| 乌苏里貉MC3R基因密码子偏好性分析 |
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| 引用本文： | 李鑫,李伟,刘洁,程静然,刘进军,王朋然,韩学良,任二军,邓露芳,宗文丽.乌苏里貉MC3R基因密码子偏好性分析[J].中国畜牧兽医,2024(4):1349-1361. |
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| 作者姓名： | 李鑫 李伟 刘洁 程静然 刘进军 王朋然 韩学良 任二军 邓露芳 宗文丽 |
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| 作者单位： | 1. 石家庄市农林科学研究院;3. 北京三元种业科技有限公司饲料分公司 |
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| 基金项目： | 河北省重点研发计划项目(21326357D)； |
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| 摘 要： | 【目的】明确乌苏里貉黑素皮质素受体3(melanocortin 3 receptor, MC3R)基因密码子使用偏好特征和影响因素，了解不同物种间遗传进化和密码子偏好性的关系，为开展MC3R基因异源高效表达研究提供理论依据。【方法】以乌苏里貉和其他15个物种的MC3R基因CDS序列为材料，应用Codon W、EMBOSS等软件分析MC3R基因密码子偏好性的6个参数指标；通过Neutrality-plot、ENc-plot及PR2-plot分析探究密码子偏好性形成的影响因素；基于各物种MC3R基因CDS序列信息构建系统发育树，基于同义密码子相对使用度(RSCU)构建不同物种的密码子使用偏好性热图。【结果】乌苏里貉MC3R基因密码子GC和GC3s均>0.5,密码子偏好使用以G/C结尾；偏好使用的密码子有25个(RSCU值>1),其中16个以C结尾，9个以G结尾。经Neutrality-plot、ENc-plot及PR2-plot分析得出，自然选择是MC3R基因密码子使用偏好形成的主要影响因素。基于基因序列和RSCU值的聚类分析显示，在系统进化上乌苏里貉与犬属同一分支，后与赤狐、...
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| 关 键 词： | 乌苏里貉 MC3R基因 密码子偏好性 自然选择 |
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