| 浦市黑猪保种群体基于SNP芯片的遗传结构分析 |
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| 引用本文： | 邓缘,崔清明,陈四海,左剑波,刘莹莹,朱吉,任慧波,胡雄贵,李华丽,喻国均,陈晨,彭英林.浦市黑猪保种群体基于SNP芯片的遗传结构分析[J].福建农业学报,2023(11):1312-1320. |
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| 作者姓名： | 邓缘 崔清明 陈四海 左剑波 刘莹莹 朱吉 任慧波 胡雄贵 李华丽 喻国均 陈晨 彭英林 |
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| 作者单位： | 1. 湖南省畜牧兽医研究所;2. 湖南省泸溪县畜牧水产事务中心 |
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| 基金项目： | 湖南省自然科学基金项目（2021JJ30386）；;湖南省重点研发计划项目（2020NK2024、 2019NK2193）；;湖南省重点实验室开放研究基金项目（2017TP1030）； |
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| 摘 要： | 【目的】通过SNP芯片技术分析浦市黑猪群体遗传多样性和家系结构，为保护和利用浦市黑猪资源提供支撑。【方法】利用“中芯一号”50K SNP芯片，对79头成年浦市黑猪（10头公猪、69头母猪）进行SNP测定，采用多种分析软件（Plink、 Gmatix及Mega X）对群体遗传多样性和亲缘关系开展分析，进而构建群体家系结构。【结果】在79头浦市黑猪中共检出57 466个SNPs位点，平均基因型检出率为99.15%。遗传多样性分析提示SNP位点具有多态性，群体存在近交（有效群体含量Ne仅为1.5，且平均观察杂合度<平均期望杂合度）。群体平均状态同源（Idengtical by state,IBS）遗传距离为（0.294 9±0.072 6），公猪为（0.277 1±0.091 8），共检测到长纯合片段（Runs of hemozygosity,ROH）(29.60±16.12)个，其中长度在0～100 Mb的占40.5%，且群体基于ROH的平均近交系数为0.108。IBS距离矩阵、G矩阵结果以及群体ROH值的分析结果均反映出群体内个体之间存在较近的亲缘关系。根据群体进化树结果，将群体划...
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| 关 键 词： | 浦市黑猪 保种群体 SNP芯片 遗传多样性 亲缘关系 |
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