| 斑点叉尾鮰源嗜麦芽寡养单胞菌的全基因组测序及比较基因组学 |
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| 引用本文： | 谢恒,魏文燕,汪开毓,刘韬,何晟毓,杨倩,刘家星.斑点叉尾鮰源嗜麦芽寡养单胞菌的全基因组测序及比较基因组学[J].水产学报,2019(7):1635-1646. |
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| 作者姓名： | 谢恒 魏文燕 汪开毓 刘韬 何晟毓 杨倩 刘家星 |
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| 作者单位： | 四川农业大学鱼病研究中心;成都市农林科学院 |
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| 基金项目： | 成都市农林科学院科研创新项目(2018-Y2500W-16)~~ |
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| 摘 要： | 嗜麦芽寡养单胞菌是近年来引起斑点叉尾鮰暴发高致死性传染病的主要病原之一。为了对防治该病提供技术储备,本研究对嗜麦芽寡养单胞菌 XH.SM.1菌株进行全基因组测序与比较基因组学分析,同时用扫描电镜观察其超微形态特征。电镜观察显示,XH.SM.1为两端钝圆的短杆状细菌,菌体平均长度(1.73±0.35)μm,平均直径(0.43±0.04)μm。全基因组测序得到XH.SM.1基因组大小为4.56 Mb,GC含量为66.60%,编码4087个基因。将基因组序列上传NCBI,得到登录号:PYBO01000001.1。通过与VFDB数据库比对,预测得到3个可信度较高的毒力基因。共线性分析结果显示XH.SM.1与10株完成图水平的嗜麦芽寡养单胞菌有较好的共线性。ARDB数据库预测和基因组岛分析,共同发现XH.SM.1基因组中含有许多耐药基因。泛基因组分析显示XH.SM.1呈现开放性(open)结果,这与嗜麦芽寡养单胞菌为环境常在的条件致病菌的表型相吻合,说明其适应环境和与外界进行遗传物质交流的能力较好。
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| 关 键 词： | 嗜麦芽寡养单胞菌 斑点叉尾鮰 全基因组测序 比较基因组学 泛基因组分析 |
Genome sequencing and comparative genomics analysis of Stenotrophomonas maltophilia isolated from Ictalurus punctatus |
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| XIE Heng,WEI Wenyan,WANG Kaiyu,LIU Tao,HE Shengyu,YANG Qian,LIU Jiaxing.Genome sequencing and comparative genomics analysis of Stenotrophomonas maltophilia isolated from Ictalurus punctatus[J].Journal of Fisheries of China,2019(7):1635-1646. |
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| Authors: | XIE Heng WEI Wenyan WANG Kaiyu LIU Tao HE Shengyu YANG Qian LIU Jiaxing |
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| Institution: | (Fisheries Department of Sichuan Agricultural University,Chengdu 611130,China;Institute of Fisheries of Chengdu Agriculture and Forestry Academy,Chengdu 610000,China) |
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| Abstract: | XIE Heng;WEI Wenyan;WANG Kaiyu;LIU Tao;HE Shengyu;YANG Qian;LIU Jiaxing(Fisheries Department of Sichuan Agricultural University,Chengdu 611130,China;Institute of Fisheries of Chengdu Agriculture and Forestry Academy,Chengdu 610000,China) |
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| Keywords: | Stenotrophomonas maltophilia Ictalurus punctatus whole genome sequencing comparative genomics analysis Pan-genome analysis |
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