| 基于RNA-seq数据的密斑刺鲀SSR分子标记开发及鉴定 |
| |
| 引用本文： | 马军,刘嘉鑫,江智景,周永森,于振豪,王海山,陈燕,陈攀,黄海.基于RNA-seq数据的密斑刺鲀SSR分子标记开发及鉴定[J].南方水产科学,2020,16(1):127-136. |
| |
| 作者姓名： | 马军 刘嘉鑫 江智景 周永森 于振豪 王海山 陈燕 陈攀 黄海 |
| |
| 作者单位： | 海南热带海洋学院,海南三亚572022;海南省热带海洋渔业资源保护与利用重点实验室/热带海洋生物资源利用与保护教育部重点实验室,海南三亚572022;海南热带海洋学院,海南三亚572022 |
| |
| 基金项目： | 海南省重点研发计划项目(ZDYF2018225);海南省重大科技计划项目(ZDKJ2016009);海南热带海洋学院2016年学科带头人和博士研究生科研启动项目(RHDXB201612) |
| |
| 摘 要： | 以密斑刺鲀(Diodon hystrix)为研究对象,利用RNA-seq技术进行转录组测序及序列组装,最终获得221762条Unigene序列,N50为2240 nt,GC含量为46.20%。利用MISA软件从该转录组数据中搜索到106221个符合条件的SSR位点,分布于62451条Unigene中,发生频率为28.16%。优势重复单元为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸,发生频率分别为48.99%、32.57%和14.72%,其中单核苷酸重复单元中以A/T为主,占总SSR位点数的46.21%,二和三核苷酸重复单元分别以AC/GT和AGG/CCT为主,占比分别为21.90%和2.70%。选取SSR长度大于等于20 bp的位点设计了17563个位点的引物,随机挑选160对位点引物进行扩增鉴定,筛选到95对有效扩增引物,占比为59.38%。通过多态性验证,最终获得30对稳定、可重复的多态性引物(占有效扩增引物的31.58%),其中15对引物表现出高多态性(PIC>0.5),这些高多态性引物具有评估密斑刺鲀群体多样性的潜力。结果表明,密斑刺鲀转录组数据可作为开发稳定的SSR标记的有效来源,该实验所开发的多态性SSR位点为进一步研究密斑刺鲀的遗传图谱和遗传多样性奠定了基础。
|
| 关 键 词： | 密斑刺鲀 转录组 简单重复序列 多态性位点 |
Development and identification of SSR markers based on RNA-seq data of Diodon hystrix |
| |
| MA Jun,LIU Jiaxin,JIANG Zhijing,ZHOU Yongsen,YU Zhenhao,WANG Haishan,CHEN Yan,CHEN Pan,HUANG Hai.Development and identification of SSR markers based on RNA-seq data of Diodon hystrix[J].South China Fisheries Science,2020,16(1):127-136. |
| |
| Authors: | MA Jun LIU Jiaxin JIANG Zhijing ZHOU Yongsen YU Zhenhao WANG Haishan CHEN Yan CHEN Pan HUANG Hai |
| |
| Institution: | (Hainan Tropical Ocean University,Sanya 572022,China;Hainan Key Laboratory for Conservation and Utilization of Tropical Marine Fishery Resources/Key laboratory of Utilization and Conservation for Tropical Marine Bioresources,Ministry of Education,Sanya 572022,China) |
| |
| Abstract: | |
| |
| Keywords: | |
| 本文献已被 CNKI 维普 万方数据 等数据库收录！ |
|
