大白菜WRKY转录因子的全基因组鉴定与分析 |
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引用本文: | 蒋明,苗立祥,张豫超,管铭,潘小翠.大白菜WRKY转录因子的全基因组鉴定与分析[J].浙江农业学报,2013,25(5):0. |
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作者姓名: | 蒋明 苗立祥 张豫超 管铭 潘小翠 |
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作者单位: | 1.台州学院 生命科学学院,浙江 临海 317000;2.浙江省农业科学院 园艺研究所,浙江 杭州 310021 |
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摘 要: | WRKY转录因子是一类重要的调控分子,在高等植物中以基因家族的形式存在。试验以大白菜基因组数据为材料,利用生物信息学手段对WRKY转录因子进行了全基因组鉴定与分析。结果表明,大白菜至少有134个WRKY转录因子,蛋白序列长度为143~1 082;基因组DNA全长880~9 099 bp,具1~15个内含子。染色体定位结果表明,10条染色体上均有WRKY转录因子基因的分布,A3染色体上最多(26),A10染色体分布最少(4)。大白菜WRKY转录因子可分为3大类,Ⅰ类、Ⅱ类和Ⅲ类的数量分别为27,83和24,它们处于进化树的不同分支。除保守的WRKYGQK和常见变异序列WRKYGKK外,新发现WRKDGQK,WRKNGQK和WMKYGQK等3种WRKY结构域类型。
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关 键 词: | 大白菜 WRKY转录因子 全基因组 序列分析 |
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