禾本科8种牧草DNA条形码通用序列筛选     

李永青  焦婷  吴建平  权金强  汪文强  郑王山  郭永博  姚喜喜  赵生国 《草业科学》2016,33(9):1702-1710

DNA条形码技术是利用DNA保守片段对物种进行快速准确鉴定的新兴技术。本研究根据GenBank中禾本科牧草matK和rbcL基因的核苷酸序列,设计4对通用引物,建立并优化了针对禾本科7个主要牧草属8种牧草11个样品[高丹草(Sorghum bicolor×S.sudanense)、玉米(Zea mays)、针茅(Stipa capillata)、"贝克"多年生黑麦草(Lolium perenne‘Plxie)、"凯帝莎"多年生黑麦草(L.perenne‘Caddieshack’)、甘肃羊茅(Festuca kansuensis)、"百琪"紫羊茅(F.rubra‘Bargena’)、"梦神"紫羊茅(F.rubra‘Maxima’)、"百胜"草地早熟禾(Poa pratensis‘Barvictor’)、"钻石"草地早熟禾(P.pratensis‘Diamond’)和芨芨草(Achnatherum splendens)]的目的片段的扩增条件。对扩增产物进行测序和分析,经分别比对,筛选出8种牧草的4个标记位点5’端和3’端保守序列。对各标记位点保守区内的核苷酸进行单核苷酸多态性(SNPs)的单倍型分析。结果表明,matK1、matK2、matK3分别有6个单倍型(H1~A、H1~B、H1~C、H1~D、H1~E和H1~F)、7个单倍型(H2~A、H2~B、H2~C、H2~D、H2~E、H2~F和H2~G)和3个单倍型(H3~A、H3~B和H3~C),rbcL基因有5个单倍型(H4~A、H4~B、H4~C、H4~D和H4~E)。根据matK(matK1、matK2、matK3)和rbcL基因筛选的4个标记位点为8种牧草建立了相对应的特异DNA识别码。本研究可为混合禾本科牧草饲料中的高粱属、玉蜀黍属、芨芨草属、针茅属、黑麦草属、羊茅属和早熟禾属的8种牧草准确识别提供分子水平上的科学依据。  相似文献   

DNA条形码基因ITS·ITS2及rbcL在苍耳属可采用相同的PCR条件（英文）     

胡伟毅  汪连军  盛志超 《农业科学与技术》2013,(9):1212-1214

[目的]为植物DNA条形码标准基因筛选研究提供参考,减少植物DNA条形码研究中的工作量。[方法]对7种苍耳属植物ITS、ITS2及rbcL基因采用相同的扩增条件（95℃4 min;[35 cycles：94℃30 s;52℃45 s;72℃45 s];72℃10 min;4℃保存）。[结果]3种DNA条形码基因同时成功扩增。[结论]这说明植物DNA条形码基因中ITS、ITS2及rbcL的PCR条件存在合并可能性。  相似文献   

木兰门作物RubisCO大亚基的分子适应性进化研究     

刘晗  王丽坤  熊冬金 《农业科学与技术》2009,10(4):8-11,18

分子进化中发生正选择的一个标志是密码子的错义替换（dN,氨基酸替代）比同义替换（dS,氨基酸不变）有更高的替换速率,计算dN与dS之比ω能衡量蛋白质的进化趋势和所受到进化压力的大小。ω=1、〈1和〉1分别说明蛋白质在进化过程中受到中性选择、负选择和正选择。  相似文献   

基于matK、rbcL和ITS序列的5种大叶藻系统发育研究     

李渊  孙典荣  李文涛  张沛东  江鑫  郭栋  高天翔 《水产学报》2011,35(2):183-191

运用PCR直接测序法,对采自爱尔兰、日本、韩国和中国的大叶藻、矮大叶藻、丛生大叶藻和红须根虾形藻及GenBank中的宽叶大叶藻5种大叶藻叶绿体的matK、rbcL和核糖体ITS的部分序列进行测定,并比较分析了5种大叶藻3个目的片段的核苷酸序列,结果发现胞嘧啶(C)在3个目的片段上的含量均较低。ITS片段检测到172处核苷酸替换,表现出丰富的遗传多态性。matK基因片段上有52处核苷酸替换,rbcL基因片段上有20处核苷酸替换,且大部分替换来自于第三密码子的同义替换,种间在氨基酸水平上产生了一定的分化。基于ITS、matK和rbcL 3个目的片段,利用邻接法、最大简约法、最大似然法和贝叶斯法构建的系统发育树结果基本一致,明显分为3大支。矮大叶藻与大叶藻属间3种大叶藻的核苷酸最小差异值为19.33%,在分子数据上达到了属的水平。基于matK和rbcL基因片段拼接序列的分析结果表明:大叶藻与丛生大叶藻的分化时间在上新世(2～2.7百万年前),与宽叶大叶藻的分化时间在上新世(4～5.3百万年),与矮大叶藻的分化时间在渐新世(27～36百万年前),与红须根虾形藻的分化时间在始新世(33～44百万年前)。4个地区大叶藻的...  相似文献   

DNA条形码基因ITS·ITS2及rbcL在苍耳属可采用相同的PCR条件     

胡伟毅  汪连军  盛志超 《安徽农业科学》2013,41(16):7070-7071

[目的]为植物DNA条形码标准基因筛选研究提供参考,减少植物DNA条形码研究中的工作量。[方法]对7种苍耳属植物ITS、ITS2及rbcL基因采用相同的扩增条件(95℃4 min;94℃30 s,52℃45 s,72℃45 s,35个循环;72℃10 min,4℃保存)。[结果]3种DNA条形码基因同时成功扩增。[结论]这说明植物DNA条形码基因中ITS、ITS2及rbcL的PCR条件存在合并可能性。  相似文献   

东海枸杞岛蜈蚣藻属形态学与分子生物学的初步研究     

李颖博  马家海  孙彬  文茜  王丁晶 《海洋渔业》2015,37(3):215-222

通过形态学观察结合分子生物学方法,对东海浙江枸杞岛蜈蚣藻属的种类进行初步研究,确定该属在东海枸杞岛分布有7种,分别是Grateloupia filicina(蜈蚣藻)、Grateloupia catenata(链状蜈蚣藻)、Grateloupia ramossissima(繁枝蜈蚣藻)、Grateloupia imbricate(复瓦蜈蚣藻)、Grateloupia lanceolata(披针形蜈蚣藻)、Grateloupia turuturu(带形蜈蚣藻)和Grateloupia asiatica(亚洲蜈蚣藻)。通过对采集到的海藻样品的大小、形状、颜色、质地和分枝等形态学特征进行详细的观察,并与分子鉴定的结果比对,发现蜈蚣藻、链状蜈蚣藻、繁枝蜈蚣藻、复瓦蜈蚣藻、带形蜈蚣藻、亚洲蜈蚣藻等种类样品的形态学鉴定结果与分子生物学鉴定结果一致,而披针形蜈蚣藻样品中GQ-6和GQ-8形态差异较大,但通过分子生物学方法鉴定表明二者均为披针形蜈蚣藻。  相似文献   

从水稻叶绿体基因文库中快速克隆叶绿体基因   总被引：1，自引：0，他引：1  

程奇  于晓兰 《中国农业科学》1994,27(3):7-11

 利用多聚酶链式反应（PCR）法，从水稻的叶绿体基因文库中克隆并鉴定了两个含强启动子的叶绿体光调控基因psbA和rbcL。根据已发表的水稻叶绿体基因组的序列，分别设计合成了psbA基因两端的引物5'ttccggggtcgactcccgggcaacc3'和引物5'taactgaattcagaatag3'，以及rbcL基因两端的引物5'tcaagctttaggtatttccactc3'和引物5'acgtcgacaagtctcatgatcgtatc3',以水稻叶绿体基因文库的cpDNA为模板，进行PCR反应。电泳回收所需片断，酶切后再将它们克隆到pUC19载体上，并对它们进行了DNA序列和限制性酶切位点的分析。  相似文献   

两面针与混伪品及近缘种DNA条形码鉴定研究     

马新业  刘锋  詹若挺  韩正洲  陈蔚文 《广西农业科学》2014,(1):12-17

[目的]探讨DNA条形码技术对两面针真伪鉴定的可行性,为两面针种质资源的鉴定提供参考.[方法]对两面针及其常见混伪品和同属近缘种（10种31份样品）进行DNA提取、PCR扩增和双向测序,所得序列经CodonCodeAligner软件处理和人工校对,采用TaxonGap法比较rbcL、trnH-psbA和ITS2等3条序列的物种鉴定力大小;选择适用条形码在不同物种样品范围内进行分析,检查种内种间距离变化情况.[结果]ITS2和tmH-psbA两条序列对10个试验物种的鉴定效率均为100.0％,rbcL在实验物种范围内不存在最小种间遗传距离;ITS2序列在样品鉴定范围由12个物种33个数据扩大为33个物种132个数据时,鉴定成功率从100.0％下降至84.8％,种内变异大于种间变异的比例由71.4％上升至90.1％.[结论]ITS2和trn H-psbA序列可作为两面针真伪鉴定的标准条形码,实际应用中应注意确定物种鉴定样品数及种内充分取样.  相似文献   

Low Light Stress Down-Regulated Rubisco Gene Expression and Photosynthetic Capacity During Cucumber (Cucumis sativus L.) Leaf Development     

SUN Jian-lei  ;SUI Xiao-lei  ;HUANG Hong-yu  ;WANG Shao-hui  ;WEI Yu-xia  ;ZHANG Zhen-xian 《中国农业科学(英文版)》2014,(5):997-1007

  相似文献   

龙眼rbcL基因结构分析   总被引：2，自引：0，他引：2  

林同香  陈振光 《园艺学报》1999,26(5):291-296

通过Ｓｏｕｔｈｅｒｎ杂交等分析，分离和克隆了龙眼叶绿体ＤＮＡ Ｌ１４５片段，其中含大部分ｒｂｃｌ基因。通过酶切分析制物理图谱，结合亚克隆和ＰＣＲ扩增，测序分析了龙眼ｒｂｃｌ基因全序列１８３６ｂｐ，其中基因编码为１４２８ｂｐ，编码４７５个氨基酸和一个终止密码子，ｒｂｃｌ基因的５’上游区长２８４ｂｐ，在基因上游区－１９１～－２２０ｂｐ范围内有推测的类似原核生物的启动子序列：－１０区的ＴＡＣＡＡＴ，－３  相似文献