miR-18a-5p在鸡不同生长时期的表达及其生物信息学分析与靶基因预测   总被引：1，自引：0，他引：1  

黄正洋  黄华云  穆春宇  李春苗  王钱保  黎寿丰  赵振华 《中国畜牧兽医》2021,48(12):4361-4371

为探究miR-18a-5p在鸡不同生长时期组织表达变化规律及其生物信息学特点,本研究以苏禽3号鸡为试验动物,利用实时荧光定量PCR技术检测不同生长时期鸡miR-18a-5p的组织表达变化。通过文献和miRBase检索脊椎动物的miR-18a-5p序列,利用Ensembl数据库确定miR-18a-5p在基因组中的位置,根据成熟序列构建系统进化树;使用miRmap、microT、miRanda和TargetScan网站预测miR-18a-5p靶基因,并进行GO和KEGG分析。组织表达分析结果显示,miR-18a-5p序列在鸡心脏、脾脏、肾脏和下丘脑中的表达量显著高于除大脑以外的其他组织(P<0.05)。与3日龄雏鸡相比,90日龄鸡心脏、脾脏、肾脏、腿肌和下丘脑中miR-18a-5p的表达量均显著上升(P<0.05)。在50种脊椎动物中共发现52条miR-18a-5p序列,几乎所有物种都只有1条成熟序列;基因定位分析发现,鸡miR-18a-5p位于1号染色体上的基因间隔区。多序列比对分析表明,不同物种miR-18a-5p的成熟序列同源性较高,物种间较为保守。系统进化树分析发现,鸡miR-18a-5p与原鸽、斑胸草雀等其他鸟类聚为一类,这表明miR-18a-5p进化过程中是保守的。靶基因预测和功能分析发现,miR-18a-5p共有121个靶基因。GO分析结果显示,靶基因主要富集到蛋白质泛素化、细胞周期阻滞、白细胞介素-6产生的负调控等功能。KEGG 通路分析表明,靶基因主要富集到细胞周期及Wnt和FoxO信号通路等。多个与肌肉生长及细胞增殖等相关的基因富集到相关通路之上。综上,鸡miR-18a-5p是组织广泛表达的miRNA,其可能通过Wnt及FoxO信号通路调控肌肉生长及细胞增殖分化。本研究为miR-18a-5p功能及调控机制的深入研究提供参考依据。  相似文献   

miR-122靶向调控鸡BZW2基因的表达     

李艳艳  王星果  郁建锋  邵芳  张燕萍  顾志良 《农业生物技术学报》2016,(11):1734-1740

miR-122(MicroRNA-122)是在肝脏中高表达的miRNA,在肝脏的生长发育和脂类代谢等过程发挥重要作用,BZW2 (basic leucine zipper and W2 domains 2)主要参与蛋白质合成代谢,本研究目的是确定BZW2是否为miR-122调控的靶基因.通过生物信息学预测miR-122的靶基因,并分析BZW2的3-UTR区域与miR-122种子区的配对情况,再用双荧光素酶报告系统和突变实验证明miR-122作用于BZW2的3'UTR.用荧光定量PCR检测转染miRNA-122mimic的鸡(Gallus gallus)肝癌细胞系(leghorn hepatocellar,LMH)细胞和转染LNA-antimiR-122的鸡原代肝细胞中BZW2的表达.鸡BZW2的3'-UTR区域与miR-122种子区互补配对,荧光素酶报告基因和突变实验分析表明,miR-122能够通过与BZW23'-UTR区结合抑制基因的表达;将miR-122在LMH细胞中过表达后,发现BZW2 mRNA表达水平显著下降;利用LNA-antimiR-122抑制鸡肝脏原代细胞中的miR-122后,BZW2 mRNA表达水平呈显著性上升.结果证明BZW2是miR-122的靶基因,其在mRNA水平上受到miR-122的负性调控,本研究为揭示miR-122在鸡肝脏中的广泛的功能提供了理论依据.  相似文献   

miR-106b-5p靶向KLF4调控山羊肌内前体脂肪细胞分化   总被引：1，自引：1，他引：0  

杜宇  赵越  林亚秋  朱江江  王永  马洁琼  谢光杰 《畜牧兽医学报》2020,51(6):1219-1228

旨在明确miR-106b-5p对山羊肌内前体脂肪细胞分化的影响，并确定这种作用是通过靶向KLF4来实现的。本研究利用实时荧光定量PCR （quantitative real-time PCR，qRT-PCR）技术检测miR-106b-5p在山羊肌内前体脂肪细胞分化过程中的表达模式，通过脂质体转染技术将miR-106b-5p mimic和miR-106b-5p inhibitor转入体外培养的山羊肌内前体脂肪细胞，油红O染色法从形态学验证miR-106b-5p对脂肪细胞中脂滴积聚的影响，qRT-PCR检测预测的靶标基因KLF4和脂肪分化标志基因的表达情况，利用双荧光素酶报告系统鉴定miR-106b-5p与KLF4的靶标关系。qRT-PCR结果显示，miR-106b-5p在山羊肌内前体脂肪细胞诱导分化第3天时表达量最高。在山羊肌内脂肪细胞中干扰miR-106b-5p后油红O染色显示脂滴聚积减少，过表达miR-106b-5p后脂滴聚积增加。在山羊肌内前体脂肪细胞中转染miR-106b-5p inhibitor后PPARγ表达量显著降低（P<0.05），而KLF4表达量极显著升高（P<0.01）；转染miR-106b-5p mimic后LPL和PPARγ表达量极显著升高（P<0.01）。荧光素酶活性试验结果显示，过表达miR-106b-5p可显著抑制KLF4荧光活性。miR-106b-5p通过靶向并负调节KLF4的表达促进山羊肌内脂肪细胞分化。  相似文献   

microRNA-146a通过靶向MAPK4和Myosin Va基因调控羊驼黑色素细胞增殖、迁移     

刘学贤  杜斌  郭湘  薛骥轩  于雷涛  范瑞文 《畜牧兽医学报》2021,52(4):967-975

旨在研究microRNA-146a(miR-146a)对羊驼黑色素细胞增殖和迁移的调控及其分子机制。本研究使用双荧光素酶试验验证MAPK4和Myosin Va是miR-146a的靶基因;利用荧光定量PCR和蛋白质免疫印迹试验检测在羊驼黑色素细胞中过表达miR-146a对相关下游基因表达的影响;利用CCK8和Transwell检测miR-146a过表达对羊驼黑色素细胞增殖和迁移的影响。结果显示,与对照组相比,将miR-146a和MAPK4或Myosin Va共转染293T细胞,双荧光素酶活性分别极显著下降36%和30%(P<0.001);MAPK4和Myosin Va基因转录水平分别极显著下调67%和47%(P<0.001,P<0.01);蛋白质水平的表达量分别显著或极显著下调38%和69%(P<0.05,P<0.01);增殖和迁移相关的基因CREB、MITF、MLPH和Rab27a在转录水平和蛋白水平的表达均极显著下调(P<0.01,P<0.001);CCK8和Transwell结果显示,过表达miR-146a使羊驼黑色素细胞的增殖和迁移能力极显著下调(P<0.01)。综上所述,miR-146a通过靶向调控MAPK4和Myosin Va,使增殖和迁移相关的基因MEK1、CREB、MITF、MLPH和Rab27a的表达下调,从而对羊驼黑色素细胞的增殖和迁移起抑制作用。  相似文献   

猪C1QTNF3基因可变剪接体的鉴定及介导miR-101调控成脂分化的研究     

杨阳  张雪莲  张万锋  李文霞  李文新  蔡春波  路畅  高鹏飞  郭晓红  李步高  曹果清 《畜牧兽医学报》2021,52(11):3042-3052

旨在研究猪C1QTNF3基因可变剪接体的特性及miR-101通过C1QTNF3基因促进猪脂肪SV细胞成脂分化的机制。本研究采集3头30日龄健康马身猪仔公猪心、肝、脾、肺、肾、胃、股二头肌、腰大肌、皮下脂肪和背部脂肪组织样品,首先利用RT-PCR技术和生物信息学方法对C1QTNF3基因的不同转录本进行扩增和生物学特性分析,采用qRT-PCR技术检测C1QTNF3基因不同转录本在猪组织中的表达变化。随后,利用生物信息学预测发现,C1QTNF3上游的调控因子是miR-101,采用双荧光素酶报告试验验证miR-101对C1QTNF3的调控作用。最后,利用油红O染色和qRT-PCR技术检测过表达miR-101对猪脂肪SV细胞成脂分化的影响。基因克隆得到猪C1QTNF3存在两个转录本C1QTNF3和C1QTNF3-1,其中C1QTNF3-1为新鉴定的转录本;测序分析显示,与C1QTNF3相比,C1QTNF3-1的第1外显子区域缺失了219个碱基,少编码73个氨基酸。进化树分析显示,猪C1QTNF3和C1QTNF3-1蛋白序列与人和马来亚穿山甲等物种的亲缘关系较近。C1QTNF3和C1QTNF3-1在猪各组织中均有表达,且在各组织中C1QTNF3-1的表达量均极显著高于C1QTNF3（P<0.01）。过表达miR-101极显著下调C1QTNF3 3'UTR区域的荧光素酶活性（P<0.01）和C1QTNF3 mRNA的表达（P<0.01）,同时增加了脂肪细胞成脂分化关键基因PPARγ、C/EBPβ、SREBP-1c和FABP4的mRNA表达量（P<0.01）。本试验成功克隆了猪C1QTNF3基因的两个可变剪接体,其中C1QTNF3-1在猪不同组织中均高表达,推测该转录本为基因发挥功能的主要亚型。并深入研究了C1QTNF3基因的上游调控因子,揭示了miR-101靶向C1QTNF3促进成脂分化的机制,丰富了C1QTNF3的生物学作用和调控网络。  相似文献   

AR regulates porcine immature Sertoli cell growth via binding to RNF4 and miR-124a     

Xinpeng Yang  Yue Feng  Yang Li  Dake Chen  Xuanyan Xia  Jialian Li  Fenge Li 《Reproduction in domestic animals》2021,56(3):416-426

Sertoli cells are the only somatic cells in the seminiferous epithelium which directly contact with germ cells. Sertoli cells exhibit polarized alignment at the basal membrane of seminiferous tubules to maintain the microenvironment for growth and development of germ cells, and therefore play a crucial role in spermatogenesis. Androgens exert their action through androgen receptor (AR) and AR signalling in the testis is essential for maintenance of spermatogonial numbers, blood–testis barrier integrity, completion of meiosis, adhesion of spermatids and spermiation. In the present study, we demonstrated that AR gene could promote the proliferation of immature porcine Sertoli cells (ST cells) and the cell cycle procession, and accelerate the transition from G1 phase into S phase in ST cells. Meanwhile, miR-124a could affect the proliferation and cell cycle procession of ST cells by targeting 3′-UTR of AR gene. Furthermore, AR bound to the RNF4 via AR DNA-binding domain (DBD) and we verified that RNF4 was necessary for AR to regulate the growth of ST cells. Above all, this study suggests that AR regulates ST cell growth via binding to RNF4 and miR-124a, which may help us to further understand the function of AR in spermatogenesis.  相似文献   

猪miR-199a-5p对脂质生成的影响及其靶基因的预测和分析     

邢宝松  王璟  陈俊峰  任巧玲  马强  郭红霞  潘传英  曹海 《中国畜牧兽医》2021,(1)

本研究旨在分析miR-199a-5p对猪肌内脂肪细胞脂质生成的影响及作用机制。采集淮南猪不同育肥时期(育肥前期、中期和后期)的背最长肌和皮下脂肪组织,通过实时荧光定量PCR分析其表达变化趋势;合成miR-199a-5p的mimics,转染猪原代肌内脂肪细胞,诱导分化后通过油红O染色观察过表达miR-199a-5p对脂质生成的影响;结合之前筛选到的脂肪型和瘦肉型猪差异表达mRNAs、lncRNAs和circRNAs,使用miRanda软件筛选miR-199a-5p的靶分子,并用GO和KEGG富集分析法对这些mRNAs、lncRNAs的共表达基因和circRNAs的来源基因进行功能分析。结果显示,随着育肥进程,miR-199a-5p在背最长肌中表达量持续上调,而在皮下脂肪组织中表达量先下调后上调;过表达miR-199a-5p可抑制肌内脂肪细胞的脂质生成。共筛选到9个mRNAs、5个lncRNAs和1258个circRNAs包含miR-199a-5p结合位点,GO分析主要富集于内质网和肌动蛋白结合,KEGG分析发现主要富集于糖、脂质和蛋白质代谢。提示miR-199a-5p可能通过与lncRNAs和circRNAs互作间接调控靶基因,参与调控肌肉发育、脂质生成和代谢,可作为影响肉质性状的候选miRNA。  相似文献   

miR-301a inhibits adipogenic differentiation of adipose-derived stromal vascular fractions by targeting HOXC8 in sheep     

Bishi Zhao  Yangyang Pan  Liying Qiao  Jianhua Liu  Kaijie Yang  Yu Liang  Wenzhong Liu 《Animal Science Journal》2021,92(1):e13661

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Structure of Positive-parity Levels in 138 Ce Nucleus in Microscopic sdIBM-2+2q.p     

TONG Hong  SHI Zhu yi 《保鲜与加工》2002,(10):136-138142

  相似文献   

ER-α36 and miR-143 involved in invasion of gastric cancer cells     

ZOU Feng  WANG Xu-ming  LIU Li-jiang 《园艺学报》2012,28(12):2167-2171

AIM: To investigate the relationship between the expression of estrogen receptor α36 (ER-α36) and the invasion of gastric cancer cells. METHODS: SGC7901 cells were treated with 17β-estradiol at high or low concentration. The invasion of gastric cancer cells and the expression of ER-α36 were detected. The SGC7901 cells with the characteristics of stable low expression and high expression of ER-α36 were constructed. The invasion ability and microRNA sequences were determined in above-mentioned recombinant cells. RESULTS: The decreased invasion ability and ER-α36 expression were detected in SGC7901 cells treated with low concentration of 17β-estradiol. The situation was the opposite in the cells treated with high concentration of 17β-estradiol. The expression of miR-143 was significantly decreased in the SGC7901 cells with stable high expression of ER-α36 and was increased in the SGC7901 cells with stable low expression of ER-α36. CONCLUSION: The expression of ER-α36 is positively related to the invasion of gastric cancer cells. It is possible that miR-143 plays an important role in the regulation of gastric cancer invasion.  相似文献