| 静原鸡miR-107的靶基因预测及生物信息学分析 |
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| 引用本文： | 禹保军,何金童,姚婷婷,吴昊,樊希雅,虎红红,王卫振,郭菊,顾亚玲,蔡正云,辛国省,张娟.静原鸡miR-107的靶基因预测及生物信息学分析[J].中国畜牧兽医,2020,47(9):2695-2705. |
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| 作者姓名： | 禹保军 何金童 姚婷婷 吴昊 樊希雅 虎红红 王卫振 郭菊 顾亚玲 蔡正云 辛国省 张娟 |
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| 作者单位： | 1. 宁夏大学农学院, 银川 750021;2. 宁夏大学生命科学学院, 宁夏饲料工程技术研究中心, 银川 750021 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金项目（31860621）；宁夏大学创新创业训练计划项目"静原鸡肌苷酸特异性沉积相关miRNA的表达量分析" |
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| 摘 要： | 为探究miR-107在静原鸡肌肉组织肌苷酸特异性沉积过程中的调控机制，本研究利用相关生物信息学软件和数据库对静原鸡miR-107进行了靶基因预测与生物信息学分析。通过转录组测序获取静原鸡miR-107序列，进行序列比对和保守性分析；通过TargetScan、miRDB和PicTar预测结果的交集并结合miRTarbase中已证实的靶基因集合，取二者并集，采用OmicShare工具对基因集合进行GO功能富集和信号通路富集分析，并讨论HMED数据库中miR-107在不同组织和疾病中的表达水平。结果显示，miR-107序列在各物种间高度保守，miR-107调控的靶基因GO功能富集主要包括细胞过程、生物调节、代谢过程、刺激反应等生物学过程和结合、催化活性、转录调节活性等分子功能；靶基因存在于细胞的多个组分中，包括细胞器、细胞膜、含蛋白质复合物。信号转导通路显著富集于癌症中的microRNAs途径（microRNAs in cancer）、人乳头瘤病毒感染（human papillomavirus infection）、癌症中途径（pathways in cancer）、PI3K-Akt信号通路（PI3K-Akt signaling pathway）中（P<0.05）。miRNA-靶基因互作分析发现，miR-107主要通过与靶基因mRNA的非翻译区靶向结合抑制靶基因的表达。根据HMED数据库中miR-107在不同组织和疾病中的表达数据，发现miR-107在黑素瘤（melanoma）中的表达水平最高，在扁桃体（tonsil）和肌肉（muscle）等组织中表达水平较低。通过对静原鸡miR-107靶基因的生物信息学分析，为miR-107功能及调控机制的深入研究提供参考依据，也为进一步研究miR-107在静原鸡肌肉发育中的作用奠定基础。
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| 关 键 词： | 静原鸡 miR-107 靶基因 生物信息学 |
| 收稿时间： | 2020-04-03 |
Prediction and Bioinformatic Analysis of miR-107 Target Genes in Jingyuan Chickens |
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| YU Baojun,HE Jintong,YAO Tingting,WU Hao,FAN Xiya,HU Honghong,WANG Weizhen,GUO Ju,GU Yaling,CAI Zhengyun,XIN Guosheng,ZHANG Juan.Prediction and Bioinformatic Analysis of miR-107 Target Genes in Jingyuan Chickens[J].China Animal Husbandry & Veterinary Medicine,2020,47(9):2695-2705. |
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| Authors: | YU Baojun HE Jintong YAO Tingting WU Hao FAN Xiya HU Honghong WANG Weizhen GUO Ju GU Yaling CAI Zhengyun XIN Guosheng ZHANG Juan |
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| Institution: | 1. School of Agriculture, Ningxia University, Yinchuan 750021, China;2. Ningxia Feed Engineering Technology Research Center, School of Life Sciences, Ningxia University, Yinchuan 750021, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Jingyuan chickens miR-107 target gene bioinformatics |
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