| 基于转录组测序数据的甘薯SSR标记开发及群体聚类分析 |
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| 引用本文： | 杨育峰,史典义,王雁楠,杨国红,徐心志,翟红,何绍贞,刘庆昌,苏文瑾.基于转录组测序数据的甘薯SSR标记开发及群体聚类分析[J].分子植物育种,2018(11). |
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| 作者姓名： | 杨育峰 史典义 王雁楠 杨国红 徐心志 翟红 何绍贞 刘庆昌 苏文瑾 |
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| 作者单位： | 河南省农业科学院粮食作物研究所;中国农业大学农业部甘薯生物学与生物技术重点实验室;湖北省农业科学院粮食作物研究所 |
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| 摘 要： | 利用转录组数据开发SSR标记,是目前较为经济高效的DNA分子标记开发方法。为了开发更多适用于甘薯的SSR标记,本研究在前期对甘薯体细胞杂种KT1及其两个亲本4个干旱胁迫处理的24个样本转录组de novo测序的基础上,对获得的105 959条Unigene中大于等于1 000 bp的FASTA序列进行搜索,共找到12 105个SSR位点。从中筛选设计了200对SSR引物在KT1及其亲本中筛选验证,最终选择了20对多态性较好的引物,对来自不同地区的94份甘薯种质资源进行了群体聚类分析。聚类分析把94份实验材料分为3个亚群,较清晰地区分了不同材料之间的遗传相似性。这些基于甘薯转录组测序开发的SSR标记为甘薯的遗传多样性分析、辅助育种和遗传图谱构建等研究的开展提供了更加丰富的候选标记。
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