| 转录组测序筛选牛卵泡发育相关基因及其表达差异分析 |
| |
| 引用本文： | 李鹏飞,孟金柱,景炅婕,毕锡麟,王锴,朱芷葳,吕丽华.转录组测序筛选牛卵泡发育相关基因及其表达差异分析[J].中国农业科学,2018,51(15):3000-3008. |
| |
| 作者姓名： | 李鹏飞 孟金柱 景炅婕 毕锡麟 王锴 朱芷葳 吕丽华 |
| |
| 作者单位： | 山西农业大学生命科学学院;铜仁学院乌江学院;山西农业大学动物科技学院 |
| |
| 基金项目： | 山西省重点研发计划（一般）农业项目（201703D221020-1）、山西省国际科技合作项目（201603D421006）、山西省三晋学者和人才引进项目、山西农业大学创新基金项目（zdpy201403/201503）、引进人才博士科研启动基金（2014ZZ04）和青年拔尖创新人才支持计划（TYIT201403） |
| |
| 摘 要： | 【目的】通过不同生理状态牛卵泡高通量测序筛选与卵泡发育相关的基因。【方法】母牛同期发情后,B超声波连续监测并适时采集第一卵泡波出现偏差前的最大卵泡(the largest follicle at predeviation,PDF1)和第二大卵泡(the second largest follicle at predeviation,PDF2),构建RNA文库后Illumina平台测序,经数据库比对,设定参数筛选高表达基因、差异表达基因并进行GO分析,Genecards基因功能查询进一步筛选与卵泡发育直接相关的调控基因,q RT-PCR对筛选的基因进行表达量验证分析。【结果】两个转录本中共获得263个差异表达基因;GO功能聚类分析共分为三大类90组:其中生物学过程占64.4%,细胞组分占17.8%,分子功能占17.8%;获得一些重要的功能富集通路,如调控信号转导和细胞因子应答的生物途径;基因表达量分析筛选出10个高表达的上调和下调基因,获得参与雌激素合成和胎儿性别发育的CYP17A1、参与类固醇激素合成的LOC785462、细胞发育过程中调节细胞凋亡的DACH1以及调节ERK和MEK1/2信号通路的MAP3K3。Genecards功能查询共获得6个基因与卵泡发育关系较为密切,其中上调基因分别为PRSS35,PTGRF,ARID4B,GPR116;下调基因为APOA1和CPXM1;q RT-PCR结果显示,PRSS35和ARID4B在DF中的表达量显著高于SF(P0.05),CPXM1在SF中的表达量极显著高于DF(P0.01),PTGRF,GPR116和APOA1在DF和SF中的表达量不存在显著差异(P0.05),但其表达变化趋势与高通量测序结果相一致。【结论】转录组测序结果真实可靠,PRSS35和ARID4B在卵泡发育过程中发挥正调控作用,CPXM1在卵泡发育过程中发挥负调控作用,获得的牛卵泡发育相关基因和重要调节途径,对后期深入探讨卵泡发育调控机理的研究具有重要意义。
|
| 关 键 词： | 牛 卵泡 转录组 PDF1 PDF2 发育 /> |
| 收稿时间： | 2017-03-28 |
| 本文献已被 CNKI 等数据库收录！ |
| 点击此处可从《中国农业科学》浏览原始摘要信息 |
| 点击此处可从《中国农业科学》下载免费的PDF全文 |
|
