| 一株高病毒载量 PCV2 毒株的基因组特征及序列分析 |
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| 引用本文： | 常 鑫,蒋智勇,卞志标,徐民生,杨冬霞,杨傲冰,翟少伦.一株高病毒载量 PCV2 毒株的基因组特征及序列分析[J].广东农业科学,2024,51(3):124-135. |
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| 作者姓名： | 常 鑫 蒋智勇 卞志标 徐民生 杨冬霞 杨傲冰 翟少伦 |
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| 作者单位： | 1. 仲恺农业工程学院动物科技学院，广东 广州 510305；2. 广东省农业科学院动物卫生研究所 /广东省畜禽疫病防治研究重点实验室 / 农业农村部兽用药物与诊断技术广东科学观测实验站，广东 广州 510640；3. 广东永顺生物制药股份有限公司，广东 广州 511356 |
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| 基金项目： | 广州市重点研发计划项目（202206010192）；广东省科技计划项目（2021B1212050021）；广东省畜禽疫病防治研究重点实验室项目（2023B1212060040） |
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| 摘 要： | 【目的】了解广东省某猪群中猪圆环病毒 2 型（Porcine circovirus type 2，PCV2）流行毒株的遗传进化情况，丰富 PCV2 分子流行病学数据，为当地 PCV2 疫苗候选株的选用和研发提供参考。【方法】使用 qPCR 方法对疑似 PCV2 的样品进行检测，发现 1 株具有高病毒载量的 PCV2 毒株，命名为 GD222858。通过 PCR 方法进行全基因组分子克隆及遗传进化分析。使用 MegAlign 软件将该毒株 ORF1、ORF2 基因编码的氨基酸序列与 PCV2 同亚型参考毒株进行比对，分析氨基酸序列的相似性；采用 DNAStar 预测该毒株的 Cap 蛋白二级结构及 B 细胞表位，并与 4 株疫苗株 DBN-SX07-2（HM641752）、LG（HM038034）、SH（HM038027）、ZJ（AY686764）的 Cap 蛋白抗原指数进行比对分析。【结果】GD222858 毒株基因组长度为 1 767 bp。遗传进化分析表明该毒株属于 PCV2d 亚型。与国内外 82 株参考毒株的核苷酸相似性为 91.4%~99.6%，与越南毒株 Han8（GenBank 登录号：JQ181600）的亲缘关系最近。在 ORF1 编码的 Rep 蛋白处发现多个特异性突变位点 F70Y、F77L、W202R、N256S；ORF2 编码的Cap 蛋白相对保守。Protean 预测 Cap 蛋白的氨基酸第 5~18、24~25、39~41、48~49、57~65、99、101、112~114、139~140、145~150、162~165、175~181、188~189、205~211、227~232 位 置 处 均 可 能 存 在 潜 在 的 B 细 胞 表 位。GD222858 毒株的 Cap 蛋白抗原指数与 4 株疫苗株均有差异，在氨基酸 45~57、124~132、223~233 位置处抗原指数明显高于 4 株疫苗株，且与疫苗株 HM038034 差异最大。【结论】GD222858 毒株感染猪群的原因可能是 Rep 蛋白多个位点发生特异性突变及疫苗株选用不当所致。
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| 关 键 词： | 猪圆环病毒 2 型（PCV2） 遗传进化分析 ORF1 基因 ORF2 基因 B 细胞表位 抗原指数 |
Genome Characterization and Sequence Analysis of Porcine Circovirus Type 2 Isolated with High Viral Load |
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| CHANG Xin,JIANG Zhiyong,BIAN Zhibiao,XU Minsheng,YANG Dongxi,YANG Aobing,ZHAI Shaolun.Genome Characterization and Sequence Analysis of Porcine Circovirus Type 2 Isolated with High Viral Load[J].Guangdong Agricultural Sciences,2024,51(3):124-135. |
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| Authors: | CHANG Xin JIANG Zhiyong BIAN Zhibiao XU Minsheng YANG Dongxi YANG Aobing ZHAI Shaolun |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | porcine circovirus type 2 (PCV2) genetic evolution analysis ORF1 gene ORF2 gene B-cell epitope antigen index |
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