| 毛竹EST资源SSR标记分析与筛选 |
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| 引用本文： | 张智俊,管雨,杨丽,余利,罗淑萍.毛竹EST资源SSR标记分析与筛选[J].园艺学报,2011,38(5):989-996. |
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| 作者姓名： | 张智俊 管雨 杨丽 余利 罗淑萍 |
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| 作者单位： | 1. 亚热带森林培育国家重点实验室培育基地,浙江农林大学,浙江,临安,311300
2. 新疆农业大学农学院,乌鲁木齐,830052 |
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| 基金项目： | 国家‘863’计划项目，浙江省自然科学基金，浙江林学院人才启动基金、，重点实验室开放基金 |
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| 摘 要： | 对来源于NCBI公共数据库的非冗余3 087条毛竹（Phyllostachys edulis）EST序进行简单重复序列SSR搜索发现：在401条毛竹EST序列中共查找到408个SSR位点，平均6.8 kb EST序列中含有1个SSR。其中二核苷酸和三核苷酸重复是毛竹EST-SSR的主要重复类型，分别占SSR总数的43.14%和49.75%。SSR的不同重复基序中，最常见的重复基序是：(AG)n，占37.01%，其余出现频率较高的依次为(TC)n、(AGC)n、(GAG)n和(CGC)n。根据搜索结果设计了182条毛竹EST-SSR引物，以12个不同种属的竹子DNA为模板，对引物进行了稳定性、通用性的验证与评价。结果表明有42对引物有较清晰且稳定的目标扩增产物，其中39对引物的产物存在多态性，说明设计开发的毛竹的EST-SSR标记是可行且有效的。
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| 关 键 词： | 毛竹 EST-SSR 分子标记 |
Analysis of SSRs Information and Development of SSR Markers from Moso Bamboo(Phyllostachys edulis)ESTs |
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| ZHANG Zhi-jun,GUAN Yu,YANG Li,YU Li,LUO Shu-ping.Analysis of SSRs Information and Development of SSR Markers from Moso Bamboo(Phyllostachys edulis)ESTs[J].Acta Horticulturae Sinica,2011,38(5):989-996. |
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| Authors: | ZHANG Zhi-jun GUAN Yu YANG Li YU Li LUO Shu-ping |
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| Institution: | （1The Nurturing Station for the State Key Laboratory of Subtropical Silviculture，Zhejiang Agriculture and Forestry University，Lin’an，Zhejiang 311300，China ；2College of Agronomy，Xinjiang Agricultural University，Urumuqi 830052，China） |
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| Abstract: | Uni-ESTs of Moso bamboo(Phyllostachys edulis)from the database of dbEST were screened using Websat software and 408 SSRs in 401 ESTs were mined out,accounting for 13.02% of the total ESTs,corresponding to one SSR in every 6.8 kb of the ESTs. Dinucleotide and trinucleotide repeats EST-SSRs were dominant,accounting for 43.14% and 49.57% respectively. (AG)n is the most frequent motif in dinucleotide repeats,accounting for 37.01% in total EST-SSRs,followed by (TC)n,(AGC)n,(GAG)n and (CGC)n. 182 primer pairs wer... |
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| Keywords: | EST-SSR |
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