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2.
鸡新城疫云南分离株HN基因序列测定和分析 总被引:3,自引:0,他引:3
用RT—PCR法对分离自云南省的2株鸡新城疫病毒(编号YN—C1、YN—C2)进行HN基因的扩增和克隆.并对其进行核苷酸序列测定和分析。结果表明:2毒株HN基因开放性阅读框架(ORF)均为l716nt;二者之间的核苷酸同源性为95.3%,氨基酸同源性为95.8%;YN—C1毒株与参考毒株GD/1/98/Go核苷酸、氨基酸同源性均最高,分别为97.9%和97.6%;YN—C2毒株与参考毒株JS/5/01/Go核苷酸同源性最高为98.5%,而与参考毒株JS/3/98/Go氨基酸同源性最高为98.1%。 相似文献
3.
西尼罗热病毒RT-PCR检测方法的建立 总被引:3,自引:0,他引:3
参考Genebank发表的西尼罗热病毒(West Nile virus,WNV)E糖蛋白基因序列,自行设计合成一对引物,对WNV进行RT—PCR扩增,产物经琼脂糖电泳分析,呈现一条约400bp的条带,将其克隆入pMD18-T—Vector载体中,并进行序列测定,与已发表的WNV基因比较发现,核苷酸的同源性为99.7%,证实为WNV的E基因,通过对样品多次检测,都能扩增出一条约400bp的条带,表明该方法比较稳定。 相似文献
4.
2004初从正常鸭群中分离到一株鸭源禽流感病毒,命名为A/Duck/HN/4/2004(H6N2)。经对血凝素基因(HA)序列分析发现HA基因全长为1744bp,共编码566个氨基酸,在裂解位点仅含一个碱性氨基酸-精氨酸(R),符合LPAIV的标准。将所得基因序列与已发表的同一亚型参考序列分析表明,与H6亚型流感HA基因同源性为89.2%-97.1%,经分子遗传演化分析表明本次分离株与香港分离株A/Duck/Hong Kong/3600/99(H6N2)、A/Duck/Hong Kong/3600/99(H6N2)最近。 相似文献
5.
绵羊肺腺瘤病毒NM株前病毒gag基因的克隆与序列分析 总被引:4,自引:0,他引:4
参照GenBank中已发表的绵羊肺腺瘤病毒(JSRV)的全基因序列,设计合成3对引物,对JSRVNM株的gag基因分3段进行PCR扩增,经琼脂糖凝胶电泳分析,分别呈3条531、888和949 bp的特异条带,将其分别克隆人pMD-18T载体中,进行序列测定并拼接序列,得到完整的gag基因序列。分析结果表明,与南非代表株(基因序列号NC-001494)的gag基因序列比较,核苷酸同源性为89.0%,推导出的氨基酸同源性为90%。与美国代表株(基因序列号AF105220)的gag基因序列比较,核苷酸同源性为86.3%,氨基酸同源性为87%。 相似文献
6.
7.
鳚亚目(Blennioidei)鱼类的线粒体COI基因序列比较 总被引:1,自引:0,他引:1
《经济动物学报》2020,(2)
应用生物信息学方法对12种鳚亚目鱼类线粒体COI基因序列片段进行了比较分析。结果表明:COI基因碱基组成偏倚明显,A+T含量(54.40%)明显高于G+C含量(45.60%)。转换和颠换位点数分别为59和42个。应用Kimura双参数法计算鳚亚目鱼类COI基因序列的种间遗传距离,结果表明:种间平均遗传距离为0.232 4,是种内遗传距离的9.62倍。应用MP和NJ法构建了分子系统发生树,结果显示,方氏云鳚、云鳚和六线鳚聚在一起,然后与颈鳍脂鳚聚在一起,再与巴西拟隆胎鳚、巴哈马拟隆胎鳚聚类,最后与疣眼吉氏指鰧聚类;粗头岩游鳚、环项副鳚和横带斯氏脂胎鳚聚为另一分支;背叉触角鳚并没有聚成一个单系分支,而是与旗鳚科和三鳍鳚科的鱼类交叉。此外,分子系统发生树的构建结果大部分与形态学分类结果相一致,相比之下,NJ法较MP法构建的分子系统发生树与鳚亚目鱼类形态学分类结果更接近。 相似文献
8.
为了获得H9亚型禽流感病毒(AIV)流行毒株并掌握流行毒株的分子特征和致病性,采用病毒分离、血凝性试验、鸡胚半数感染量(EID50)测定、HA基因序列分析、致病性试验、交叉保护性试验等对3份临床疑似H9亚型AIV感染病料进行了研究。结果:3份临床病料样品可引起10日龄SPF鸡胚规律性死亡,3株分离毒株对1%鸡红细胞的凝集效价分别10log2、11log2和10log2;对SPF鸡胚的EID50分别为10-8.83/mL、10-9.50/mL和10-9.0/mL;与2018年上海分离毒株亲缘关系较近,进化树处于同一分支;对SPF雏鸡的发病率分别为80%、100%和90%;均未引起SPF雏鸡死亡;彼此之间具有100%的交叉保护率,商品化禽流感(H9亚型)灭活疫苗对3株分离毒株的保护率分别为100%、90%和100%。本试验成功分离鉴定到了3株低致病性H9亚型AIV流行毒株,并证实当前商品化疫苗对H9亚型AIV流行毒株仍具有较好的保护效果。 相似文献
9.
猪流行性腹泻病毒(PEDV)是一种通过小肠感染,引起猪呕吐、腹泻、脱水的急性高度接触性传染病。2010年起在我国迅速暴发,对仔猪的致死率高达80%~100%。PEDV可分为G1 (G1a、G1b)与G2 (G2a、G2b)基因亚型,各亚型病毒纤突(S)蛋白基因序列存在缺失、插入和大量点突变。为进一步研究S蛋白序列的差异是否造成病毒抗原性的差异,本试验采集猪流行性腹泻流行毒感染猪只肛拭子进行PEDV-S蛋白基因序列比对分析,并对感染康复猪只采集血清进行中和试验,研究PEDV流行毒株血清抗体与不同基因亚型毒株中和反应情况。结果显示,流行毒(G2a)感染猪只血清抗体中和PEDV不同亚型病毒株,中和能力存在显着差异。对PEDV-A (G2a)毒株的中和能力最强,均值为1:60,对PEDV-B(G2b)株中和能力次之,均值为1:20,对CV777 (G1a)毒株无中和能力。 相似文献
10.