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| 5种石斑鱼全基因组微卫星筛选与特征分析 | |
| 作者姓名： | 王旭蕾 高进 齐鑫 王永波 陈傅晓 刘金叶 符书源 |
| 作者单位： | 海南省海洋与渔业科学院 海南 海口 571126；中国海洋大学 海水养殖教育部重点实验室 山东 青岛 266003;海南省海洋与渔业科学院 海南 海口 571126；海南热带海洋学院崖州湾创新研究院 海南 三亚 572025；海南省热带海水养殖工程技术研究中心 海南 海口 571126 |
| 摘 要： | 为了解赤点石斑鱼(Epinephelus akaara)、斜带石斑鱼(E. coioides)、云纹石斑鱼(E. moara)、棕点石斑鱼(E. fuscoguttatus)和鞍带石斑鱼(E. lanceolatus)全基因组中微卫星的分布特征，本研究使用Micro-Satellite (MISA)软件对公共数据库中获取的5种石斑鱼全基因组序列进行微卫星筛选，分析了微卫星重复类型、重复拷贝类别及核心拷贝数的分布特征。结果显示，在5种石斑鱼全基因组中，均筛选出超过28万个微卫星位点，相对丰度介于271~296个/Mb之间，平均长度在22 bp左右，微卫星数量在全基因组中的占比为0.59%~0.67%，其重复类型数量、占比和相对丰度的分布趋势一致，二碱基重复最多，其次为单碱基，且随着重复单元碱基数目的增加而减少。重复拷贝类别A、AC、AAT、AAG、AGC、AATC、AAAT、AGAT、AATG、AGAGG、AAAAT、AAGAT、ACAGAG、AAANNN和AANNNN (N为除A外其他3种碱基)为优势类别。不同重复类型微卫星的拷贝数变化范围较大，但每种重复类型的拷贝数变化趋势一致，即随着拷贝数增加，微卫星数目随之递减，拷贝数为6和12时微卫星数目出现峰值。其中，各个重复类型中均有拷贝数量尤为突出的位点：鞍带石斑鱼中T、TA和AGACAG分别拷贝502、803和48次，云纹石斑鱼中GAG、CACT和CCACA分别拷贝205、652和111次。5种石斑鱼全基因组微卫星分布特征基本一致，鞍带石斑鱼和云纹石斑鱼中存在与其他3种石斑鱼显著差异的重复拷贝位点。本研究可为5种石斑鱼高质量微卫星分子标记开发提供数据参考，并为其基因组进化、遗传变异、亲缘关系和新品种选育等方面的工作奠定基础。 |
| 关 键 词： | 石斑鱼 全基因组 微卫星 分布特征 |
| 收稿时间： | 2023/1/9 0:00:00 |
| 修稿时间： | 2023/3/12 0:00:00 |
Screening and characteristics analysis of microsatellites in the whole genome of five groupers |
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| Authors: | WANG Xulei GAO Jin QI Xin WANG Yongbo CHEN Fuxiao LIU Jinye FU Shuyuan |
| Institution: | Hainan Academy of Ocean and Fisheries Sciences, Haikou 571126, China; Ocean University of China, Key Laboratory of Mariculture, Ministry of Education, Qingdao 266003, China;Hainan Academy of Ocean and Fisheries Sciences, Haikou 571126, China; Yazhou Bay Innovation Institute, Hainan Tropical Ocean University, Sanya 572025, China; Hainan Provincial Engineering Research Center for Tropical Sea-Farming, Haikou 571126, China;Hainan Academy of Ocean and Fisheries Sciences, Haikou 571126, China; Yazhou Bay Innovation Institute, Hainan Tropical Ocean University, Sanya 572026, China |
| Abstract: | |
| Keywords: | Grouper (Epinephelus) Whole genome Microsatellite Distribution characteristics |
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