| 秀珍菇全基因组SSR位点分析及其在遗传多样性评估中的应用 |
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| 引用本文： | 周思琦,龚文兵,夏志兰,吴秋云,王亚东.秀珍菇全基因组SSR位点分析及其在遗传多样性评估中的应用[J].湖南农业大学学报(自然科学版),2023,49(2):176-182. |
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| 作者姓名： | 周思琦 龚文兵 夏志兰 吴秋云 王亚东 |
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| 作者单位： | 1.湖南农业大学园艺学院，湖南 长沙 410128；2.中国农业科学院麻类研究所，湖南 长沙410221；3.园艺作物种质创新与新品种选育教育部工程研究中心，湖南 长沙 410128；4.蔬菜生物学湖南省重点实验室，湖南 长沙 410128 |
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| 基金项目： | 湖南省现代农业产业技术体系(湘农发【2022】31号)；湖南省科技计划项目(2019GK5065) |
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| 摘 要： | 利用GenBank数据库中秀珍菇(Pleurotus pulmonarius)的全基因组序列进行简单重复序列(SSR)位点挖掘。在秀珍菇PM＿ss5基因组中共检测出2348个SSR位点，相对丰度为平均1 Mb中含有59个SSR位点；所有SSR位点中，以二核苷酸SSR为主(51.8%)，三核苷酸SSR次之(27.7%)；经鉴定的秀珍菇SSR位点包含141种碱基基序，优势碱基基序为GA/TC、CT/AG;SSR长度变化范围为10～156 bp，其中，10～15 bp的SSR位点占比为77.2%；在秀珍菇和其他4种侧耳属真菌基因组中，都是以短核苷酸SSR为主，秀珍菇二核苷酸SSR占比高于其他侧耳属菌株；利用筛选的53对多态性引物对18个秀珍菇菌株进行遗传多样性分析，结果发现参试菌株表现出中度遗传多样性，平均Shannon信息指数为0.38，平均Nei’s基因多样性为0.23，平均有效等位基因数为1.35。
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| 关 键 词： | 秀珍菇 全基因组 简单重复序列 碱基基序 遗传多样性 |
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