛋白进行富集,从而替代MucR蛋白抗体的制备过程。通过该染色质免疫共沉淀方法对羊种布鲁氏菌MucR蛋白的结合靶点基因进行了鉴定,结果显示:通过使用该方法鉴定出羊种布鲁氏菌MucR蛋白可以结合到BMEI0430和BMEI1364(mucR基因)的启动子序列上。结果表明优化的染色质免疫共沉淀技术适用布鲁氏菌转录调控因子结合靶点的研究。 相似文献
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在后基因组时代,基因表达调控的一个重要领域就是DNA-蛋白质的相互作用。目前存在多种研究DNA-蛋白质的方法,但是这些方法与染色质免疫沉淀技术（ChIP）相对比而言,染色质免疫沉淀技术更加适合研究DNA-蛋白质的相互作用,因此是一种较理想的研究方法。另外,由于存在克隆技术与DNA芯片技术,因此可使之充分结合以用于高通量筛选已知蛋白因子的未知DNA靶点和研究反式作用因子在整个基因组上的分布情况,以促进DNA-蛋白质相互作用调控网络的发展与出现。对ChIP技术进行了介绍,概述了该技术的研究进展,并就其前景进行了展望。 相似文献
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AIM: To investigate the histone modification changes of topoisomerase Ⅱα(TOPOⅡα) promoter regulatory factor Sp1 in the patients with chronic benzene poisoning.METHODS: The bone marrow samples were collected from 25 chronic benzene poisoning cases and 25 controls. The chromatin immunoprecipitation assay was carried out to study the possible mechanism of TOPOⅡα promoter regulatory factor Sp1 expression changes. The mRNA expression of Sp1 was detected by RT-PCR.RESULTS: Compared with the controls, the histone H4 acetylation and histone H3 acetylation of Sp1 in the chronic benzene poisoning patients significantly decreased(P<0.01), and histone H3K9 methylation level of Sp1 increased(P<0.01), but the histone H3K4 methylation level of SP1 was not obviously changed(P>0.05). The mRNA expression of Sp1 in the chronic benzene poisoning patients was significantly lower than that in the controls(P<0.05).CONCLUSION: In chronic benzene poisoning patients, the histone acetylation and methylation modification changes of TOPO Ⅱα promoter regulatory factor Sp1 accompanied with the changes of mRNA level are observed. Histone H4 and H3 acetylation and H3K9 methylation modification of Sp1 may play an important role in the benzene,s hematopoietic toxicities. 相似文献
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为探索低温压力对斑马鱼细胞组蛋白修饰的影响,建立并优化使用斑马鱼(Danio rerio)成纤维细胞ZF4进行染色质免疫共沉淀(chromatin immunoprecipitation, ChIP)的条件。本研究分别优化了ChIP过程中裂解细胞所使用的NP-40浓度、超声破碎的时间,确定了最佳NP-40浓度为0.2%,超声时间为20 min。利用针对β-actin启动子区域的引物,通过常规PCR初步验证ChIP实验是否成功。琼脂糖凝胶电泳结果显示, IgG组常规PCR产物基本无条带,H3K27me3组条带较暗, H3K4me3和H3K27ac组有较亮条带,初步说明实验可靠。使用正常培养(28℃)与长期低温驯化(18℃, 30 d)的斑马鱼成纤维细胞ZF4作为实验材料,通过优化之后的ChIP技术进行实验。分别使用qPCR和ChIP-qPCR检测低温驯化对肿瘤坏死因子b(tumor necrosis factor b,tnfb)基因表达以及其启动子区域H3K4me3、H3K27ac、H3K27me3的影响。qPCR结果显示tnfb基因经过低温驯化后上调,而ChIP-qPCR结果显示,tnfb基因启动子区域的H3K4me3、H3K27ac富集度也出现升高, H3K27me3没有明显变化,提示低温压力可能通过影响tnfb基因启动子区域的H3K4me3、H3K27ac水平来调控tnfb基因的表达。本研究建立并优化的ChIP实验条件可以用来研究ZF4细胞组蛋白修饰变化,为下一步探索低温压力对斑马鱼细胞全基因组组蛋白修饰的影响奠定基础。 相似文献
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染色质免疫共沉淀超声波破碎条件的研究 总被引：1，自引：1，他引：0
意在找出拟南芥幼苗适宜的染色质免疫共沉淀(ChIP)超声波破碎的条件,为后期抗体的沉淀提供适当大小的片段。以拟南芥(Columbia ecotype)幼苗为材料,用1%浓度甲醛的缓冲液交联DNA和蛋白质,利用超声波将其染色质随机断裂成适当大小的片段。结果表明,适用于拟南芥幼苗的最佳ChIP试验条件为：用1%甲醛溶液交联DNA和蛋白质的复合物;用65%功率,每次工作20 s,间隔4 min,8次破碎该复合物,可以得到400~800 bp大小的片段,用于后续的试验。经本实验的研究得到了拟南芥幼苗染色质免疫共沉淀超声波破碎的最佳条件,为后续实验奠定了基础。 相似文献
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Protein A磁珠检测朊病毒方法的建立 总被引：1，自引：0，他引：1
建立Protein A磁珠法检测朊病毒,将朊病毒抗体IH2包被后的Protein A磁珠与蛋白酶K消化过的攻毒小鼠脑组织匀浆液混合,经免疫沉淀缓冲液温和洗脱杂蛋白,再经0.2M甘氨酸将目的蛋白洗脱并且利用聚丙酰胺凝胶电泳检测。通过聚丙酰胺凝胶电泳检测出25KD的目的蛋白带,经与正常未消化的朊蛋白条带相比较,证实检测出朊病毒。Protein A磁珠具有高效特异的与抗体IgG结合的特点,与多克隆抗体混合后可有效结合IgG。该方法较免疫组织化学和Western-blot技术简便快速,且磁珠可以回收再使用,使成本低廉。 相似文献
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