| 火炬松生长和松脂性状相关候选基因的单核苷酸多样性分析 |
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| 引用本文： | 杨会肖,刘天颐,徐斌,刘纯鑫,王金榜,黄少伟.火炬松生长和松脂性状相关候选基因的单核苷酸多样性分析[J].华南农业大学学报,2016(1):75-81. |
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| 作者姓名： | 杨会肖 刘天颐 徐斌 刘纯鑫 王金榜 黄少伟 |
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| 作者单位： | 1. 广东省林业科学研究院,广东广州510520;广东省森林植物种质创新与利用重点实验室/华南农业大学林学与风景园林学院,广东广州510642;2. 广东省森林植物种质创新与利用重点实验室/华南农业大学林学与风景园林学院,广东广州,510642;3. 广东省林业科学研究院,广东广州,510520;4. 英德市林业科学研究所,广东英德,513000 |
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| 基金项目： | 广东省林业科技创新专项资金(2011KJCX013-02),"十二五"农村领域国家科技计划专题(2012BAD01B0203),联合国发展计划署援建的火炬松改良种子园项目(CPR/91/153 |
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| 摘 要： | 目的]对火炬松Pinus taeda生长和松脂产量相关功能基因单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)位点进行筛选与分析,为分子标记辅助育种提供技术基础.方法]利用生物信息学对火炬松cDNA文库进行整理、比对、剪接、注释,挑选出与生长素、赤霉素、细胞分裂素及蒎烯合成相关的非重复序列基因(Unigene)作为候选基因片段,利用MEGA5.0和DnaSP4.0软件对火炬松36个单株的8个候选基因片段进行序列比对和分析.结果]所测序列总长为5 177 bp,检测到184个SNP位点,平均36.9 bp的基因序列中出现1个SNP位点,其中123个为非同义突变、61个为同义突变SNP位点.核苷酸多态性πa和θw分别为0.020和0.016.对8个候选基因片段内SNP位点进行的连锁不平衡分析显示,随着核苷酸序列长度的延伸,SNP位点的连锁不平衡在基因内部迅速衰退(R2≤0.2).结论]在火炬松中,基于候选基因内SNP位点间的连锁不平衡作图是可行的.
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| 关 键 词： | 火炬松 候选基因 单核苷酸多态性 连锁不平衡 |
Analysis of single nucleotide polymorphisms within candidate genes involved in growth and resin biosynthesis of loblolly pine |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | loblolly pine candidate gene single nucleotide polymorphism (SNP) linkage disequilibrium (LD) |
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