| 基于高通量测序的南酸枣转录组分析 |
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| 引用本文： | 杨春霞,李康琴,丁伟,郑永杰.基于高通量测序的南酸枣转录组分析[J].分子植物育种,2018(6). |
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| 作者姓名： | 杨春霞 李康琴 丁伟 郑永杰 |
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| 作者单位： | 江西省林业科学院 |
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| 摘 要： | 以南酸枣雌株叶片和成熟果实为材料,利用Illumina Hi Seq TM 4 000测序平台对其转录组进行测序,共获得14.15 G有效数据,通过序列拼接组装得到46 936条Unigene,平均长度为1 287 bp。36 299条Unigene(77.33%)在7大数据库(NR,NT,KO,Swiss-Prot,PFAM,GO和KOG)中得到注释,其中与GO数据库比对上的26 014条Unigene可分为生物过程、细胞组分和分子功能3大类53分支,注释到KOG数据库中的8 459条Unigene依据功能可分为25类。与KEGG数据库比对,6 225条Unigene分属5大类246条代谢通路中。南酸枣叶片和果实转录组中共发现5 631个差异表达基因,包括1 930个上调基因和3 701个下调基因。本研究获得的转录组数据将有助于开展南酸枣功能基因挖掘与利用、分子辅助育种和其种质资源遗传改良等方面的研究。
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