| 广藿香幼叶与成熟叶片转录组数据组装及基因功能注释 |
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| 引用本文： | 陈赫,吴友根,杨豫章,庞真真,张军锋,于靖.广藿香幼叶与成熟叶片转录组数据组装及基因功能注释[J].分子植物育种,2018(7). |
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| 作者姓名： | 陈赫 吴友根 杨豫章 庞真真 张军锋 于靖 |
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| 作者单位： | 海南大学热带农林学院; |
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| 摘 要： | 为了进一步阐明广藿香中药用活性成分生物合成的分子机制,本研究以海南广藿香幼叶及成熟叶片为材料,采用BGISEQ-500高通量测序平台进行转录组测序,分别获得了63 751 826条和65 949 390条clean reads,平均读长为90 nt。De novo组装后将All-unigene分别注释到Nr、KOG、GO、KEGG、Swiss-Prot、Inter Pro数据库,对每个数据库注释的Unigene数目进行统计,共有162 509条Unigene有对应的功能信息,其中105 430条Unigene被注释到Nr数据库,显示与芝麻有69.87%的相似度;有83 369条Unigene被注释到KOG数据库,根据功能将其分为25类;有12 261条Unigene与GO数据库中的基因具有相似性,将其归为3大类中49个功能组;有79 053条Unigene被注释到KEGG的代谢通路中,分属于124类代谢通路,包括次生代谢物质生物合成、倍半萜和三萜类化合物生物合成、黄酮和黄酮醇生物合成、花青素生物合成等。该研究结果对广藿香药用活性成分生物合成与代谢、关键酶基因克隆以及分子标记开发等研究有一定的帮助。
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| 本文献已被 CNKI 等数据库收录！ |
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